基于APNet的稀疏深度学习模型在COVID-19严重程度驱动因素发现中的应用

学术背景 COVID-19大流行对全球公共卫生系统造成了巨大冲击,尽管目前疫情已有所缓解,但其复杂的免疫病理机制、长期后遗症(如“长新冠”)以及未来可能出现的类似威胁,仍然推动着相关研究的深入。特别是重症COVID-19患者,常伴随“细胞因子风暴”、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、多器官衰竭等严重症状,亟需更精准的预测模型和生物标志物来指导临床决策。 传统的机器学习(ML)和深度学习(DL)模型在高通量组学数据分析中表现出色,但往往缺乏生物可解释性,难以揭示非线性蛋白质动态(如翻译后修饰)和复杂的信号通路调控机制。为了解决这一问题,作者开发了APNet(Activity PASNet),一种结合了差异活性分析和生物信息驱动的稀疏深度学习模型,旨在通过可解释的预测发现COVID-19重症的驱动...

一种便携、可喷涂、高度可塑、弹性且疏水的抗菌纤维伤口敷料,用于感染伤口愈合

学术背景 伤口感染是全球范围内患者和医疗专业人员面临的重要问题,尤其是在处理严重伤口时,不合适的敷料可能会增加感染风险,延长愈合时间,甚至导致更高的死亡率和经济负担。传统的伤口敷料,如纱布和创可贴,虽然广泛使用,但存在诸多局限性。例如,纱布可能导致过多的血液流失,且限制了手部等部位的活动,而创可贴则缺乏透气性,容易在出汗后导致伤口区域潮湿,增加感染风险。因此,开发一种既能有效防止感染,又具备良好透气性、延展性和防水性的新型伤口敷料成为了当前研究的重点。 近年来,纳米纤维和微纤维膜因其柔软性和优异的变形能力,被认为在伤口修复中具有巨大潜力。然而,传统的静电纺丝技术虽然能够生产纤维敷料,但其复杂的工艺和高电压电场可能会损害生物活性分子的活性。因此,研究人员开始探索其他纤维制备技术,以克服这些限制...

当代抗真菌药物剂量是否足够?重症监护病房患者抗真菌药物暴露的国际多中心药代动力学研究——SAFE-ICU研究

国际多中心研究揭示重症患者抗真菌药物剂量不足问题 学术背景 侵袭性真菌感染(invasive fungal infections)是医院内常见的严重感染,尤其在重症监护病房(ICU)患者中,其发病率和死亡率较高。及时且适当的抗真菌治疗是改善患者预后的关键因素。然而,重症患者的药代动力学(pharmacokinetics, PK)常因器官功能障碍、液体转移和伴随用药等因素发生显著变化,导致标准剂量无法达到最佳治疗效果。这一问题在抗真菌药物中尤为突出,因为许多抗真菌药物具有显著的毒性风险,如肝毒性和肾毒性。因此,确定重症患者中抗真菌药物的最佳剂量,确保其既能有效治疗感染,又能最小化不良反应,成为临床实践中的重要课题。 尽管已有一些关于抗真菌药物在重症患者中药代动力学的研究,但这些研究大多为单中心...

快速ICU内多重PCR对医院获得性和呼吸机相关性肺炎抗生素管理及临床结果的影响

INHALE WP3研究——快速PCR对ICU抗生素管理和临床结局的影响 背景介绍 医院获得性肺炎(hospital-acquired pneumonia, HAP)和呼吸机相关性肺炎(ventilator-associated pneumonia, VAP)是重症监护病房(ICU)患者中常见的感染,发生率在5%至40%之间,且与高发病率和医疗成本增加相关。HAP和VAP的死亡率估计在10%至50%之间,尤其对免疫抑制患者的影响更为严重。早期有效的抗生素治疗可以改善患者预后,但传统的微生物学检测通常需要48至72小时才能提供结果。因此,患者通常会被给予经验性的广谱抗生素治疗,待实验室数据明确后再进行调整。然而,广谱抗生素的使用可能导致抗生素耐药性的发展,进一步加剧公共卫生问题。 近年来,基于...

免疫受损患者急性呼吸衰竭中侵袭性肺曲霉病的多变量预测模型(IPA-GRRR-OH评分)

免疫抑制患者急性呼吸衰竭中侵袭性肺曲霉病的预测模型 背景介绍 侵袭性肺曲霉病(Invasive Pulmonary Aspergillosis, IPA)是一种严重的机会性感染,常见于免疫抑制患者,尤其是那些因血液系统恶性肿瘤、干细胞移植或长期使用免疫抑制剂而导致免疫功能低下的患者。IPA的诊断通常较为困难,且一旦患者需要机械通气,死亡率可高达90%。因此,早期诊断和及时治疗对改善患者预后至关重要。然而,目前的诊断方法(如肺活检、支气管肺泡灌洗等)在临床实践中存在诸多局限性,尤其是在重症患者中,这些侵入性操作可能会加重病情。此外,生物样本的检测结果往往需要较长时间,无法在患者入院时迅速提供诊断依据。 为了解决这一问题,研究者们致力于开发一种基于临床数据的预测模型,能够在患者入住重症监护室(I...

