Association du polymorphisme mononucléotidique du gène NID2 avec le risque et le pronostic du gliome dans la population chinoise Han

Contexte académique

Le gliome est la tumeur intracrânienne primaire la plus courante, caractérisée par un taux de mortalité élevé et un mauvais pronostic. Bien que des progrès aient été réalisés dans les stratégies de diagnostic et de traitement, l’amélioration du pronostic des patients atteints de gliome par les traitements conventionnels reste limitée. Actuellement, le mécanisme spécifique de la pathogenèse du gliome n’est pas clair, mais il est étroitement lié aux facteurs environnementaux et génétiques. Les radiations ionisantes sont considérées comme un facteur de risque environnemental confirmé, tandis que les facteurs génétiques tels que le polymorphisme génétique, la maintenance des télomères, les syndromes génétiques et l’agrégation familiale sont également associés à la susceptibilité et au pronostic du gliome. Bien que des études d’association pangénomique (GWAS) aient identifié des loci associés au risque de gliome dans certains gènes, tels que TP53, EGFR, CDKN2A/B et TERT, ces études se sont principalement concentrées sur les populations européennes et américaines. Par conséquent, il est nécessaire de déterminer le rôle des variations génétiques associées au développement du gliome dans la population chinoise Han.

NID2 (nidogène-2), en tant que protéine d’adhésion cellulaire, peut se lier au collagène I et IV ainsi qu’à la laminine, et participe à de nombreux processus physiologiques et pathologiques en régulant l’embryogenèse, l’adhésion et la migration cellulaires, ainsi que l’invasion et la métastase du cancer. Des études ont montré que NID2 est un biomarqueur pronostique pour divers cancers (tels que le cancer colorectal, le cancer du sein, le cancer de la vessie et le carcinome épidermoïde oral). NID2 a également été validé comme une molécule potentiellement oncogène pour les tumeurs cérébrales. Étant donné qu’il existe actuellement peu d’études sur l’association entre le polymorphisme de NID2 et le risque et le pronostic du gliome, cette étude vise à étudier l’impact des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) du gène NID2 sur le risque et le pronostic du gliome dans la population chinoise Han.

Source des données de recherche

Cet article a été rédigé conjointement par des chercheurs de l’Université du Nord-Ouest de la Chine et de l’Université médicale de Hainan, à savoir Jie Hao, Congmei Huang, Weiwei Zhao, Lin Zhao, Xiuxia Hu, Wenjie Zhang, Le Guo, Xia Dou, Tianbo Jin et Mingjun Hu. L’étude a été publiée dans la revue “Neuromolecular Medicine”, incluse dans le volume 26, page 27 de 2024, soumise le 24 juillet 2023 et acceptée le 5 octobre 2023.

Méthodes et processus de recherche

Sujets de l’étude

Dans cette étude, 529 patients atteints de gliome et 478 témoins sains provenaient du service de neurochirurgie de l’hôpital du district de Chang’an à Xi’an, en Chine. Les patients recueillis auprès des différentes facultés de médecine étaient tous de l’ethnie Han chinoise et diagnostiqués pour la première fois avec un gliome, dont 409 cas diagnostiqués comme astrocytomes. Selon la classification des tumeurs du système nerveux central de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), la plupart des patients ont reçu une chirurgie, une radiothérapie ou une chimiothérapie après le diagnostic. Les informations sociodémographiques, cliniques et de suivi ont été recueillies pour tous les sujets. Tous les participants ont signé un consentement éclairé écrit et ont été pleinement informés de l’étude avant leur participation. L’étude a été approuvée par le comité d’éthique de l’hôpital du district de Chang’an à Xi’an, et les procédures expérimentales étaient conformes à la Déclaration d’Helsinki.

