GCLink : un cadre de prédiction de liens par contraste graphique pour l'inférence de réseaux de régulation génique

Contexte de la recherche Les réseaux de régulation génique (Gene Regulatory Networks, GRNs) sont des outils essentiels pour comprendre les processus biologiques complexes à l’intérieur des cellules. Ils révèlent les interactions entre les facteurs de transcription (Transcription Factors, TFs) et les gènes cibles, contrôlant ainsi le processus de tr...

Quantification relative des protéines et des modifications post-traductionnelles dans les expériences de protéomique avec des peptides partagés : une approche basée sur les poids

Dans les études protéomiques, la spectrométrie de masse (Mass Spectrometry, MS) est largement utilisée pour analyser les changements d’abondance et de structure des protéines. Cependant, l’analyse quantitative des protéines fait face à un défi majeur : de nombreuses protéines partagent les mêmes peptides (shared peptides), c’est-à-dire que ces pept...

Alignement de trajectoire de la dynamique d'expression génique

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a fourni une résolution sans précédent pour étudier la dynamique de l’expression génique au cours du développement et de la différenciation cellulaire. Cependant, en raison de la complexité des processus biologiques, les trajectoires de développement cellulaire dans diffé...

Apprentissage par cartographie contrastive pour la reconstruction spatiale des données de séquençage d'ARN unicellulaire

La technologie de séquençage d’ARN monocellulaire (scRNA-seq) permet une analyse transcriptomique à haut débit à la résolution d’une seule cellule, ce qui a considérablement fait progresser la recherche en biologie cellulaire. Cependant, une limitation notable de la technologie scRNA-seq est qu’elle nécessite la dissociation des tissus, ce qui entr...

Stockage efficace et calcul de régression pour les études de séquençage du génome à l'échelle de la population

Avec la popularité croissante des biobanques de population à grande échelle, le potentiel des données de séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) dans la recherche sur la santé humaine et les maladies a été considérablement renforcé. Cependant, les énormes besoins en calcul et en stockage des données WGS posent des défis majeurs a...

Prédiction des associations circARN–maladie avec des unités partagées et des mécanismes d'attention multicanal

Contexte Ces dernières années, les ARN circulaires (circRNA) ont joué un rôle important dans l’émergence, le développement et le traitement des maladies en tant que nouvelle catégorie de molécules d’ARN non codantes. Les circRNA possèdent une structure circulaire unique qui les rend résistants à la dégradation par les nucléases, ce qui en fait des ...

ACImpute : Une approche de lissage basée sur la contrainte pour l'imputation des données de séquençage d'ARN unicellulaire

Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a récemment été largement utilisé dans les recherches biologiques et médicales, permettant de révéler les informations transcriptomiques des cellules individuelles, aidant ainsi les scientifiques à mieux comprendre l’hétérogénéité et la complexité cellulaires. Cependant, ...

SP-DTI : Transformer informé par les sous-poches pour la prédiction des interactions médicament-cible

Contexte académique La prédiction des interactions médicament-cible (Drug-Target Interaction, DTI) est une étape cruciale dans la découverte de médicaments, permettant de réduire considérablement les coûts et le temps de criblage expérimental. Cependant, bien que les techniques d’apprentissage profond aient amélioré la précision de la prédiction de...

Identification des troubles anxieux avec détection de biomarqueurs via un réseau de neurones hypergraphe amélioré par sous-espace

Identification des troubles anxieux avec détection de biomarqueurs via un réseau de neurones hypergraphe amélioré par sous-espace

Identification des troubles anxieux et détection de biomarqueurs via un réseau de neurones hypergraphes amélioré en sous-espace Contexte académique Les troubles anxieux (Anxiety Disorders, ADs) sont des problèmes de santé mentale courants à l’échelle mondiale, affectant environ 7,3 % de la population. Les patients souffrant de troubles anxieux prés...

Inhibition de l'intervention des points de contrôle cellulaires via des fibres courtes injectables pour inverser la sénescence des cellules neurales

Contexte Les lésions de la moelle épinière (Spinal Cord Injury, SCI) représentent un défi majeur dans le domaine médical, en particulier en ce qui concerne la récupération des fonctions neurologiques. Des études ont montré que les neurones jouent un rôle clé dans la régénération de la moelle épinière. Cependant, dans un environnement pathologique c...