新型内吞抑制剂阻止HIV-1 Tat进入神经细胞

新型内吞抑制剂阻断HIV-1 Tat蛋白进入神经细胞 学术背景 HIV-1(人类免疫缺陷病毒1型)感染不仅导致免疫系统衰竭,还与神经认知障碍(HIV-associated neurocognitive disorders, HAND)密切相关。尽管抗逆转录病毒治疗(combined antiretroviral therapy, cART)显著改善了HIV感染者的生存率,但HIV-1仍在感染者体内持续存在,并导致约三分之一的患者出现神经认知障碍。HIV-1的神经毒性主要与其病毒蛋白Tat(transactivation of transcription protein)有关。Tat蛋白能够穿过血脑屏障,进入神经细胞,引发氧化应激、DNA损伤和线粒体功能障碍,最终导致神经元死亡。 内吞作用(e...

疫苗接种防止COVID-19突破感染期间先天免疫反应过度激活

新冠疫苗如何影响“突破性感染”期间的免疫反应 背景介绍 随着新冠疫情的持续,越来越多的感染者是“突破性感染”(breakthrough infection)病例,即已接种疫苗或既往感染过新冠病毒(SARS-CoV-2)的个体。尽管疫苗接种大大降低了感染风险和疾病严重程度,但突破性感染仍在高风险人群中传播,并可能导致长期新冠(Long COVID)。因此,理解突破性感染期间的免疫反应对优化疫苗策略和治疗方法至关重要。 既往研究主要集中在疫苗如何增强适应性免疫(adaptive immunity)反应,但先天免疫(innate immunity)在控制病毒感染和协调免疫反应中的作用同样重要。先天免疫细胞,如单核细胞(monocytes)和自然杀伤细胞(NK细胞),不仅直接参与抗病毒反应,还通过调...

铜绿假单胞菌感染诱导肺移植抗体介导的排斥反应

Pseudomonas aeruginosa感染诱导肺移植抗体介导的排斥反应 学术背景介绍 肺移植是治疗终末期肺疾病的重要手段,但移植后的排斥反应仍然是影响患者长期生存的主要问题之一。抗体介导的排斥反应(antibody-mediated rejection, AMR)是一种逐渐被认识的肺移植排斥形式,可能导致移植物功能丧失甚至患者死亡。尽管AMR的发生机制尚未完全阐明,但研究表明,供体特异性抗体(donor-specific antibodies, DSAs)的产生与AMR密切相关。然而,病原体如何影响移植耐受性(transplant tolerance)仍不清楚。 Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌)是肺移植患者中常见的细菌感染病原体,尤其容易引发肺炎。已有研究提...

囊性纤维化中先天性免疫的围产期功能障碍

囊性纤维化先天性免疫功能障碍的研究 研究背景 囊性纤维化(Cystic Fibrosis, CF)是一种由CFTR(囊性纤维化跨膜传导调节因子)基因突变引起的遗传性疾病,主要影响肺部和消化系统。CF患者的主要问题之一是反复的感染和炎症,导致肺部进行性损伤。尽管目前的高效CFTR调节剂疗法能够恢复粘液清除功能,但炎症和感染仍然持续存在。这表明CF的免疫系统可能存在先天性缺陷,特别是在先天免疫系统中。然而,关于CF先天免疫系统的具体作用,尤其是在疾病早期阶段的研究仍然不足。因此,本研究旨在通过CF猪模型和人类学龄前儿童的对比,探讨CF先天免疫系统在疾病病因中的作用。 论文来源 本研究由Florian Jaudas等人主导,研究团队来自多个国际知名机构,包括德国慕尼黑工业大学、柏林自由大学、美国哈...

耐药结核病患者QT间期评估的时变校正因子的开发与验证

发展和验证用于耐药结核病患者 QT 间期评估的时间变化校正因子 学术背景与研究动机 在治疗活动性结核病(Tuberculosis, TB)的过程中,患者通常会出现心动过速(Tachycardia),这种现象在病情恢复时往往会减弱。由于心率(Heart Rate, HR)的升高会影响 QT 间期(QT Interval)的测量结果,使用标准的校正因子(Correction Factors, CFs),如弗里德里西亚公式(Fridericia’s formula, QTcf),可能会导致次优校正,从而影响对 QT 延长(QT Prolongation)的准确评估。Olivero 等人提出了一种适用于未接受治疗的结核病患者的校正因子,但这些常数校正因子无法解决治疗过程中 QT 和 HR 关系的变化...