Génotypage des SNP

Les informations sur la position du gène NID2 sur le chromosome 14 ont été obtenues à partir de la base de données Ensembl. Selon les principes de notation du projet 1000 Génomes, de la base de données dbSNP et de la base de données Vannoportal, 4 SNP avec une fréquence de l’allèle mineur (MAF) inférieure à 0,05 et un taux d’appel supérieur à 95% ont été sélectionnés au hasard pour une étude ultérieure. Ensuite, l’ADN génomique a été extrait des échantillons de sang total à l’aide d’un kit d’extraction d’ADN génomique, et la concentration d’ADN a été mesurée à l’aide du Nanodrop 2000 (Thermo Fisher Scientific). Le génotypage a été réalisé à l’aide de la plateforme à haut débit Agena MassARRAY basée sur la spectrométrie de masse MALDI-TOF, et les résultats des tests ont été interprétés et organisés à l’aide du logiciel Agena Typeranalyzer. Parallèlement, environ 5% des échantillons ont été re-génotypés de manière aléatoire, et la concordance du génotypage répété était de 100%.

Analyse statistique

Les tests de Mann-Whitney U et du χ2 ont été utilisés pour évaluer les différences dans les caractéristiques cliniques des sujets de l’étude. Le programme Plink 1.90 a été utilisé pour analyser l’association entre les variants de NID2 et le risque de gliome dans différents modèles génétiques (modèles allélique, codominant, dominant, récessif et additif). Une régression logistique binaire a été utilisée pour détecter les interactions génétiques par paires entre deux loci (SNP), et les analyses statistiques ont été effectuées à l’aide du logiciel SPSS 26.0. La méthode de Kaplan-Meier a été utilisée pour tracer les courbes de survie globale (OS) et de survie sans progression (PFS).

Résultats de l’étude

Caractéristiques des sujets de l’étude

Les sujets de l’étude comprenaient 529 patients atteints de gliome (284 hommes, 245 femmes) et 478 témoins sains (255 hommes, 223 femmes), avec un âge moyen respectif de 40,55 ± 18,10 ans et 40,00 ± 13,84 ans. Il n’y avait pas de différence significative entre les deux groupes en termes de variables démographiques (telles que l’âge, le sexe, le statut tabagique, les habitudes de consommation d’alcool et l’IMC). Les patients atteints d’astrocytome représentaient environ 77,30% de tous les patients atteints de gliome.

Association entre les SNP de NID2 et le risque de gliome

Sous réserve d’ajustement des covariables, cinq modèles génétiques ont été utilisés pour étudier la relation entre le polymorphisme de NID2 et le risque de gliome. Les résultats ont montré que rs11846847 et rs1874569 augmentaient significativement le risque de gliome dans le modèle allélique. De plus, rs1874569 était également significativement associé à un mauvais pronostic chez les patients atteints de gliome, en particulier le génotype CC était associé à une survie globale et une survie sans progression plus courtes chez les patients atteints de gliome de haut grade.

Analyse de régression

L’analyse de survie de Kaplan-Meier et l’analyse de régression des risques proportionnels de Cox ont révélé que rs11846847 augmentait significativement le risque de gliome chez les personnes de moins de 40 ans, tandis que rs1874569 était significativement associé au risque de gliome chez les buveurs d’alcool. Parallèlement, la résection totale brute ou la chimiothérapie ont amélioré le pronostic chez les patients chinois Han atteints de gliome. Cela suggère que les variants de NID2 pourraient être des facteurs moteurs dans la régulation de la progression tumorale.

Conclusion et valeur

Cette étude est la première à fournir des preuves de l’association entre les SNP de NID2 et le risque et le pronostic du gliome, indiquant que les variants de NID2 pourraient être des facteurs de risque potentiels pour le gliome. Cette étude comble non seulement une lacune théorique dans les recherches connexes sur la population chinoise Han, mais fournit également de nouvelles idées et méthodes pour les futures stratégies de dépistage médical et de traitement, soulignant ainsi sa valeur scientifique et pratique.

Bien que l’étude présente certaines limites, telles qu’un échantillon unique et la non-prise en compte de certains facteurs de risque environnementaux élevés, les résultats de l’étude fournissent sans aucun doute un précieux soutien en données pour explorer davantage les mécanismes pathogéniques du gliome. À l’avenir, la taille de l’échantillon sera élargie et davantage d’informations seront ajoutées pour évaluer de manière exhaustive la relation entre NID2 et le risque et le pronostic du gliome.

Cette étude fournit des preuves préliminaires de l’association entre les SNP du gène NID2 et le risque et le pronostic du gliome dans la population chinoise Han, ce qui a une importante valeur potentielle d’application.