La structure tridimensionnelle des protéines est déterminée par leur séquence d’acides aminés, et la fonction des protéines dépend fortement de leur structure tridimensionnelle. Les conformations des chaînes latérales des protéines (side-chain conformations) jouent un rôle crucial dans le repliement des protéines, les interactions protéine-protéine...
Contexte académique La microscopie cryoélectronique (Cryo-EM) est une technique expérimentale essentielle pour déterminer la structure des macromolécules, telles que les protéines. Cependant, l’efficacité de la Cryo-EM est souvent entravée par le bruit et les valeurs de densité manquantes dans les cartes de densité Cryo-EM, causés par des condition...
Contexte de la recherche Les réseaux de régulation génique (Gene Regulatory Networks, GRNs) sont des outils essentiels pour comprendre les processus biologiques complexes à l’intérieur des cellules. Ils révèlent les interactions entre les facteurs de transcription (Transcription Factors, TFs) et les gènes cibles, contrôlant ainsi le processus de tr...
Le cancer reste l’une des principales causes de mortalité dans le monde. Bien que des progrès significatifs aient été réalisés ces dernières années dans l’immunothérapie, comme le succès des thérapies par cellules CAR-T (récepteur antigénique chimérique) et des conjugués anticorps-médicament (ADCs), l’identification efficace des cibles protéiques d...
Contexte Les modifications post-traductionnelles des protéines (Post-Translational Modifications, PTMs) sont des mécanismes clés dans la régulation des activités cellulaires, incluant la transcription génique, la réparation de l’ADN et les interactions protéiques. Parmi ces modifications, la cystéine (Cysteine), un acide aminé rare, participe à div...
Les cellules immunitaires subissent un processus de polarisation induit par les cytokines en réponse à divers stimuli, ce qui modifie leurs profils transcriptionnels et leurs états fonctionnels. Ce processus dynamique joue un rôle central dans les réponses immunitaires, tant dans la santé que dans les maladies. Cependant, il manque actuellement une...
La technologie de séquençage d’ARN monocellulaire (scRNA-seq) permet une analyse transcriptomique à haut débit à la résolution d’une seule cellule, ce qui a considérablement fait progresser la recherche en biologie cellulaire. Cependant, une limitation notable de la technologie scRNA-seq est qu’elle nécessite la dissociation des tissus, ce qui entr...
Avec la popularité croissante des biobanques de population à grande échelle, le potentiel des données de séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) dans la recherche sur la santé humaine et les maladies a été considérablement renforcé. Cependant, les énormes besoins en calcul et en stockage des données WGS posent des défis majeurs a...
Contexte Ces dernières années, les ARN circulaires (circRNA) ont joué un rôle important dans l’émergence, le développement et le traitement des maladies en tant que nouvelle catégorie de molécules d’ARN non codantes. Les circRNA possèdent une structure circulaire unique qui les rend résistants à la dégradation par les nucléases, ce qui en fait des ...
Le séquençage de l’ARN monocellulaire (single-cell RNA sequencing, scRNA-seq) a récemment été largement utilisé dans les recherches biologiques et médicales, permettant de révéler les informations transcriptomiques des cellules individuelles, aidant ainsi les scientifiques à mieux comprendre l’hétérogénéité et la complexité cellulaires. Cependant, ...