免疫細胞は多様な刺激に応答してサイトカイン駆動の極化を経て、その転写プロファイルや機能状態が変化します。この動的なプロセスは、健康や疾患における免疫応答の中心的な役割を果たしています。しかし、単一細胞RNAシーケンシング（scRNA-seq）データにおけるサイトカイン駆動極化を評価するための体系的なアプローチはこれまで欠けていました。この問題を解決するために、研究者たちは単一細胞統一極化評価（SCUPA）を開発しました。これは、免疫細胞極化を包括的に評価する初めての計算手法です。 論文の出典 この論文は、Wendao LiuとZhongming Zhaoによって共同執筆されました。彼らはそれぞれThe University of Texas MD Anderson Cancer Center...

CDK2活性がERKとp38 KTR信号に及ぼす干渉とその計算手法 最近、Timothy E. Hoffman、Chengzhe Tian、Varuna Nangiaらによって『Cell Systems』に掲載された論文は、細胞周期依存性キナーゼ2（CDK2）がERK（細胞外信号調節キナーゼ）およびp38シグナル経路におけるキナーゼ転位レポーター（KTR）に干渉する現象を明らかにし、その干渉を計算手法によって解消する技術を提案しました。この研究は、細胞シグナル伝達の複雑性を理解する新たな視点を提供するだけでなく、今後の関連研究において重要なツールと手法を提供するものです。 研究背景 MAPK（ミトジェン活性化プロテインキナーゼ）経路は、細胞の成長、分化、生存において重要な役割を果たしています...

ヒトの生物学と疾患を解明する単細胞オミクス技術 背景紹介 細胞は生命の基本単位であり、1つの受精卵から約37兆個の細胞からなる複雑な人体が発生し、これらの細胞は様々な組織、器官、システムを形成します。従来の細胞分類法は主に細胞の形態、位置、または少数のタンパク質の発現レベルに基づいていましたが、この方法は他の分子レベルでの細胞間の違いを無視していました。細胞の高度な異質性がヒトの生物学的機能の多様性を決定しています。細胞自体の状態、大きさ、起源だけでなく、細胞周囲の特殊な環境や隣接または遠隔の細胞との相互作用も細胞の特性に影響を与えます。従来の大規模サンプルのシーケンシング技術（RNAシーケンシングなど）は、実験サンプル内のすべての細胞の遺伝子発現の平均を測定するため、細胞の多様性を隠してし...