在蛋白质组学研究中，质谱技术（Mass Spectrometry, MS）被广泛用于分析蛋白质的丰度和结构变化。然而，蛋白质的定量分析面临一个关键挑战：许多蛋白质共享相同的肽段（shared peptides），即这些肽段在多个蛋白质的序列中出现。传统的方法通常仅依赖于唯一肽段（unique peptides）进行蛋白质定量，忽略了共享肽段的信息，这可能导致定量结果的偏差或不准确。特别是在研究蛋白质异构体（protein isoforms）或翻译后修饰（post-translational modifications, PTMs）时，共享肽段的存在使得定量分析更加复杂。 为了解决这一问题，研究者们提出了一种新的统计方法，旨在利用共享肽段的定量信息，更准确地估计蛋白质的丰度和PTMs的位点占有...

背景介绍 阿尔茨海默症（Alzheimer’s disease, AD）是一种以脑内神经元死亡为特征的年龄相关性神经退行性疾病，其主要病理特征包括神经元外的β淀粉样斑块和神经元内的神经纤维缠结（Neurofibrillary tangles, NFTs）。β淀粉样斑块主要由聚集的β淀粉样肽（Amyloid beta peptides, Aβ）组成。另外，Aβ肽还可能沉积在大脑血管壁中，导致脑淀粉样血管病（Cerebral amyloid angiopathy, CAA）。研究中发现，虽然AD的大脑中Aβ斑块很常见，但不同患者之间CAA的程度有所不同。论文的作者主要研究了两组罕见且研究较少的患者，即携带APP基因重复（APPdup）和唐氏综合征（Down syndrome, DS）的阿尔茨海默...