GutBugDB : une ressource web pour prédire la biotransformation des molécules biotiques et xénobiotiques médiée par le microbiome intestinal humain

Ces dernières années, le rôle crucial du microbiote intestinal humain (Human Gut Microbiota, HGM) dans le métabolisme des médicaments et des nutriments a été progressivement reconnu. Le microbiote intestinal influence non seulement la biodisponibilité des médicaments administrés par voie orale, mais participe également à la biotransformation des mé...

Les effets des légumes fermentés sur le microbiote intestinal pour la prévention des maladies cardiovasculaires

Ces dernières années, le rôle du microbiote intestinal dans la santé et les maladies a suscité un intérêt considérable. Des études ont montré que la diversité et la composition du microbiote intestinal sont étroitement liées à l’apparition et au développement des maladies cardiovasculaires (MCV). Les maladies cardiovasculaires sont l’une des princi...

Étapes de l'ensemencement et de l'alimentation : le rôle des microbes du lait maternel et des oligosaccharides dans le développement temporel du microbiote intestinal infantile

Le rôle crucial des microbes et des oligosaccharides du lait maternel dans le développement du microbiote intestinal du nourrisson Contexte académique Le développement du microbiote intestinal du nourrisson est crucial dans les premières étapes de la vie, et l’allaitement maternel est l’un des principaux facteurs influençant ce processus. Le lait m...

Les modèles alimentaires pro-inflammatoires et hyperinsulinémiques sont associés à des profils spécifiques du microbiome intestinal : une étude de cohorte TwinsUK

Ces dernières années, le rôle du microbiome intestinal dans la santé humaine et les maladies a suscité une attention considérable. Des études ont montré que le déséquilibre du microbiome intestinal (dysbiose) est étroitement lié à de multiples maladies chroniques, telles que l’obésité, les maladies inflammatoires de l’intestin, le cancer et les mal...

La protéine de liaison à l'ARN avec épissage multiple (RBPMS) favorise l'épissage du phénotype contractile dans les cellules musculaires lisses vasculaires dérivées de cellules souches embryonnaires humaines

Le rôle crucial de la protéine de liaison à l’ARN RBPMS dans les cellules musculaires lisses vasculaires Contexte académique Les cellules musculaires lisses vasculaires (Vascular Smooth Muscle Cells, VSMCs) constituent les principaux éléments structurels des grandes artères. Dans les vaisseaux sanguins sains, les VSMCs possèdent un phénotype contra...

DeepES : Outil de criblage enzymatique basé sur l'apprentissage profond pour identifier les gènes d'enzymes orphelins

Contexte académique Avec le développement rapide des technologies de séquençage, les scientifiques ont pu obtenir un grand nombre de séquences protéiques, y compris de nombreuses séquences enzymatiques. Cependant, bien que des bases de données enzymatiques majeures telles que Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) et BRENDA aient été établi...

FlowPacker : Empaquetage des chaînes latérales des protéines avec correspondance de flux torsionnel

La structure tridimensionnelle des protéines est déterminée par leur séquence d’acides aminés, et la fonction des protéines dépend fortement de leur structure tridimensionnelle. Les conformations des chaînes latérales des protéines (side-chain conformations) jouent un rôle crucial dans le repliement des protéines, les interactions protéine-protéine...

CryoTEN : Amélioration efficace des cartes de densité Cryo-EM à l'aide de Transformers

Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...

Quantification relative des protéines et des modifications post-traductionnelles dans les expériences de protéomique avec des peptides partagés : une approche basée sur les poids

Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...

Sul-BERTGRU : Une méthode d'apprentissage profond intégrant BERT amélioré par l'entropie de l'information et GRU multidirectionnel pour la prédiction des sites de S-sulfhydration

Contexte Les modifications post-traductionnelles des protéines (Post-Translational Modifications, PTMs) sont des mécanismes clés dans la régulation des activités cellulaires, incluant la transcription génique, la réparation de l’ADN et les interactions protéiques. Parmi ces modifications, la cystéine (Cysteine), un acide aminé rare, participe à div...