类型a：关于埃及急性髓系白血病（AML）患者融合基因与遗传变异关系的原创研究学术报告

第一作者及研究机构
本研究由埃及亚历山大大学（Alexandria University）临床化学病理学系的Reham Abdel Haleem Abo Elwafa（第一作者）、Magdy Mamdouh Elbordiny、Akram Deghedy、Ashraf Elghandour（血液科）及通讯作者Engy Taher Ammar等合作完成。研究发表于《Asian Pacific Journal of Cancer Prevention》（2025年3月，第26卷第3期），DOI: 10.31557/APJCP.2025.26.3.1069。

学术背景与研究动机
急性髓系白血病（AML）是一种骨髓造血干细胞（HSCs）恶性克隆性疾病，具有高死亡率，占成人急性白血病的80%。本研究聚焦于AML中的遗传异常，特别是融合基因（fusion genes）与伴随遗传变异（genetic variants）的协同作用。尽管现有技术（如荧光原位杂交FISH、RT-PCR）能检测已知融合基因，但对罕见或未知变异的识别存在局限。随着二代测序技术（NGS, next-generation sequencing）的发展，研究者提出利用其高通量优势，系统分析埃及AML患者的融合基因（如CBFB::MYH11）及其与信号通路相关基因（FLT3、KRAS等）变异的关系，以探索其对预后的潜在影响。

研究方法与流程

1. 研究对象与样本采集

• 样本来源：24名新诊断的埃及AML患者（男女各，年龄30-72岁），排除治疗相关AML或其他血液肿瘤患者。
  
• 样本类型：骨髓穿刺液（BMA），用于流式细胞术、核型分析、NGS测序等。
  

2. 实验流程

（1）免疫表型分析与核型分型

• 流式细胞术：使用BD FACS Canto II检测细胞表面标志物（如CD4、CD14等），确认AML亚型（如M4eo）。
  
• 常规核型分析：通过G显带技术G-banding）检测染色体异常（如inv(16)），并进行ELN 2022风险分层（低危、中危、高危）。
  

（2）靶向测序与融合基因检测

• NGS靶向测序：
  
  • 融合基因目标：MECOM、MET、MLLT10、MLLT3、MYBL1、MYH11、NTRK3。
    
  • 变异检测基因：FLT3、KIT、NRAS、KRAS、HRAS的热点区域（使用Oncomine™ Myeloid Research Panel）。
    
• 文库构建与测序：基于Ion Torrent S5平台，DNA/RNA文库制备后，通过乳化PCR（emulsion PCR）扩增并测序，平均测序深度1998×。
  

（3）生物信息学分析

• 数据流程：
  
  • 使用Torrent Suite™和Ion Reporter软件比对参考基因组（hg19）。
    
  • 融合断点通过FusionGDB、ChimerDB数据库验证。
    
  • 变异注释依据ClinVar数据库，结合多态性评分（PolyPhen-2/SIFT）评估致病性。
    

主要研究结果

1. 融合基因鉴定

• CBFB::MYH11融合：2例（8.3%）患者检出，均为inv(16)(p13.1q22)核型，但转录本类型罕见：
  
  • 新断点：MYH11基因c.3859（首次报道），结合已知CBFB断点（c.495/c.399）形成4种新型融合转录本（未匹配已知A-K型）。
    
  • 临床关联：两例均表现为AML-M4eo（伴嗜酸性粒细胞增多），流式显示单核细胞标志物（CD14+）。
    

2. 伴随遗传变异

• 变异谱：24例患者共检出337个变异（FLT3占56.6%，KRAS占20.7%）。
  
• 致病性变异：
  
  • KRAS：p.Gln61Leu（致病性错义变异，等位频率11%）及p.Gly12Asp（19%）。
    
  • NRAS：p.Gly13Asp（致病性）。
    
  • FLT3：未报道的新变异p.Ala680Val（等位频率25%）。
    
• 预后意义：两例融合阳性患者均实现完全缓解（CR），但分别在3个月和2年后复发，可能与RAS通路激活变异相关。
  

结论与意义
1. 科学价值：
- 发现新型CBFB::MYH11融合断点（MYH11 c.3859），扩大了该融合的分子图谱。
- 证实NGS可同步检测融合基因与伴随变异，优于传统单基因技术（如FISH）。
2. 临床意义：
- 伴FLT3/KRAS变异的inv(16) AML患者可能预后较差，需加强分子监测。
- 为埃及AML患者的精准分型和靶向治疗提供数据支持。

研究亮点
1. 技术创新：首次将靶向NGS应用于埃及AML人群，揭示了地域特异性遗传特征。
2. 罕见发现：新型MYH11断点及非典型融合转录本，挑战现有分类标准。
3. 多组学整合：结合核型、流式、NGS数据，全面解析基因型-表型关联。

其他价值内容
作者建议扩大样本量以验证罕见变异的临床意义，并探索其对MRD（微小残留病）监测的潜在价值。研究获埃及STDF（Science Technology and Innovation Funding Authority）资助（项目号22832），凸显其区域重要性。