臨床サンプル中の微生物を迅速に検出する統合メタゲノミクス手法の研究 背景紹介 本研究の背景は、現在の臨床メタゲノミクスの限界に基づいている。臨床メタゲノミクスとは、臨床サンプル中のすべての微生物のゲノムをシーケンスする方法であり、理想的にはヒトDNAを枯渇させた後に実施して感度を向上させ、ターンアラウンドタイムを短縮するものである。しかし、現在のヒトDNA枯渇方法は通常、DNAまたはRNAを含む微生物のみを優先的に保留するだけであり、両方を同時に保留することはできない。本研究は、実用的で迅速な機械的宿主枯渇方法を導入し、RNAおよびDNA微生物をナノポアシーケンシングで同時に検出できるものとするためのものである。 出典 この論文はAdela Alcolea-Medina、Christophe...

空間隔離されたマクロファージ群が結腸癌の異なる結果を予測する はじめに マクロファージは組織内の哨兵免疫細胞であり、多くの機能を果たしています。これには病原体防御、抗原提示、死んだ細胞の貪食、および組織修復を促進するシグナルの分泌が含まれます。腫瘍内では、マクロファージの浸潤はしばしば予後不良を示します。そのため、腫瘍関連マクロファージ（TAMs）は潜在的な癌治療の標的として広く注目されています。しかし、現行のマクロファージを標的とする治療法（例えば、CSF1経路阻害剤）は実体腫瘍に対してほとんど効果がないことが示されています。これは、おそらくマクロファージの異質性が無視されているためです。したがって、マクロファージの分子および機能的多様性をよりよく理解することが、癌治療において合理的にマク...

トランスクリプトーム技術によるシーケンス追跡（Tracking-Seq）によるCRISPR-Cas9媒介遺伝子編集のオフターゲット効果の多様性の解明 研究背景 遺伝子編集技術の急速な発展に伴い、CRISPR-Cas9システムはその高効率と操作の簡便さから生物医学研究分野で広く利用されています。しかし、CRISPR-Cas9システムがDNAを編集する際には、想定外の遺伝子座を切断するオフターゲット効果が発生する可能性があり、これを全面的に識別し評価することが重要な課題となっています。これまでの研究では、細胞遊離法などを用いてオフターゲット効果を検出してきましたが、これらの方法には特定の編集ツールや細胞タイプへの依存性、多量の細胞が必要、偽陽性率が高い、および体外での遺伝子編集に限られるなどの制...

複雑な微生物群集における遺伝子配列分析を用いた菌株追跡による種特異的進化パターンの解明 背景紹介 微生物の集団は、単一ヌクレオチドの変異と構造変化（組換え、挿入、欠失など）を通じて異なる菌株に分化します。大多数の菌株比較方法は主に単一ヌクレオチド多型（SNP）の差異を量化し、構造変化を無視しています。しかし、組換えは多くの種（ヒト病原体を含む）の表現型の多様化の重要な推進要因です。本稿では、SynTrackerと呼ばれるツールを紹介します。このツールは遺伝子配列（ゲノム内の相同領域のシーケンスブロックの順序）を使用して微生物菌株を比較します。遺伝子配列は既存の菌株比較ツールによって十分に活用されていない豊富なゲノム情報源です。SynTrackerはSNP感度が低く、データベースを必要とせず、...

TREM2欠損による腸管マクロファージと微生物叢の再構築による抗PD-1腫瘍免疫療法の強化 ワシントン大学医学校の研究チーム、ブランダ・ディ・ルッチアなど複数の科学者が率いるグループは、先ごろ「Science Immunology」誌に研究論文を発表し、腸管微生物叢および腫瘍関連マクロファージがどのように抗PD-1免疫チェックポイント阻害治療に影響を与えるかを明らかにしました。この研究は、マクロファージ上のトリガーレセプターTREM2をブロックまたは削除することで、体内の抗腫瘍T細胞応答を強化することができることを確認し、TREM2欠損マウスでは抗PD-1治療後、腸管マクロファージが炎症促進状態に転じ、腸管微生物叢内のルミノコッカス属細菌（Ruminococcus gnavus）が増加するこ...

