基于扭转流匹配的蛋白质侧链包装模型FlowPacker

蛋白质的三维结构由其氨基酸序列决定,而蛋白质的功能则高度依赖于其三维结构。蛋白质的侧链构象(side-chain conformations)在蛋白质折叠、蛋白质-蛋白质相互作用以及蛋白质设计(de novo protein design)中起着至关重要的作用。准确预测蛋白质侧链的构象是理解蛋白质折叠机制、设计新型蛋白质以及研究蛋白质相互作用的关键。然而,传统的基于物理的模型(physics-based modeling)依赖于经验评分函数(empirical scoring functions)、离散旋转库(discrete rotamer libraries)和马尔可夫链蒙特卡罗(MCMC)采样,这些方法往往由于搜索效率低下和评分函数的不准确性而难以达到理想的效果。 近年来,人工智能在蛋...