这篇文档属于类型a,即报告了一项原创性研究。以下是对该研究的学术报告:
主要作者及机构
该研究由Franco K. K. Li、Shaun C. Peters、Liam J. Worrall、Tianjun Sun、Jinhong Hu、Marija Vuckovic、Maya Farha、Armando Palacios、Nathanael A. Caveney、Eric D. Brown和Natalie C. J. Strynadka等作者共同完成。研究机构包括加拿大不列颠哥伦比亚大学生物化学与分子生物学系、高分辨率大分子冷冻电镜设施、麦克马斯特大学生物化学与生物医学科学系等。该研究于2025年发表在《Nature Communications》期刊上。
学术背景
该研究聚焦于革兰氏阳性细菌(如金黄色葡萄球菌,Staphylococcus aureus)的细胞壁合成机制,特别是壁磷壁酸(Wall Teichoic Acid, WTA)的生物合成途径。WTA是一种多醇磷酸聚合物,与肽聚糖(Peptidoglycan, PG)共价结合,对细菌的细胞分裂、宿主定植、生物膜形成和免疫逃逸等过程至关重要。WTA的合成涉及多个酶促步骤,其中关键的一步是脂质连接的前体分子通过TarGH转运蛋白跨膜翻转。TarGH是一种V型ABC转运蛋白(ATP-binding cassette transporter),其功能异常会导致细菌死亡。由于抗生素耐药性(Antimicrobial Resistance, AMR)的全球性危机,特别是耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的出现,开发针对WTA合成途径的新型抗生素成为重要研究方向。该研究旨在通过冷冻电镜(cryo-EM)技术解析TarGH的结构,揭示其工作机制以及小分子抑制剂Targocil-II的作用机制,为开发新型抗生素提供理论基础。
研究流程
研究分为以下几个主要步骤:
1. TarGH蛋白的表达与纯化:研究团队在大肠杆菌(Escherichia coli)和乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)中表达并纯化了来自金黄色葡萄球菌USA300菌株的TarGH蛋白。纯化过程中使用了去垢剂Lauryl Maltose Neopentyl Glycol(LMNG)来维持蛋白的稳定性。
2. 冷冻电镜样品制备与数据采集:纯化的TarGH蛋白与ATP类似物(ATPγS或AMP-PNP)及抑制剂Targocil-II结合后,通过冷冻电镜技术进行样品制备和数据采集。数据分别在300 kV的Titan Krios和200 kV的Glacios显微镜上采集,使用Falcon III和K3 Summit探测器记录图像。
3. 数据处理与结构解析:使用CryoSPARC软件对冷冻电镜数据进行处理,包括运动校正、对比度传递函数(CTF)估计、颗粒挑选、2D分类、3D重建和结构优化。最终解析了TarGH在结合ATPγS和Targocil-II状态下的高分辨率结构。
4. ATP酶活性测定:通过孔雀绿比色法(Malachite Green Assay)测定了TarGH的ATP酶活性,并评估了Targocil-II对ATP酶活性的抑制作用。
5. Targocil-II结合机制分析:通过冷冻电镜结构解析,详细分析了Targocil-II与TarGH的结合位点及其诱导的构象变化。
6. 物种特异性活性测试:研究了Targocil-II对多种革兰氏阳性细菌(如金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肺炎链球菌和枯草芽孢杆菌)的最小抑菌浓度(MIC),评估其广谱抗菌潜力。
主要结果
1. TarGH的高分辨率结构:研究解析了TarGH在结合ATPγS和Targocil-II状态下的冷冻电镜结构,分辨率分别达到2.3 Å和2.9 Å。结构显示,TarGH由两个跨膜结构域(TMD)和两个核苷酸结合域(NBD)组成,形成一个异源四聚体。
2. ATP酶活性调控机制:研究发现,TarGH的ATP酶活性受其D-loop构象的调控。在结合ATPγS时,D-loop处于非活性构象(D-loopoff),而在结合Targocil-II时,D-loop转变为活性构象(D-loopon),表明Targocil-II通过诱导构象变化调控ATP酶活性。
3. Targocil-II的结合位点与作用机制:Targocil-II结合在TarGH的细胞外二聚化界面,模拟翻转但未释放的底物。其结合诱导了局部和远程的构象变化,特别是通过D-loop的构象变化调控ATP酶活性。
4. Targocil-II的广谱抗菌活性:Targocil-II对多种金黄色葡萄球菌菌株表现出强效抑制作用(MIC < 0.5 μg/mL),但对其他革兰氏阳性细菌(如表皮葡萄球菌和肺炎链球菌)的活性较低,表明其结合位点在不同物种间存在差异。
结论
该研究通过冷冻电镜技术解析了TarGH的高分辨率结构,揭示了其工作机制及Targocil-II的抑制作用机制。研究结果表明,TarGH的ATP酶活性受其D-loop构象的调控,而Targocil-II通过模拟底物结合并诱导构象变化,抑制TarGH的功能。这些发现为开发针对TarGH的新型抗生素提供了重要的结构基础,特别是针对耐药性金黄色葡萄球菌的治疗。
研究亮点
1. 高分辨率结构解析:研究首次解析了TarGH在结合ATPγS和Targocil-II状态下的高分辨率冷冻电镜结构,为理解其工作机制提供了重要线索。
2. 新型抑制剂机制:Targocil-II通过结合TarGH的细胞外界面并诱导构象变化,揭示了新型抑制剂的独特作用机制。
3. 广谱抗菌潜力:Targocil-II对多种金黄色葡萄球菌菌株表现出强效抑制作用,表明其在抗耐药性感染治疗中的潜在应用价值。
其他有价值的内容
研究还发现,TarGH的ATP酶活性调控机制可能适用于其他ABC转运蛋白,为开发针对此类蛋白的抑制剂提供了新的思路。此外,Targocil-II的结合位点在不同革兰氏阳性细菌间的保守性分析,为进一步优化其抗菌谱提供了重要参考。