AS01辅佐疫苗对成人单核细胞功能和表观遗传学的长效改变 背景介绍: 疫苗辅佐剂广泛应用于提升疫苗的免疫反应性能。尤其是AS01辅佐剂作为多个已批准疫苗中的关键成分，已展示出较高的免疫原性和有效性。AS01通过激活先天免疫系统发挥其辅佐效果，但其对先天细胞功能和表观遗传重塑的特定影响尚不明确。因此，Bechtold等人这篇研究聚焦于探讨AS01辅佐疫苗对单核细胞和树突细胞（DCs）的长效功能改变和表观遗传变化。 论文来源: 这篇论文由Viviane Bechtold、Kinga K. Smolen等人撰写，作者分别来自GSK、Université Libre de Bruxelles和其它研究机构。这篇论文于2024年7月31日发表在《Science Translational Medici...
登革热病毒研究：基因突变对病毒传播的影响与发现 引言 本研究由Allyson N. X. Choi等人完成并发表于2024年7月31日的《Science Translational Medicine》。研究旨在揭示1970年代发生在南太平洋的登革热疫情中登革病毒基因变化对其传播能力和疾病爆发的影响。当前已知不同的登革病毒(Dengue virus, DENV)基因型会影响其在人群中的传播潜力，但具体机制尚不明确。 研究背景与目的 登革病毒分为四种血清型（DENV-1至DENV-4），在热带和部分亚热带地区引发频繁且爆发性的流行病。这些流行病通常归因于人群免疫水平低下，但病毒基因差异也在其中扮演了重要角色。与其他病毒类似，登革病毒在传播过程中进化以适应宿主，从而增强其传播潜力。然而，如SARS...
一种自扩增RNA疫苗在预防临床模型中的D68肠道病毒感染及疾病的研究 1. 背景 近年来，新兴传染病的快速应对和疫苗研发备受关注。尤其是新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的出现，使得有关RNA疫苗技术的研究得以迅速推进。然而，目前的RNA疫苗大多数是针对包膜病毒的，对抗非包膜病毒的路径仍不够明确。D68肠道病毒（EV-D68）是一种非包膜病毒，近年来引起了一系列严重的呼吸道感染及神经症状，尤其是急性迟缓性脊髓炎（AFM）的上升趋势，使其成为重点研究对象。正因如此，本研究旨在探讨一种基于自扩增RNA（RepRNA）疫苗预防EV-D68感染和疾病的方法。 2. 来源 本文由Warner等人研究完成，分别来自HDT Bio, University of North Carolina at Cha...
全基因组测序揭示中华鲟的自体八倍体及其进化轨迹 背景介绍 中华鲟（Acipenser sinensis），作为鲟鱼亚纲的一员，是一种古老的鱼类群体。由于其独特的基因组结构和经济价值，中华鲟的保护和研究具有重要意义。鲟鱼类被称为“活化石”并且拥有复杂的全基因组重复（Whole-Genome Duplication，WGD）事件，理解其倍性演化能够为鱼类进化研究提供重要洞见。先前的研究表明，鲟鱼类中存在多倍体现象，包括二倍体、四倍体和八倍体。WGD在鱼类进化中非常常见，而中华鲟的基因组则因其复杂的多倍体特性而更具挑战性。本研究通过全基因组测序，揭示了中华鲟的八倍体基因组，并探索了其进化路径。 研究来源 本文的研究由Binzhong Wang、Bin Wu、Xueqing Liu、Yacheng ...
猴痘病毒蛋白序列和密码子使用的分子进化 研究背景 2022年的猴痘病毒（Monkeypox virus, MPXV）疫情引发了全球公共卫生的巨大关注。然而，猴痘病毒的进化机制仍未被完全了解。猴痘病毒是一种线性双链DNA病毒，属于痘病毒科Poxviridae，弦状痘病毒亚科Chordopoxvirinae和正痘病毒属Orthopoxvirus。其基因组约为197 kb，编码约200个基因。猴痘病毒可以感染多种动物，包括人类、非人灵长类和啮齿动物。与天花病毒（Variola virus, VARV）和牛痘病毒（Vaccinia virus, VACV）类似，猴痘病毒也能导致人类疾病和死亡。 猴痘病毒最早于1958年在丹麦的一个动物设施中被发现，1970年首次在刚果民主共和国的人类病例中分离出来。...
