基于信息熵增强BERT和多向GRU的S-硫化位点预测方法

背景介绍 蛋白质翻译后修饰(Post-Translational Modifications, PTMs)是调节细胞活动的关键机制,包括基因转录、DNA修复和蛋白质相互作用等。其中,半胱氨酸(Cysteine)作为稀有氨基酸,通过其硫醇基团(Thiol Group)参与多种PTMs,尤其是在氧化还原平衡和信号传递过程中发挥着重要作用。S-硫酰化(S-Sulfhydration)是一种重要的PTM,与心血管疾病和神经系统疾病的发生和发展密切相关。然而,S-硫酰化的具体机制仍不明确,尤其是在位点识别方面存在较大的挑战。 传统的S-硫酰化位点识别方法,如生物素转换法(Biotin Conversion Method)和马来酰亚胺荧光法(Maleimide Fluorescence Method),...

钠丁酸对链霉菌基因表达和蛋白质修饰的影响

多组学数据显示丁酸钠对链霉菌基因表达和蛋白质修饰的影响 学术背景 链霉菌因其具有丰富的基因簇和生产大量天然产物的潜力而受到广泛关注。组蛋白去乙酰化酶(HDAC)抑制剂在真菌的组蛋白修饰中扮演着重要角色,但其在原核生物中的作用却知之甚少。尤其在链霉菌中,这些抑制剂是否可以影响次生代谢物的生物合成仍是一个值得研究的问题。现代生物信息学的发展使得从链霉菌中发现了大量的抗生素生物合成基因簇(BGCs),但在实验室培养条件下,这些基因簇大多数处于沉默状态,无法表达出多样的生物活性产物。因此,激活这些沉默的 BGCs 是开发新型生物活性化合物的重要策略。 论文来源 本研究由中国科学院微生物研究所刘双江和谭华荣等教授团队撰写,文章于2022年9月2日发表于《Genomics Proteomics & Bi...