大腸組織生検における高感度メタゲノムシーケンシング：宿主DNAの除去の影響 背景 次世代シーケンシング技術を用いて培養条件なしでバクテリアの分類構造を評価することは、細菌の不均衡とさまざまな疾患との関係を研究するための一般的な方法となっています。これまでの研究では、16S rRNA遺伝子アンプリコンまたはメタゲノムシーケンシングを用いて、ヒトの口腔、腸粘膜、糞便サンプルの微生物叢スペクトルを分析してきました。しかし、16S rRNA遺伝子シーケンシングは分類識別の解像度に限界があるのに対し、メタゲノムシーケンシングは種や亜種レベルのバクテリアを識別することができます。さらに、メタゲノムシーケンシングは複数の領域にわたるデータを提供し、複数のドメインにまたがる相互作用を推測することができます。...

食事時間の調整による腸内概日リズムの修正を通じた胃腸炎症の緩和に関する研究 背景情報 炎症性腸疾患（IBD）患者の生検において、腸内概日リズム遺伝子の発現が損なわれていることが観察されています。交代制勤務者に見られるような概日リズムの乱れは、IBDを含む胃腸疾患のリスク増加と関連していることが証明されています。特に腸において、上皮細胞の概日時計は微生物叢を調節することで胃腸の恒常性のバランスを取るとされています。しかし、IBDにおける腸内概日リズムの役割はまだ完全には解明されていません。 最近の研究では、時間制限食が代謝の健康と炎症を改善し、腸内微生物叢に影響を与えることが示されています。そのため、研究チームは食事時間を調整して腸内概日リズムを修正することで、IBDの発症と進行に影響を与える...

複雑な微生物群集における遺伝子配列分析を用いた菌株追跡による種特異的進化パターンの解明 背景紹介 微生物の集団は、単一ヌクレオチドの変異と構造変化（組換え、挿入、欠失など）を通じて異なる菌株に分化します。大多数の菌株比較方法は主に単一ヌクレオチド多型（SNP）の差異を量化し、構造変化を無視しています。しかし、組換えは多くの種（ヒト病原体を含む）の表現型の多様化の重要な推進要因です。本稿では、SynTrackerと呼ばれるツールを紹介します。このツールは遺伝子配列（ゲノム内の相同領域のシーケンスブロックの順序）を使用して微生物菌株を比較します。遺伝子配列は既存の菌株比較ツールによって十分に活用されていない豊富なゲノム情報源です。SynTrackerはSNP感度が低く、データベースを必要とせず、...

TREM2欠損による腸管マクロファージと微生物叢の再構築による抗PD-1腫瘍免疫療法の強化 ワシントン大学医学校の研究チーム、ブランダ・ディ・ルッチアなど複数の科学者が率いるグループは、先ごろ「Science Immunology」誌に研究論文を発表し、腸管微生物叢および腫瘍関連マクロファージがどのように抗PD-1免疫チェックポイント阻害治療に影響を与えるかを明らかにしました。この研究は、マクロファージ上のトリガーレセプターTREM2をブロックまたは削除することで、体内の抗腫瘍T細胞応答を強化することができることを確認し、TREM2欠損マウスでは抗PD-1治療後、腸管マクロファージが炎症促進状態に転じ、腸管微生物叢内のルミノコッカス属細菌（Ruminococcus gnavus）が増加するこ...