多组学数据显示丁酸钠对链霉菌基因表达和蛋白质修饰的影响 学术背景 链霉菌因其具有丰富的基因簇和生产大量天然产物的潜力而受到广泛关注。组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂在真菌的组蛋白修饰中扮演着重要角色，但其在原核生物中的作用却知之甚少。尤其在链霉菌中，这些抑制剂是否可以影响次生代谢物的生物合成仍是一个值得研究的问题。现代生物信息学的发展使得从链霉菌中发现了大量的抗生素生物合成基因簇（BGCs），但在实验室培养条件下，这些基因簇大多数处于沉默状态，无法表达出多样的生物活性产物。因此，激活这些沉默的 BGCs 是开发新型生物活性化合物的重要策略。 论文来源 本研究由中国科学院微生物研究所刘双江和谭华荣等教授团队撰写，文章于2022年9月2日发表于《Genomics Proteomics & Bi...
高通量宏基因组测序在结肠组织活检中的高灵敏度：去除宿主DNA的影响 背景 在无培养条件下通过下一代测序技术评估细菌分类结构，已成为研究细菌失衡与各种疾病关系的常用方法。已有研究通过16S rRNA基因扩增子或宏基因组测序分析了人类口腔、肠道粘膜和粪便样本的微生物群落谱。然而，16S rRNA基因测序在分类识别的分辨率方面存在局限性，而宏基因组测序能够识别到种甚至亚种水平的细菌。此外，宏基因组测序还可提供多界数据，推测跨多个领域的相互作用。 虽然宏基因组测序在表征组织样本中的微生物群落方面具有重要的临床应用，包括疾病的诊断和治疗，但样本中的人类DNA占多数，限制了低丰度细菌的检测。这种DNA丰度的不平衡导致组织样本中宏基因组测序灵敏度降低。因此，为解决这一问题，研究人员提出了一种优化的方法，通...
蛋白质乳酸化和代谢调控的研究揭示了弓形虫Toxoplasma gondii生物学的全新领域 背景介绍： 弓形虫 (Toxoplasma gondii) 是一种全球分布的原生动物寄生虫，感染了超过30%的人口。弓形虫可引起弓形虫病 (toxoplasmosis)，这是广泛传播的一种人畜共患病。该寄生虫具有复杂的生活周期，包含有性和无性阶段，主要存在于终末宿主猫科动物和中间宿主（温血动物）的组织中。弓形虫在免疫力低下的个体和发育中的胎儿中能造成严重甚至致命的症状。尽管现有的治疗药物，如阿奇霉素、乙胺嘧啶和螺旋霉素等，能抑制弓形虫的某些活动，但它们通常只对快速复制的速殖子 (tachyzoites) 有效，对缓慢增殖的缓殖子 (bradyzoites) 基本无效，且常伴有宿主细胞毒性。因此，进一步...
基于序列的功能宏基因组学揭示了环境微生物组中功能性COPA基因的新自然多样性 环境微生物组中的功能基因/蛋白质的自然多样性是进化和生物工程研究的重要组成部分。为了深入了解全球微生物中铜（Cu）抗性基因COPA的多样性，本研究采用了一种基于序列的功能宏基因组学方法。这项研究不仅将宏基因组组装技术、局部BLAST、进化迹分析（ETA）、化学合成和传统功能基因组学结合起来，还成功地高效挖掘了环境DNA（eDNA）中的COPA基因多样性。 研究背景 微生物进化过程中产生了多样的功能基因/蛋白质，这些基因/蛋白质在领域如微生物系统发育学和蛋白质工程中有着广泛的应用。例如，DNA指导的RNA聚合酶亚基Beta（RPB）和氮化酶铁蛋白（NIFH）等基因广泛用于识别和描述不可培养的‘黑暗物质’。现有已知功能...
一种微生物代谢产物通过抑制 HIF-2A-神经酰胺通路中介时间限制进食对 MASH 的有益作用 引言 背景介绍： 代谢功能障碍相关脂肪变性肝病/代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（Metabolic Dysfunction-Associated Steatotic Liver Disease/Metabolic Dysfunction-Associated Steatohepatitis，MASLD/MASH）是一种影响全球四分之一人口的主要健康问题。MASLD 包括从肝脏脂肪变性到更具攻击性的 MASH，后者以坏死性炎症和纤维化为标志，可能发展成肝硬化和肝细胞癌。当前临床治疗主要集中于阻止 MASLD 的进展和逆转现有的 MASH。然而，由于其复杂的病理学和缺乏有效的医学干预手段，饮食和生活方式的...