通过宿主DNA消除提高结肠组织活检中简化的鸟枪法宏基因组测序灵敏度
高通量宏基因组测序在结肠组织活检中的高灵敏度:去除宿主DNA的影响 背景 在无培养条件下通过下一代测序技术评估细菌分类结构,已成为研究细菌失衡与各种疾病关系的常用方法。已有研究通过16S rRNA基因扩增子或宏基因组测序分析了人类口腔、肠道粘膜和粪便样本的微生物群落谱。然而,16S rRNA基因测序在分类识别的分辨率方面存在局限性,而宏基因组测序能够识别到种甚至亚种水平的细菌。此外,宏基因组测序还可提供多界数据,推测跨多个领域的相互作用。 虽然宏基因组测序在表征组织样本中的微生物群落方面具有重要的临床应用,包括疾病的诊断和治疗,但样本中的人类DNA占多数,限制了低丰度细菌的检测。这种DNA丰度的不平衡导致组织样本中宏基因组测序灵敏度降低。因此,为解决这一问题,研究人员提出了一种优化的方法,通...