从生物网络中学习蛋白质知识预测药物靶标亲和力
##基于生物网络学习蛋白质知识来预测药物-靶点亲和力 背景介绍 药物-靶点亲和力(drug-target affinity, DTA)预测在药物发现环节中占据重要地位。高效且准确的DTA预测可以显著缩短新药开发的时间和经济成本。近年来,深度学习技术的爆炸性发展为DTA预测提供了强大的支持。现有的DTA预测方法主要分为基于1D蛋白质序列和基于2D蛋白质结构图的方法。然而,这些方法仅关注靶蛋白的内在特性,忽略了过往研究中明确揭示的蛋白质交互的广泛先验知识。 针对上述问题,本文提出了一种名为MSF-DTA(基于多源特征融合的药物-靶点亲和力)的端到端DTA预测方法。MSF-DTA通过利用邻接蛋白的信息,增强蛋白质的表示,并使用高级图预训练框架VG-AE(变分图自动编码器)来学习这些表示,使得预测结...