単細胞RNAシーケンスおよびBulk RNAシーケンスに基づく食道扁平上皮癌の予後予測モデル研究 研究背景 食道扁平上皮癌（Esophageal Squamous Cell Carcinoma, ESCC）は、世界的に見ても特に東アジア地域で発生率が高い悪性腫瘍の一つです。手術、内視鏡的切除、放射線化学療法などの治療法が存在するものの、患者の予後は依然として不良で、5年生存率はわずか21%です。免疫チェックポイント阻害剤などの新しい治療法は、20%-30%の患者にしか効果がありません。これは、ESCCの分子メカニズム、特に腫瘍微小環境（Tumor Microenvironment, TME）に対する理解がまだ不十分であることを示しています。グルコース代謝異常はESCCの初期段階における重要な...

ゲノム医学におけるCRISPRガイド配列再注釈：EXORCISEアルゴリズムの応用と検証 学術的背景 CRISPR-Cas9技術は、その登場以来、特に遺伝子の必須性や化学-遺伝相互作用の研究において、遺伝子スクリーニング分野を劇的に変化させました。特定の遺伝子を標的とするガイドRNA（guide RNA, gRNA）の設計を通じて、CRISPR-Cas9システムは細胞内で正確な遺伝子ノックアウトを導入でき、遺伝子機能や疾患におけるその役割の理解を進める助けとなります。しかし、CRISPRライブラリーの設計は通常、参照ゲノムに基づいて行われますが、実際に研究対象となる細胞系（特にがん細胞系）はしばしばゲノム変異を持ちます。これにより、CRISPRガイド配列のミスマッチや偏りが生じ、実験結果の正...

次世代シーケンシングに基づく乳がん多遺伝子リスクスコア位置の遺伝子型決定の限界 背景紹介 遺伝性乳がん（Breast Cancer, BC）の予測において、多遺伝子リスクスコア（Polygenic Risk Scores, PRSs）が個人のリスク予測の重要なツールとして、ますます広く適用されています。PRSの計算は、変異対立遺伝子頻度（Allele Frequencies, AFs）を正確に再現し、それによってPRSSの値を正確に予測することに依存しています。しかし、現在、次世代シーケンシング技術（Next-Generation Sequencing, NGS）を使用して多遺伝子リスクスコアの遺伝子型分析を行う際、多くの技術的制限が存在します。本研究の背景は、これらの技術的課題にあり、乳が...