Les Dernières Recherches en Génomique du Cancer du Poumon : Analyse du Diagnostic de l’ADN Tumoral Circulant dans le Cancer du Poumon Non à Petites Cellules

Contexte et Motivation de l’Étude

Ces dernières années, le traitement du cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC) a subi des changements significatifs en raison du succès des thérapies ciblées. Les lignes directrices du National Comprehensive Cancer Network recommandent des tests moléculaires étendus pour le cancer du poumon afin d’identifier les patients pouvant bénéficier de ces thérapies. Cependant, obtenir suffisamment d’échantillons de biopsie tissulaire des patients atteints de NSCLC est devenu de plus en plus difficile. L’augmentation du nombre de biomarqueurs a conduit à un nombre insuffisant d’échantillons pour une analyse moléculaire complète. De plus, la localisation de la tumeur et les conditions cliniques des patients rendent la collecte de tissus très difficile. Par conséquent, le séquençage de nouvelle génération (NGS) de l’ADN tumoral circulant (ctDNA) dans le sang semble surmonter ces limitations des tests tissulaires.

Origine de l’Étude

Cette étude est menée conjointement par les Dr Hsin-Yi Wang, Chao-Chi Ho, Yen-Ting Lin et plusieurs autres médecins et chercheurs postdoctoraux. Ils proviennent tous de l’hôpital de l’Université Nationale de Taïwan et ont publié en janvier 2024 dans la revue « JCO Precision Oncology ». DOI : https://doi.org/10.1200/po.23.00314.

Conception et Méthodes de l’Étude

Conception de l’Étude

BFAST (Blood First Assay Screening Trial) est une étude prospective utilisant la méthode NGS pour détecter le ctDNA et dépister les patients initialement traités pour un NSCLC avancé ou métastatique. Cette étude a été réalisée à l’hôpital de l’Université Nationale de Taïwan, avec un total de 269 patients ayant reçu le test FoundationOne Liquid Companion Diagnostic (F1LCDx), parmi lesquels 264 patients ont également subi des tests génétiques tissulaires.

Considérations des Échantillons et des Sujets de l’Étude

Tous les patients ont signé un consentement éclairé pour le dépistage sanguin, et l’étude a été approuvée par le comité d’éthique de l’hôpital. Les patients avaient 18 ans et plus et avaient reçu un diagnostic de NSCLC stade IIIB ou IV non résécable. La période d’étude s’est étalée de février 2019 à mars 2022. Le profilage génomique a été réalisé à l’aide d’un dispositif de test NGS avec capture hybride, F1LCDx, pour détecter les mutations dans plus de 300 gènes liés au cancer.

Les tests génétiques tissulaires comprenaient l’analyse des mutations de l’EGFR, de l’ALK, du ROS1 et du BRAF, ainsi que des NGS tissulaires optionnels, selon la décision du clinicien et du patient. Chaque patient a fait l’objet d’une analyse génétique complète pour identifier les mutations exploitables cliniquement pertinentes, définies comme des variantes de premier niveau (conformément aux directives conjointes ESMO-ESCAT et AMP/ASCO/CAP).

Résultats Expérimentaux et Méthodes d’Analyse des Données

Les principales données de l’étude incluent la sensibilité et la concordance des différentes méthodes de test. La cohérence entre les différentes méthodes de diagnostic a été évaluée par le test de kappa. De plus, la survie sans progression (PFS) et la survie globale (OS) ont été estimées par la méthode de Kaplan-Meier, et une analyse de régression des risques proportionnels de Cox a été utilisée pour déterminer les facteurs associés à la PFS et à l’OS.

Résultats et Analyses de l’Étude

Caractéristiques des Patients et Mutations

Parmi les 269 patients, 76,2 % ont présenté des mutations exploitables. Les tests tissulaires standards n’ont pas réussi à détecter les mutations motrices connues chez environ 22,7 % des patients, tandis que les tests NGS liquides ont détecté des mutations supplémentaires dans 14 % des patients, incluant RET, KRAS, MET et ERBB2.

Comparaison des Méthodes de Détection

La sensibilité des tests mono-géniques était inférieure à celle des tests NGS liquides, avec une sensibilité atteignant 83,41 % pour ces derniers. En utilisant les tests NGS de ctDNA en complément, le nombre de mutations exploitables cliniquement pertinentes détectées chez les patients a augmenté de 42 %. De plus, l’analyse génétique globale a révélé que 54,3 % des patients présentaient des mutations concomitantes communes comme TP53, DNMT3A, TET2 et PIK3CA.

Chez les patients NSCLC avec mutation de l’EGFR, la mutation concomitante de TET2 était associée à une PFS plus courte sous traitement par EGFR-TKI. L’analyse multivariée de la PFS a montré que TET2 était significativement associé aux essais de traitement par EGFR-TKI.

Signification de l’Étude et Clinique

Valeur Scientifique

Cette étude est la première à analyser systématiquement l’ADN tumoral circulant des patients atteints de cancer du poumon non à petites cellules à Taïwan et à le comparer aux tests génétiques tissulaires. Cela fournit des données de soutien importantes pour choisir les méthodes de test génétique les plus appropriées en pratique clinique.

Valeur d’Application

En améliorant la précision et la sensibilité des tests de biopsie liquide, il est possible d’augmenter de manière significative la proportion de mutations exploitables détectées, permettant ainsi de sélectionner plus de patients susceptibles de bénéficier de thérapies ciblées. Pour les patients pour lesquels une biopsie tissulaire est impossible ou difficile, la biopsie liquide offre une alternative non invasive et efficace.

Points Forts de l’Étude

• Taux de Détection Élevé : Après avoir complété les tests NGS de ctDNA, le nombre de mutations exploitables cliniquement détectées chez les patients a augmenté de 42 %.
• Corrélation entre les Mutations EGFR et TET2 : La mutation concomitante de TET2 est significativement associée à une PFS plus courte sous traitement par EGFR-TKI, ce qui constitue une découverte clé.
• Nouvelle Méthode de Détection : Comparativement aux tests génétiques tissulaires traditionnels, les NGS liquides montrent une sensibilité et une couverture de détection plus élevées.

Conclusion

Cette étude, en utilisant des méthodes de séquençage génétique systématique, en particulier l’analyse de l’ADN tumoral circulant, offre plus de possibilités de traitement précis pour les patients atteints de NSCLC. L’étude montre que les tests NGS liquides sont non seulement pratiques, mais aussi supérieurs en termes de couverture et de sensibilité de détection par rapport aux tests génétiques tissulaires traditionnels, surtout pour détecter les mutations fréquentes dans la population asiatique. De plus, l’analyse des mutations concomitantes permet aux cliniciens de prendre en compte davantage de facteurs lors de la formulation de plans de traitement, favorisant ainsi le développement de la médecine de précision.

À travers cette étude, on peut prédire que les biopsies liquides seront de plus en plus utilisées dans le traitement du cancer, en particulier pour les patients pour lesquels il est difficile d’obtenir suffisamment d’échantillons tissulaires. Pour les patients atteints de NSCLC, cela représente un progrès clinique significatif.