2024年发表在《Cancer Cell International》上的《Machine Learning and Single-cell RNA Sequencing Reveal Relationship Between Intratumor CD8+ T Cells and Uveal Melanoma Metastasis》的学术报告 研究背景及目的 葡萄膜黑色素瘤（Uveal Melanoma, UM）是成人最常见的眼内恶性肿瘤。在接受放射治疗或手术治疗后，原发性UM的局部复发率较低。然而，约40%的患者在治疗后会出现远端转移，特别是在肝脏，导致高达50%的死亡率（4至5年内）。当前，针对UM转移风险的评估主要依赖多基因模型，这些模型多采用机器学习方法，基于基因表达谱（Gene ...
探索人类和牛类早期胚胎中X染色体上XIST的沉默和抑制因子 研究背景 X染色体失活是哺乳动物中的一种剂量补偿机制，其目的是在雌性和雄性个体之间平衡X染色体上基因的表达量。XIST基因位点能够触发附加X染色体的转录沉默，使其成为不活动的X。然而，如何保护每个细胞中一个活动X染色体免受自身XIST基因位点失活的影响，在所有哺乳动物中仍未完全阐明。先前有关常染色体重复的研究表明，在人类染色体19短臂上可能存在抑制活动X上XIST的基因。 为了验证这一假设，研究者们分析了使用单细胞RNA测序数据得出的人类胚胎和牛胚胎中的候选基因的转录时间。研究结果确认了在两性胚胎中XIST是从未来活动X表达，且在多能性因子上调期间，即人和牛胚胎的4-8个细胞和团球期间，在两性胚胎中的XIST位点都被抑制。这些数据支...
单细胞RNA测序揭示出血性脑卒中后脑周水肿免疫景观的演变 研究背景 脑出血性中风(ICH)是全球健康威胁之一，以其高残疾率和死亡率而闻名。ICH所导致的次生脑损伤中，围血肿水肿(PHE)的形成是其致命性的重要因素。然而，PHE的具体病理生理机制尚不完全清楚。本研究目的在于详细描绘人类PHE组织中的免疫细胞群体的转录概况，并探索不同类型免疫细胞在显微层面的差异。 论文来源 论文由张鹏、高丛等共同撰写，由Daojing Li负责通讯，论文来自Jining Medical University附属医院。该论文发表于2024年的Journal of Neuroinflammation，DOI为10.1186/s12974-024-03113-8。 研究方法及流程 该研究共纳入9名基底节ICH患者，根...
研究背景 本研究围绕晚发性低睾酮血症（LOH）展开，致力于揭示与年龄相关的睾丸功能偏差，例如LOH的机制尚未完全理解。研究采用单细胞RNA测序技术，对患有LOH的人类睾丸进行分析，确定了支持细胞（SCs）作为睾丸微环境中的关键代谢协调员。研究发现老年SCs中的溶酶体酸度降低，导致自噬和吞噬通路受损，SCs积累了代谢物，包括胆固醇，并且炎症基因表达上升，因此将这些细胞称为发生病理转变的SCs。通过饮食诱导的高脂肪压力能够在小鼠中重现LOH特征。显著的是，研究通过药物干预涉及SCs的efferent ductular注射和系统性TRPML1激动剂管理，恢复了溶酶体功能，从而在高脂饮食诱导的LOH小鼠中纠正了睾酮缺陷和相关异常。这一发现强调了SCs在睾丸衰老中的中心作用，并提出了LOH的有希望的治...
关于人类卵巢老化时空转录组变化及FOXP1调控作用的研究报告 学术背景 随着全球人均寿命的不断增加，女性在更年期面临的健康问题愈发受到关注。卵巢老化是其中一项重要问题，与骨质疏松、心血管疾病、肥胖、肿瘤、阿尔茨海默病及糖尿病等多种健康问题密切相关。为了探索延缓卵巢老化的治疗策略，需要全面了解卵巢的细胞组成、分子特性及其时空变化。然而，目前对于人类卵巢老化如何影响细胞和分子层面的理解仍然有限。本研究通过整合单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing，简称 scRNA-seq）和空间转录组学（spatial transcriptomics，简称ST-seq），系统地表征了人类卵巢老化过程中八种细胞类型的时空分子特征。 论文来源 该研究发表在2024年4月9日的《Nat...
引言 脊索瘤是一种罕见且局部侵袭性强的间叶源性肿瘤,被认为起源于原始脊索的残余组织。脊索瘤的发病率约为每百万人中有0.8例,好发于骶骨和颅底区域。目前,最佳治疗方案是尽可能的手术切除后辅以放射治疗。但由于肿瘤具有浸润性生长特点且常邻近重要的神经血管结构,彻底切除存在一定困难。因此,很多患者术后常发生局部复发甚至远处转移,预后较差。鉴于此,阐明脊索瘤的分子生物学特征,从而开发更有效的治疗方法十分必要。 研究背景 脊索瘤组织中显著的基质丰富特征可能与其发展进展密切相关。之前的回顾性研究表明,肿瘤-基质比值与脊索瘤的侵袭性表型、抑制性免疫微环境及不良预后呈正相关。作为基质细胞的主要组分,肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在肿瘤微环境中扮演重要角色。然而,CAF对脊索瘤生物学行为的影响尚未阐明。 单细胞R...