Contexte académique Avec le développement rapide des technologies de séquençage, les scientifiques ont pu obtenir un grand nombre de séquences protéiques, y compris de nombreuses séquences enzymatiques. Cependant, bien que des bases de données enzymatiques majeures telles que Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) et BRENDA aient été établi...
La structure tridimensionnelle des protéines est déterminée par leur séquence d’acides aminés, et la fonction des protéines dépend fortement de leur structure tridimensionnelle. Les conformations des chaînes latérales des protéines (side-chain conformations) jouent un rôle crucial dans le repliement des protéines, les interactions protéine-protéine...
Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...
Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...
Contexte Les modifications post-traductionnelles des protéines (Post-Translational Modifications, PTMs) sont des mécanismes clés dans la régulation des activités cellulaires, incluant la transcription génique, la réparation de l’ADN et les interactions protéiques. Parmi ces modifications, la cystéine (Cysteine), un acide aminé rare, participe à div...
Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...
Contexte académique La prédiction des interactions médicament-cible (Drug-Target Interaction, DTI) est une étape cruciale dans la découverte de médicaments, permettant de réduire considérablement les coûts et le temps de criblage expérimental. Cependant, bien que les techniques d’apprentissage profond aient amélioré la précision de la prédiction de...
Contexte académique Le glioblastome (Glioblastoma, GBM) est l’une des tumeurs du système nerveux central les plus agressives et hétérogènes, avec un pronostic extrêmement sombre. Malgré l’émergence de nouvelles thérapies telles que les traitements anti-angiogéniques et l’immunothérapie, la survie des patients atteints de GBM reste très limitée. Les...
Contexte Les lésions de la moelle épinière (Spinal Cord Injury, SCI) représentent un défi majeur dans le domaine médical, en particulier en ce qui concerne la récupération des fonctions neurologiques. Des études ont montré que les neurones jouent un rôle clé dans la régénération de la moelle épinière. Cependant, dans un environnement pathologique c...
Contexte académique L’hypoxie chronique (chronic hypoxia) affecte négativement les fonctions des cellules souches pendant la réparation des tissus. Les cellules souches du périoste (Periosteal Stem Cells, PSCs), principales contributrices à la réparation osseuse, voient leurs fonctions altérées dans des conditions d’hypoxie, bien que les mécanismes...