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基于生成对抗网络的高光谱成像技术在玉米单倍体籽粒识别中的应用

期刊:journal of food composition and analysisDOI:10.1016/j.jfca.2021.104346

本文档属于类型a,即单篇原创研究的学术报告。以下是对该研究的详细介绍:

作者及研究机构

本研究的主要作者包括Liu Zhang、Qing Nie、Haiyan Ji、Yaqian Wang、Yaoguang Wei和Dong An。他们分别来自中国农业大学信息与电气工程学院、农业农村部农业信息获取技术重点实验室以及北京市农业技术推广站。该研究于2021年12月11日在线发表在《Journal of Food Composition and Analysis》期刊上,文章编号为104346。

学术背景

本研究的主要科学领域为农业工程与食品科学,具体涉及高光谱成像(Hyperspectral Imaging, HSI)技术与生成对抗网络(Generative Adversarial Network, GAN)的结合应用。研究背景在于玉米单倍体育种中,单倍体玉米籽粒的快速、高效筛选对育种过程至关重要。然而,单倍体玉米籽粒在自然条件下出现的概率极低(约0.1%),即使通过人工诱导,其发生率也仅为8-15%。因此,传统的筛选方法如遗传标记、油含量标记等存在主观性强、耗时长、精度低等问题,难以满足现代育种的需求。

为了解决这一问题,本研究提出了一种基于高光谱成像与GAN数据增强相结合的方法,旨在通过非破坏性检测技术快速、准确地识别单倍体玉米籽粒。研究的主要目标包括:(1)收集两种玉米品种的单倍体和二倍体籽粒的高光谱图像;(2)利用深度卷积生成对抗网络(DCGAN)和条件生成对抗网络(CGAN)分别扩展单倍体和二倍体玉米籽粒的光谱数据;(3)分析生成光谱与真实光谱的相似性;(4)比较不同分类器在数据增强前后的性能。

研究流程

本研究共包括以下几个主要步骤:

  1. 样本准备
    实验样本由中国农业大学国家玉米改良中心提供,包括两个玉米品种(ZD958H和ND616H)。每个品种分别选取100粒单倍体和100粒二倍体籽粒进行高光谱图像采集。所有样本的油含量通过核磁共振(NMR)测定,结果显示单倍体和二倍体籽粒的油含量存在部分重叠,难以通过油含量进行区分。

  2. 高光谱图像采集与校正
    研究使用推扫式近红外高光谱成像系统(866.4-1701.0 nm波长范围)进行图像采集。采集前,系统预热30分钟以消除基线漂移。采集过程中,玉米籽粒随机放置在低反射率的黑色板上,通过电动移动平台进行图像采集。原始高光谱图像通过公式进行校正,以消除暗电流和其他噪声的影响。

  3. 光谱数据提取与预处理
    使用Sobel算子提取玉米籽粒的边缘,并通过二值化生成掩膜以分割背景。提取每个籽粒的感兴趣区域(ROI)的平均反射率作为光谱值。保留918.1-1653.8 nm范围内的224个波长,并使用最小-最大归一化方法对原始光谱数据进行预处理。

  4. GAN数据增强
    研究采用DCGAN和CGAN两种GAN变体分别扩展单倍体和二倍体玉米籽粒的光谱数据。DCGAN和CGAN的网络结构基于一维卷积神经网络(1D-CNN),训练过程中使用了批量归一化层和LeakyReLU激活函数。训练参数包括批量大小为5,学习率为0.0002,训练轮数为10,000。

  5. 统计分析
    使用主成分分析(PCA)评估生成光谱与真实光谱的相似性。通过将高维光谱数据投影到低维空间,观察生成数据与真实数据的分布情况。

  6. 分类器性能比较
    研究选取了K近邻(KNN)、支持向量机(SVM)和随机森林(RF)三种分类器,比较了数据增强前后分类器的性能。实验结果表明,DCGAN和CGAN均能显著提高分类器的准确率,且CGAN的效果优于DCGAN。

主要结果

  1. 光谱分析
    研究发现,单倍体和二倍体玉米籽粒的光谱反射率在1330-1430 nm范围内差异较小,但在990 nm、1110 nm、1200 nm、1300 nm和1460 nm等波长处存在显著差异。这些差异主要与碳水化合物和蛋白质的振动信息有关。

  2. 生成光谱可视化
    随着训练轮数的增加,生成光谱逐渐接近真实光谱。在训练轮数达到10,000时,生成光谱与真实光谱的相似性极高,尤其是在PC1主成分上的贡献率达到了97.78%。

  3. 分类器性能
    数据增强后,KNN、SVM和RF分类器的准确率分别提高了10%-14%、6%-22%和12%-14%。CGAN在提高分类器准确率方面表现优于DCGAN,尤其是在混合分类实验中,SVM分类器的准确率达到了96%。

结论

本研究证明了高光谱成像与GAN数据增强相结合的方法在单倍体玉米籽粒识别中的有效性。通过扩展小规模光谱数据集,显著提高了分类器的性能,为后续深度学习模型的建立提供了有力支持。该方法不仅提高了传统机器学习分类器的准确率,还为其他研究者在样本数据有限的情况下提供了新的思路,最大限度地节省了人力和物力成本。

研究亮点

  1. 重要发现
    研究发现,CGAN在生成光谱数据方面表现优于DCGAN,且在混合分类实验中,SVM分类器的准确率达到了96%。

  2. 方法创新
    本研究首次将高光谱成像与GAN数据增强相结合,用于单倍体玉米籽粒的识别,显著提高了分类器的性能。

  3. 研究对象的特殊性
    单倍体玉米籽粒的稀有性使得本研究具有重要的科学价值和实际应用价值,为玉米单倍体育种提供了新的技术手段。

其他有价值的内容

本研究还探讨了不同玉米品种之间的差异对分类器性能的影响,并提出了未来研究中应增加更多玉米品种以提高分类器的泛化能力。此外,研究还展示了GAN在化学计量学任务中的巨大潜力,为相关领域的研究提供了新的思路。

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