欧洲罕见病基因组数据再分析研究：新诊断与未来蓝图 学术背景 罕见病是指影响人群比例极低的疾病，欧盟将其定义为每10万人中患病人数少于50人的疾病。尽管罕见病种类繁多（超过6000种），但其中超过70%的罕见病与遗传因素相关。这些疾病对个人和医疗系统构成了重大负担，约3.5%-6.0%的人在其一生中会受到罕见病的影响。尽管基因组测序技术在罕见病诊断中取得了显著进展，但仍有大量患者未能获得明确的分子诊断。近年来，已有研究表明，对现有基因组数据进行再分析可以带来新的诊断，尤其是在新疾病基因的发现和基因组变异注释的改进方面。然而，由于再分析需要大量的时间和多学科专业知识，这一过程并未成为常规操作。 为了解决这一问题，欧洲37家专家中心联合成立了Solve-RD联盟，旨在通过系统化的再分析，提高罕见病...
血浆纤维蛋白原的全基因组分析揭示种群分化的遗传调控因子及其在肝脏中的潜在作用 学术背景 纤维蛋白原（fibrinogen）是一种关键的凝血因子和急性期反应蛋白。在正常生理条件下，纤维蛋白原在血液循环中含量丰富，但在急性炎症反应期间，白细胞介素-6（IL-6）和IL-1介导的转录级联反应会使其水平升高至基线的3倍。纤维蛋白原水平是血栓性疾病（如冠心病、心肌梗死、静脉血栓栓塞和缺血性卒中）的临床预测因子。尽管动物模型已证明纤维蛋白原与血栓形成之间存在因果关系，但在人类遗传学研究中这一关系难以确认。 纤维蛋白原水平的遗传性估计在21%至67%之间，大多数估计值在30%至50%之间，且在不同人群中存在异质性。非洲裔美国人的纤维蛋白原基线水平较高，且其遗传性可能高于非西班牙裔白人。尽管全基因组和外显子...
NUMB基因变异与痛风发生机制的全新探索 背景 痛风是全球最常见的炎性关节病之一，其主要诱因是血尿酸（uric acid）水平持续升高，即高尿酸血症（hyperuricemia）。高尿酸血症引发尿酸盐结晶沉积，导致关节及其他组织炎症。虽然痛风的发病与遗传和环境因素密切相关，但其确切分子机制仍不完全明确。尿酸的代谢平衡主要通过肝脏产生和肾脏及肠道排泄实现，其中约70%的尿酸通过肾脏排泄。然而，目前关于尿酸排泄异常的分子机制仍存在诸多未解之谜。 近期，青岛大学附属医院和瑞典卡罗林斯卡医学院的研究团队，通过全基因组测序发现了一种与遗传性痛风相关的NUMB基因罕见变异。该研究发表在《Cell Discovery》，揭示了NUMB蛋白在调控尿酸排泄中的关键作用及其变异引发痛风的分子机制。 研究起源与背...
背景与研究动机 在全球范围内，2型糖尿病（Type 2 Diabetes, T2D）是常见的代谢性疾病，其特征是基因和环境因素的共同作用导致胰岛β细胞功能障碍和/或细胞死亡，进而引发胰岛素分泌不足。基于基因组关联研究（GWAS）的发现，目前已知人类基因组中超过600个位点与T2D风险相关，其中许多位点位于非编码区。研究发现这些非编码区的变异可能通过调控胰岛特异性顺式调控元件（cis-regulatory elements, CREs）的功能和效应基因表达，进而导致胰岛功能障碍。然而，目前对这些基因变异在病理性内质网（endoplasmic reticulum, ER）应激和促炎性细胞因子诱导的炎症中的作用知之甚少。本文的研究团队来自美国Jackson Laboratory for Genom...
人类基因组中普遍存在的独特阴阳单倍型 研究背景 在基因组学的研究中，阴阳单倍型（yin yang haplotypes）指的是在每个位点上均不同的两种单倍型对。此前已有一些独立的报告指出存在独特的阴阳单倍型，但并未进行系统性的搜索。因此，为了更好地理解阴阳单倍型在整个基因组中的分布和形成机制，本研究对整个基因组进行了详细而系统的搜索。 研究来源 本文由David Curtis和William Amos撰写，分别来自UCL Genetics Institute和Department of Zoology, University of Cambridge。本文于2023年6月12日在线发表在European Journal of Human Genetics上。 研究流程 样本获取与准备： - ...
新发现：GJA8基因突变与家族性无瞳孔-小眼球-白内障综合征的关联性研究 研究背景 眼睛的正常发育是一个需要多种基因和因素协调作用的过程。眼发育不良会导致先天性眼部畸形，如无眼症、小眼症或裂隙眼症。先天性无瞳孔是一种罕见疾病，表现为眼睛中没有瞳孔。目前，只有一个家族和两个孤立病例报道了这种病症。与无瞳孔相关的基因尚未被鉴定，导致其发病机制不明。为了解决这一科学问题，本研究招募了一个中国家族，他们患有先天性无瞳孔-小眼球-白内障综合征，旨在揭示这一遗传性疾病潜在的基因因素。 论文来源 本研究论文由东曲绳、邹同丹、甄芳源、王婷、周永伟、吴嘉辉、长田达夫、松下严、龚波、近藤博之、李秋明和张厚斌共同完成，归属于郑州大学第一附属医院眼科、四川省人民医院实验医学部以及日本职业环境卫生大学眼科部等机构。该...
I型糖尿病中血液DNA甲基化、基因变异、循环蛋白、microRNA及肾功能衰竭的整合分析 研究背景 糖尿病肾病（Diabetic Kidney Disease，DKD）是1型糖尿病（Type 1 Diabetes，T1D）的主要并发症之一。约40%的T1D患者会发展为DKD，10%到15%的患者最终会发展为需要透析或肾移植的肾衰竭（Kidney Failure，KF）。现有的临床指标无法充分预测肾衰竭的发生，因此需要进一步研究，以揭示肾衰竭发生的潜在机制，从而开发有针对性的治疗方法，并识别出早期预警的生物标志物以便及时干预。 DNA甲基化（DNA Methylation，DNAm）是最稳定的表观遗传修饰之一，通常发生在胞嘧啶和鸟嘌呤之间的连接点（CpG位点）。先前的研究表明，DNA甲基化变化...