Évaluation unifiée de la polarisation des cellules immunitaires à l'échelle d'une seule cellule

Les cellules immunitaires subissent un processus de polarisation induit par les cytokines en réponse à divers stimuli, ce qui modifie leurs profils transcriptionnels et leurs états fonctionnels. Ce processus dynamique joue un rôle central dans les réponses immunitaires, tant dans la santé que dans les maladies. Cependant, il manque actuellement une...

Alignement de trajectoire de la dynamique d'expression génique

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...

Apprentissage par cartographie contrastive pour la reconstruction spatiale des données de séquençage d'ARN unicellulaire

La technologie de séquençage d’ARN monocellulaire (scRNA-seq) permet une analyse transcriptomique à haut débit à la résolution d’une seule cellule, ce qui a considérablement fait progresser la recherche en biologie cellulaire. Cependant, une limitation notable de la technologie scRNA-seq est qu’elle nécessite la dissociation des tissus, ce qui entr...

Stockage efficace et calcul de régression pour les études de séquençage du génome à l'échelle de la population

Avec la popularité croissante des biobanques de population à grande échelle, le potentiel des données de séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) dans la recherche sur la santé humaine et les maladies a été considérablement renforcé. Cependant, les énormes besoins en calcul et en stockage des données WGS posent des défis majeurs a...

Prédiction des associations circARN–maladie avec des unités partagées et des mécanismes d'attention multicanal

Contexte Ces dernières années, les ARN circulaires (circRNA) ont joué un rôle important dans l’émergence, le développement et le traitement des maladies en tant que nouvelle catégorie de molécules d’ARN non codantes. Les circRNA possèdent une structure circulaire unique qui les rend résistants à la dégradation par les nucléases, ce qui en fait des ...

ACImpute : Une approche de lissage basée sur la contrainte pour l'imputation des données de séquençage d'ARN unicellulaire

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a récemment été largement utilisé dans les recherches biologiques et médicales, permettant de révéler les informations transcriptomiques des cellules individuelles, aidant ainsi les scientifiques à mieux comprendre l’hétérogénéité et la complexité cellulaires. Cependant, ...

APNet : Un modèle d'apprentissage profond parcimonieux explicable pour découvrir les facteurs actifs différentiels de la COVID-19 sévère

Contexte académique La pandémie de COVID-19 a eu un impact considérable sur les systèmes de santé publique mondiaux. Bien que la situation se soit améliorée, les mécanismes immunopathologiques complexes de la maladie, les séquelles à long terme (comme le “COVID long”) et les menaces similaires potentielles continuent de stimuler la recherche. En pa...

SP-DTI : Transformer informé par les sous-poches pour la prédiction des interactions médicament-cible

Contexte académique La prédiction des interactions médicament-cible (Drug-Target Interaction, DTI) est une étape cruciale dans la découverte de médicaments, permettant de réduire considérablement les coûts et le temps de criblage expérimental. Cependant, bien que les techniques d’apprentissage profond aient amélioré la précision de la prédiction de...

La glutaminolyse catalysée par la glutamate déshydrogénase 1 active en retour la voie EGFR/PI3K/AKT et reprogramme le métabolisme du glioblastome

Contexte académique Le glioblastome (Glioblastoma, GBM) est l’une des tumeurs du système nerveux central les plus agressives et hétérogènes, avec un pronostic extrêmement sombre. Malgré l’émergence de nouvelles thérapies telles que les traitements anti-angiogéniques et l’immunothérapie, la survie des patients atteints de GBM reste très limitée. Les...

EVA1-Conjugué Médicamenteux à Anticorps comme Nouvelle Stratégie Thérapeutique pour Éliminer les Cellules Initiantes du Glioblastome

Contexte Le glioblastome (GBM) est l’un des cancers du cerveau les plus agressifs, avec une survie médiane d’environ 15 mois. Malgré les traitements multimodaux actuels, incluant la chirurgie, la chimiothérapie et la radiothérapie, le taux de survie global des patients atteints de GBM n’a pas significativement augmenté au cours des dernières décenn...