蛋白质结构预测:挑战、进展与研究范式的转变

蛋白质结构预测:挑战、进展及研究范式的变化 蛋白质结构预测是一个吸引了生物化学、医学、物理学、数学和计算机科学等多个领域研究者的重要跨学科研究课题。研究者们采取了多种研究范式去解决同一个结构预测问题:生物化学家和物理学家试图揭示蛋白质折叠的原理;数学家,尤其是统计学家,通常从假设给定目标序列的蛋白质结构概率分布开始,然后找到最可能的结构;而计算机科学家将蛋白质结构预测视为一个优化问题——寻找具有最低能量的结构构象或最小化预测结构与天然结构之间的差异。最近,深度学习在蛋白质结构预测中也取得了巨大成功。在这篇综述中,本文呈现了一项对蛋白质结构预测努力的调查。我们比较了不同领域研究者采用的研究范式,重点是深度学习时代研究范式的转变。 作者简介及论文出处 本文由Bin Huang, Lupeng K...

全自动多模态 MRI 基于多任务学习的胶质瘤分割和IDH 基因分型

全自动多模态 MRI 基于多任务学习的胶质瘤分割和IDH 基因分型

全自动多模态MRI多任务学习用于胶质瘤分割和IDH基因分型的研究报告 研究背景 胶质瘤是中枢神经系统中最常见的原发性脑肿瘤,根据世界卫生组织(WHO)2016年分类,胶质瘤分为低级别胶质瘤(LGG,级别II和III)和高级别胶质瘤(HGG,级别IV)。异柠檬酸脱氢酶(Isocitrate Dehydrogenase, IDH)突变状态是胶质瘤中最重要的预后标志之一。临床研究发现,含有IDH突变的低级别胶质瘤患者预后通常优于IDH野生型患者。传统的胶质瘤手工分割费时费力,而准确的IDH基因分型和精确的胶质瘤分割对于指导治疗和评估预后具有重要意义。由于多模态磁共振成像(Magnetic Resonance Imaging, MRI)的非侵入性和日常临床实践中的重要作用,它被认为是最有前途的候选技...