情報エントロピー強化BERTと多方向GRUを統合したS-硫化部位予測のためのアンサンブル深層学習法

背景紹介 タンパク質の翻訳後修飾(Post-Translational Modifications, PTMs)は、遺伝子転写、DNA修復、タンパク質相互作用などの細胞活動を調節する重要なメカニズムです。その中でも、システイン(Cysteine)は希少なアミノ酸であり、そのチオール基(Thiol Group)を介して多様なPTMsに関与し、特に酸化還元平衡やシグナル伝達プロセスにおいて重要な役割を果たしています。S-スルフヒドル化(S-Sulfhydration)は重要なPTMの一つであり、心血管疾患や神経疾患の発症と進行に密接に関連しています。しかし、S-スルフヒドル化の具体的なメカニズムは未解明であり、特にその部位の識別において大きな課題が残されています。 従来のS-スルフヒドル化部位の...

ナトリウムブチレートがストレプトマイセスの遺伝子発現およびタンパク質修飾に与える影響

マルチオミクスデータによる酪酸ナトリウムのストレプトマイセス遺伝子発現とタンパク質修飾への影響 学術的背景 ストレプトマイセスは豊富な遺伝子クラスターと多数の天然物を生産する可能性があることから、広く注目されています。ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)阻害剤は真菌のヒストン修飾において重要な役割を果たしていますが、原核生物における役割はほとんど知られていません。特にストレプトマイセスにおいて、これらの阻害剤が二次代謝産物の生合成に影響を与えるかどうかは研究に値する問題です。現代の生物情報学の発展により、ストレプトマイセスから多数の抗生物質生合成遺伝子クラスター(BGCs)が発見されましたが、実験室での培養条件下では、これらの遺伝子クラスターの大部分はサイレント状態にあり、多様な生物活性産物...