Représentation interprétable multi-modale pour la classification et l'annotation des ARN non codants

Sciences de la vie, Génie biologique, Génétique,
ARN non codant   apprentissage multi-modal   apprentissage profond   classification   annotation   bioinformatique   interprétabilité  

Les ARN non codants (ncARN) jouent un rôle clé dans les processus cellulaires et le développement des maladies. Bien que les projets de séquençage du génome aient révélé l’existence d’un grand nombre de gènes non codants, la fonction et la classification des ncARN restent des problèmes complexes et difficiles. La diversité, la complexité et la fonc...

CryoTEN : Amélioration efficace des cartes de densité Cryo-EM à l'aide de Transformers

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique, Biophysique,
Cryo-EM   amélioration de la carte de densité   Transformers   apprentissage profond   structure protéique   traitement d'images   bioinformatique  

Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...

Quantification relative des protéines et des modifications post-traductionnelles dans les expériences de protéomique avec des peptides partagés : une approche basée sur les poids

Sciences de la vie, Biochimie, Génie biologique,
quantification des protéines   modifications post-traductionnelles   peptides partagés   spectrométrie de masse   bioinformatique  

Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...

Sul-BERTGRU : Une méthode d'apprentissage profond intégrant BERT amélioré par l'entropie de l'information et GRU multidirectionnel pour la prédiction des sites de S-sulfhydration

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie,
apprentissage profond   sites de S-sulfhydration   entropie de l'information   BERT   GRU multidirectionnel   modification des protéines   bioinformatique  

Contexte Les modifications post-traductionnelles des protéines (Post-Translational Modifications, PTMs) sont des mécanismes clés dans la régulation des activités cellulaires, incluant la transcription génique, la réparation de l’ADN et les interactions protéiques. Parmi ces modifications, la cystéine (Cysteine), un acide aminé rare, participe à div...

Alignement de trajectoire de la dynamique d'expression génique

Médecine, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Biochimie, Génie biologique, Immunologie, Génétique, Microbiologie,
expression génique   transcriptomique unicellulaire   alignement de trajectoire   bioinformatique   gènes différentiellement exprimés  

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...

Prédiction des associations circARN–maladie avec des unités partagées et des mécanismes d'attention multicanal

Sciences de l'information, Informatique, Intelligence artificielle, Sciences de la vie, Génie biologique,
circARN   association maladie   apprentissage multivue   mécanisme d'attention   apprentissage contrastif   modèle computationnel   bioinformatique  

Contexte Ces dernières années, les ARN circulaires (circRNA) ont joué un rôle important dans l’émergence, le développement et le traitement des maladies en tant que nouvelle catégorie de molécules d’ARN non codantes. Les circRNA possèdent une structure circulaire unique qui les rend résistants à la dégradation par les nucléases, ce qui en fait des ...

APNet : Un modèle d'apprentissage profond parcimonieux explicable pour découvrir les facteurs actifs différentiels de la COVID-19 sévère

Sciences de l'information, Intelligence artificielle, Médecine, Maladies infectieuses, Sciences de la vie, Immunologie,
COVID-19   apprentissage profond   bioinformatique   protéomique   biologie des réseaux  

Contexte académique La pandémie de COVID-19 a eu un impact considérable sur les systèmes de santé publique mondiaux. Bien que la situation se soit améliorée, les mécanismes immunopathologiques complexes de la maladie, les séquelles à long terme (comme le “COVID long”) et les menaces similaires potentielles continuent de stimuler la recherche. En pa...

Cartographie de l'espace génique à une résolution unicellulaire avec l'analyse des modèles de signaux géniques

Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Génétique,
séquençage unicellulaire   encastrement de gènes   traitement de signaux graphiques   bioinformatique   co-expression génique  

Cartographie de l’espace génique à résolution unicellulaire : étude sur l’analyse des motifs de signalisation génique (GSPA) Contexte académique La technologie de séquençage ARN unicellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fait des progrès significatifs ces dernières années dans la recherche biologique, notamment en révélant l’organisati...

Annotation génomique des guides CRISPR valide les cibles dans les lignées cellulaires variantes et améliore la découverte dans les criblages

Médecine, Oncologie, Sciences de la vie, Biologie cellulaire, Génie biologique, Génétique,
CRISPR   annotation génomique   bioinformatique   biologie computationnelle   outil logiciel  

annotation des guides CRISPR ciblant le génome à l’aide de l’algorithme EXORCISE Contexte académique La technologie CRISPR-Cas9 a révolutionné les criblages génétiques, notamment en analysant l’essentialité des gènes et les interactions chimio-génétiques. En programmant des ARN guides (gRNAs) pour cibler des séquences spécifiques du génome, ce syst...