由DNA或RNA靶标结合激活的Cas9转核酸酶活性

在本研究中,我们证明了另一类2型CRISPR-Cas系统——II型Cas9系统,也具备“trans-cleavage”活性,该活性由crRNA和tracrRNA指导并通过DNA或RNA目标的结合而激活。通过将Cas9效应核酸酶的trans-cleavage活性与核酸扩增技术结合,我们创建了名为DACD和RACD的特异性DNA和RNA样本检测平台。 Cas9在chimeric sgRNA和nonchimeric crRNA与tracrRNA的指导下,显示出显著不同的ssDNA trans-cleavage活性。酶动力学分析表明,在crRNA和tracrRNA指导下的Cas9 trans-cleavage的催化效率远高于chimeric sgRNA指导下的Cas9 trans-cleavage。...

Tracking-Seq揭示CRISPR-Cas9介导基因组编辑中的脱靶效应异质性

转录组学技术跟踪序列(Tracking-Seq)揭示CRISPR-Cas9介导的基因组编辑的脱靶效应异质性 研究背景 随着基因组编辑技术的飞速发展,CRISPR-Cas9系统因其高效率、易操作而被广泛应用于生物医学研究领域。然而,由于CRISPR-Cas9系统进行DNA编辑时可能产生非靶效应,即在意图编辑以外的基因位点发生切割,因此如何对非靶效应进行全面识别和评估已成为科研中的一项重要课题。之前的研究主要采用细胞游离法等方法检测非靶效应,但这些方法往往存在对特定编辑工具或细胞类型的依赖性、需要大量细胞、假阳性率高以及仅限于体外基因组编辑等局限。鉴于此,开发一种通用的、能够在细胞原位直接检测非靶效应的方法显得十分迫切。另一方面,目前的研究也有所忽视编辑工具的靶向异质性,即不同编辑工具在不同细胞...