207の綿花系統における単一ヌクレオチド解像度でのDNAメチル化多様性が複雑な形質へのエピジェノムの寄与を明らかにする

コットンにおける全体的なDNAメチル化多型の研究が複雑な形質に対するエピゲノムの貢献を明らかに 背景と研究の動機 過去数十年にわたり、全ゲノム関連解析(GWAS)を通じて、ゲノムおよび遺伝的多様性に関する研究が進められ、作物形質の変異理解に理論的基盤を提供してきました。しかしながら、DNAメチル化をはじめとするエピジェネティック修飾が作物形質の制御にどのように寄与するかについては、未だに十分に解明されていません。DNAメチル化は、シトシン(Cytosine)にメチル基を付加することで発生し、遺伝子発現の調節、ゲノムの安定性の維持、さらに多くの作物における重要な農学形質において重要な役割を果たします。これまでの研究では、ゲノムメチル化レベルの多型が生態学的適応形質に関連していることが示されてい...

炎症誘導によるエピジェネティック印刷が腸幹細胞を調節する

炎症誘導によるエピジェネティック印象と腸幹細胞の調節 近年、科学界で非免疫細胞の「記憶」能力、特に成人組織における特定の幹細胞が炎症を経験した後に記憶を生成し、その機能に影響を与える現象に大きな関心が寄せられています。しかし、この種の炎症の記憶が胃腸道の幹細胞にも適用されるかどうか、またこの記憶が再生および修復能力にどのような影響を与えるのかは、まだ明らかではありません。この未知の領域を探求するため、Baylor College of Medicine、University of Michigan、MD Anderson Cancer Centerなどの機関のZhaoらは、革新的な研究を発表し、LGR5+腸幹細胞(intestinal stem cells, ISCs)の急性胃腸道移植片対宿...

AS01アジュバントワクチンで免疫された成人の単球における機能的およびエピジェネティックな変化

AS01アジュバントワクチンが成人単球の機能と表現型に与える長期的変化 背景紹介: ワクチンアジュバントは、ワクチンの免疫応答性能を向上させるために広く使用されています。特にAS01アジュバントは、複数の承認済みワクチンの重要な成分として、高い免疫原性と有効性を示しています。AS01は自然免疫系を活性化することでアジュバント効果を発揮しますが、自然免疫細胞の機能と表現型のリモデリングに対する具体的な影響はまだ明確ではありません。そのため、BechtoldらはこのAS01アジュバントワクチンが単球と樹状細胞(DCs)の長期的な機能変化と表現型変化に与える影響を調査しました。 論文の出典: この論文はViviane Bechtold、Kinga K. Smolenらによって執筆され、著者らはGS...

内頸動脈閉塞マウスモデルにおける神経炎症、損傷、および回復に関与するH3K9me2を含む性別特異的エピジェネティック調節メカニズムの解明

神経炎症、損傷、回復における性別特異的エピジェネティック制御機構を明らかにした研究 背景 脳虚血性脳卒中は、世界中で死亡と障害の主な原因の一つです。その連鎖的な疾患メカニズムについての知識が限られているため、現在、急性虚血性脳損傷を軽減するための治療法は非常に限られています。最近の研究では、ヒストンリジンのアセチル化/脱アセチル化などのエピジェネティックメカニズムが、虚血誘発性の神経損傷と死亡に関与していることが示されています。しかし、もう一つの一般的なエピジェネティックメカニズムであるリジンのメチル化/脱メチル化の脳虚血における役割は、まだ包括的に調査されていません。特に、性別が脳卒中後の結果に与える影響により、研究において性別因子を考慮することが必要不可欠となっています。本研究は、最近開...

SOX11のエピジェネティックな活性化は、非浸潤性乳管癌から浸潤性乳癌への再発および進行に関連しています

Sox11の乳管非浸潤癌再発と進行におけるエピジェネティックアクティベーション 背景紹介 乳管非浸潤癌(Ductal Carcinoma In Situ, DCIS)は非浸潤性の乳がんであり、その主な特徴は管腔上皮細胞の過剰増殖とそれを取り囲む筋上皮細胞によって特徴づけられます。DCISは乳がん検診において約25%を占めており、潜在的な生物学的特性と予後には異質性が存在します。DCIS自体は浸潤性の病気ではありませんが、その進行が浸潤性乳管がん(Invasive Ductal Carcinoma, IDC)に移行するリスクは重要な臨床的課題です。そのため、DCISが浸潤性がんに進行することを予測するためのバイオマーカーの開発が緊急に求められています。 現時点では、エストロゲン受容体(ER)、...

