卵巢癌中同源重组缺陷相关基因组不稳定性的不同检测方法具有高度一致性
卵巢癌是女性常见且致命的肿瘤类型之一。近年来，多聚(ADP-核糖)聚合酶抑制剂（PARPi）在卵巢癌治疗中显示了令人鼓舞的临床结果。许多研究发现，同源重组缺陷（HRD）患者从PARPi治疗中受益更大。因此，识别HRD状态的生物标志物检测策略变得至关重要。目前，在临床研究中最常用的HRD检测方法是Myriad myChoice，但还有其他检测方法可以评估HRD、基因组不稳定性（GI）和BRCA1/2突变状态。本研究旨在评估多种替代检测方法在高分级浆液性卵巢癌（HGSC）中的表现，并与Myriad myChoice进行比较。
研究背景
如上所述，PARPi的成功使得HRD检测变得尤为重要。然而，Myriad myChoice作为唯一获得FDA认证的HRD检测方法，其应用受到限制，尤其是在欧洲。因此，迫切需要开发和验证其他可用于HRD检测的替代方法，以确保患者能够及时得到适当的治疗。
研究来源与参与机构
本研究由Nicole Pfarr等学者主导，主要来自德国多个研究机构，包括Technical University Munich, Charité Universitätsmedizin Berlin, University Hospital Cologne等。论文已于2024年1月3日接受，并于2024年3月21日发表于《JCO Precision Oncology》。
研究流程
试验设计
在本研究中，七个不同的学术机构参与以验证不同检测方法在HRD状态确定中的使用。这些检测方法包括阵列检测（Array-based，像Cytosnp 850k和Oncoscan CNV Array），面板检测（Panel-based，像AmoyDx HRD Panel和QIAseq HRD Panel），以及全基因组测序（WGS）。每种检测方法在两个不同实验室进行评估，因此必须提供14个检测样本。
样本处理和评价
从2001年到2012年，研究人员从Charité Medical University收集了高分级浆液性卵巢癌的FFPE组织样本，并使用多种分子检测方法评估这些样本的基因组不稳定性，包括Cytosnp, AmoyDx, Illumina TSO500 HRD等。同一份DNA样本在多个实验室中重复测试，以确保结果的可靠性。
数据分析与统计方法
研究团队通过接收操作特征（ROC）曲线计算、皮尔森相关系数（Pearson correlation coefficient）等方法对各检测方法与Myriad myChoice的相关性进行评估。此外，还使用了Bland-Altman分析法来比较不同检测方法之间的一致性。
研究结果
结果显示，应用于基因组不稳定性评估的不同检测方法，包括Myriad myChoice，显示了从相当高的一致性到几乎完美拟合的得分。这些测试的跨实验室比较同样显示了高一致性，说明几乎所有的检测方法都可以有效地评估HRD相关的GI状态。
具体来说：
- 相关性分析：大多数检测方法与Myriad myChoice之间的皮尔森相关系数在0.6到0.9之间，显示出强相关性。
- 一致性评估：不同检测方法在确定样本的HRD状态时，Kappa值在0.6到0.9之间，说明这些方法在明确HRD阳性与阴性样本方面具有高度一致性。
- ROC曲线分析：大多数检测方法的AUC（曲线下面积）值在0.8以上，证明了这些方法在灵敏度和特异性方面的良好表现。
研究结论
本研究结论明确，几乎所有参与研究的检测方法都显示出与Myriad myChoice高度一致的结果。因此，这些替代方法可以在临床环境中有效地评估HRD相关的GI状态。这一研究结果对欧洲临床实践有重要意义，意味着在实际操作中可以采用更多样化的检测方法，从而加快患者的治疗决策过程，降低成本，并最终为患者带来实质性利益。
研究亮点
- 重要发现：多种检测方法在评估HRD状态方面与Myriad myChoice显示高度一致，这为临床提供了更广泛的选择。
- 方法和流程创新：采用了多种检测技术，包括面板检测和全基因组测序，展示了各方法的优越性和普适性。
- 临床应用价值：证明了多种HRD检测方法在临床实践中的可行性，减少了对单一商业检测方法的依赖，有助于优化患者的诊断和治疗。