在蛋白质组学研究中，质谱技术（Mass Spectrometry, MS）被广泛用于分析蛋白质的丰度和结构变化。然而，蛋白质的定量分析面临一个关键挑战：许多蛋白质共享相同的肽段（shared peptides），即这些肽段在多个蛋白质的序列中出现。传统的方法通常仅依赖于唯一肽段（unique peptides）进行蛋白质定量，忽略了共享肽段的信息，这可能导致定量结果的偏差或不准确。特别是在研究蛋白质异构体（protein isoforms）或翻译后修饰（post-translational modifications, PTMs）时，共享肽段的存在使得定量分析更加复杂。 为了解决这一问题，研究者们提出了一种新的统计方法，旨在利用共享肽段的定量信息，更准确地估计蛋白质的丰度和PTMs的位点占有...

研究背景 败血症 (sepsis) 是一种由机体对微生物感染的异常反应引起的危及生命的器官功能障碍综合征。其发病率和死亡率高，主要由过度的炎症反应和代谢紊乱所致。研究表明髓样细胞（如单核细胞和巨噬细胞）在败血症的发病机制中起着关键作用。败血症早期，脂质代谢产物在体内积聚显著影响疾病进展，但其具体机制尚未明确，其中脂质代谢异常与NLPR3炎症小体的关系尤为值得关注。 NLPR3炎症小体是一种多蛋白复合物，包含传感器NLPR3、适配器ASC和效应器caspase-1。NLPR3能够识别多种病原体或损伤相关分子模式(PAMPs和DAMPs)，进而引发炎症小体的组装和活化，最终导致caspase-1的酶切激活，以及下游IL-1β的成熟和Gasdermin D依赖的细胞焦亡 (pyroptosis)。...