原代造血幹細胞におけるCRISPR依存性スクリーニングがIDH2およびTET2変異細胞の遺伝子型特異的脆弱性としてKDM3Bを特定

CRISPR依存スクリーニングによって原代造血幹細胞でIDH2およびTET2変異型の特異的感受性としてKDM3Bが同定された 背景と研究意義 クローン性造血(Clonal Hematopoiesis, CH)は、特定の変異を持つ造血幹細胞(Hematopoietic Stem Cell, HSC)によって引き起こされる遺伝子的に異なるサブ群細胞の異常な増殖を指す。この現象は60歳以上の人々の間で非常に一般的であり、20%以上の人口に影響を与える。CHは急性骨髄性白血病(AML)への悪性転化リスクの増加に関連し、さらに全原因の死亡率や心血管疾患などの年齢関連疾患とも関連している。以前の遺伝学研究はCHに関連する遺伝子変異を同定したが、CHにおける治療ターゲットを特定することは依然として困難であ...

双方向エピジェネティック編集が遺伝子調節の階層を明らかにする

双方向エピジェネティック編集が遺伝子制御の階層構造を明らかにする 背景と研究動機 ヒトゲノムにおいて、エンハンサーなどの非コード要素が遺伝子制御に果たす役割は広く認識されています。しかし、現在一般的に用いられているCRISPR干渉法は、非コード要素と遺伝的相互作用の研究においていくつかの限界があります。主に、従来のCRISPR手法、例えばCRISPR干渉(CRISPRi)やCRISPR活性化(CRISPRa)は、一度に単一の遺伝子座を編集することしかできないため、遺伝子制御ネットワークにおける相互作用の理解が制限されています。したがって、本研究はこれらの問題を解決するために、二方向のエピジェネティック特性を編集できるシステムを開発することを目指します。 出典と著者情報 この論文「Bidire...

乳癌細胞株のクロマチンアクセシビリティプロファイリングによる系統特異的エピジェネティック調節因子FOXA1とGRHL2の同定

乳がん細胞株のクロマチンアクセシビリティ解析による系統特異的なエピジェネティック制御因子FOXA1とGRHL2の同定 背景紹介 乳がんは非常に異質性の強い疾患であり、現在の臨床では遺伝子発現パターン、内在分子サブタイプ、ホルモン受容体/ヒト上皮成長因子受容体2 (HER2) の発現に基づいて分類されています。しかし、既存の研究は乳腺腫瘍が遺伝子発現以外にも明確な異質性を示していることを明らかにしています。例えば、エストロゲン受容体陽性(ER+)乳がんのいくつかはER応答エレメントのアクセシビリティが低下しており、予後不良を引き起こす可能性があります。これらの発見に基づいて、エピジェネティック状態の識別は乳がんの異質性をより包括的に理解するために重要です。 乳がん細胞株は乳がん研究の重要なモデ...

がんと無細胞DNAにおける全ゲノムリピート景観

がんと無細胞DNAにおける全ゲノムリピート景観

癌症和游离DNA中的全基因组重复序列全景 研究背景和意义 癌症及び他の病気の発展過程において、ゲノム内の繰り返し配列の遺伝的変化は重要な特徴の一つです。しかし、標準的なシーケンシング方法ではこれらの繰り返し配列を効果的に特徴づけることが難しいのです。この課題に対応するため、本研究ではArtemis(Analysis of Repeat Elements in Disease)と呼ばれる新しい方法を開発し、全ゲノムシーケンシング中の繰り返し要素を識別します。複数の癌患者の組織および血漿サンプルを分析することで、これらの繰り返し要素の具体的な変化を探索し、早期癌検出および病気のモニタリングにおける潜在的な応用価値を評価することを目的としています。 論文出典 本研究は、Akshaya V. Ann...