長期生存のKLRG1+効果記憶T細胞の組織滞在能力 背景紹介 記憶CD8 T細胞は、病原体の再感染に対抗するための重要な要素です。記憶T細胞は、多様性があり、全身のさまざまな組織に存在し、重要な監視と迅速な応答機能を提供します。記憶T細胞は効果T細胞に由来し、その表面マーカーの違いに基づいてさらに細分化されます。例えば、短寿命効果細胞（short-lived effector cells, SLEC）はKLRG1を高レベルで、CD127を低レベルで発現しますが、記憶前駆細胞（memory precursor cells, MPEC）はその逆で、KLRG1を低レベルで、CD127を高レベルで発現します。MPECは主に中央記憶T細胞（central memory T cells, TCM）、効果...

癌症免疫学 乳酸-SREBP2信号軸による耐性樹状細胞の成熟および癌進展の促進作用 背景紹介 癌症において、常規樹状細胞（DCs）は抗腫瘍免疫の重要な仲介者です。しかし、癌はDCsを腫瘍微小環境（TME）で無効化するメカニズムを進化させており、これらのメカニズムは完全には理解されていません。本研究はCD63を特異的な表面マーカーとして識別し、成熟した調節性樹状細胞（mregDCs）が腫瘍排出リンパ節に移動し、DC抗原交差提示を抑制すると同時に、補助性T細胞2型（Th2）および調節性T細胞（Tregs）の分化を促進することを明らかにしました。転写および代謝研究は、mregDCsの機能がメバロン酸（MVA）生合成経路およびその主要な転写因子SREBP2に依存していることを示しています。研究は、メ...

背景介绍 呼吸器疾患において、肺は外界環境にさらされ、病原体、アレルゲン、および毒性粒子の影響を受けやすい敏感な器官です。呼吸器疾患（例えば喘息）による高い発病率および死亡率のため、肺粘膜表面の細胞メカニズムの保護に関する研究が非常に重要となっています。先天性リンパ様細胞（Innate Lymphoid Cells、ILCs）はこの防御過程において重要な役割を果たし、特に第2型ILCs（ILC2s）は肺の病原体に対する防御において重要な役割を果たします。例えば、吸入性アレルゲン（室内塵ダニなど）に対する病理反応を促進し、喘息における免疫反応を調節します。 研究動機 しかし、現在、肺のILC2sの成長発達を調節する要因は明確ではありません。Gfi1およびGfi1bの2つの転写因子に関する運命マ...

对于一篇关于血吸虫感染早期反应的深入研究，Houlder等人撰写的论文为科学界提供了重要的见解。他们的研究发表于《科学免疫学》(Sci. Immunol.) 2024年7月5日的第9卷，揭示了血吸虫（Schistosoma mansoni）感染早期不同细胞成群和细胞因子的动态变化以及这些变化对症状的影响。本文基于对27名参加者的研究，使用了質量分析術和多重免疫検査方法来全面地描述了感染后两个月内的免疫反应。 本研究的背景是通过探究血吸虫感染早期过程中人体免疫系统的反应，从而为开发更有效的疫苗、新药以及诊断方法提供科学依据。据作者介绍，此前对于急性血吸虫感染期间免疫细胞群和細胞因子の変化はほとんど知られていませんでした。 研究设计包含了两个単生（男性または女性）の人工血吸虫感染実験。研究者たち...

MAIT細胞は腸内細菌叢の乱れを監視し、大腸炎において宿主を保護する 研究背景 腸内と宿主の健康関係に関する研究が深化するにつれて、腸内微生物群の変化は多くの人間の疾病、特に炎症性腸疾患（IBD）と緊密に関連していることが明らかになってきました。現在、宿主は重要な栄養素の利用可能性を制御して、共生細菌の成長を促進し、有害細菌の拡大を制限することを認識しています。しかし、宿主がどのようにして腸内微生物群の変化を監視し応答するのかは、完全には明らかにされていません。最近の研究は、粘膜関連不変T（MAIT）細胞に注目しています。これらの細胞は微生物の代謝物を感知し、腸の炎症において保護作用を果たすことが示唆されています。 研究出所 この研究はYara El Morr、Mariela Fürsten...