基于单细胞和空间转录组学的小鼠脓毒症相关脑病研究 背景 脓毒症致死的器官功能紊乱，与感染引起的宿主反应失衡有关，全球死亡率高。最新研究表明，脓毒症导致大脑功能受损，称为脓毒症关联脑病(SAE)。SAE的症状包括意识改变、认知障碍和神经失调，导致较高死亡率和长期神经损伤。尽管研究了氧化应激、细胞因子增多等机制，SAE的具体病理生理学不明，亟需进一步研究。单核细胞RNA测序(snrna-seq)对繁杂细胞异质性的切割有助于疾病单细胞标志的发现。然而，传统的转录组学方法在组织解离过程中忽略了空间信息，限制了对组织损伤炎症细胞招募机制的理解。空间转录组学则提供了在组织切片中评估基因表达的手段，能够保留组织原位的空间信息。 论文来源 本研究由朱艳艳、张茵为共同第一作者，赵平森为主要联系人，该研究发表于...
关于人类卵巢老化时空转录组变化及FOXP1调控作用的研究报告 学术背景 随着全球人均寿命的不断增加，女性在更年期面临的健康问题愈发受到关注。卵巢老化是其中一项重要问题，与骨质疏松、心血管疾病、肥胖、肿瘤、阿尔茨海默病及糖尿病等多种健康问题密切相关。为了探索延缓卵巢老化的治疗策略，需要全面了解卵巢的细胞组成、分子特性及其时空变化。然而，目前对于人类卵巢老化如何影响细胞和分子层面的理解仍然有限。本研究通过整合单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing，简称 scRNA-seq）和空间转录组学（spatial transcriptomics，简称ST-seq），系统地表征了人类卵巢老化过程中八种细胞类型的时空分子特征。 论文来源 该研究发表在2024年4月9日的《Nat...
炎性肌病中肌纤维类型的异质性表征与包涵体肌炎的选择性易感性 随着年龄的增长，炎性肌病的发病率逐渐上升，其中包涵体肌炎（IBM）作为最常见的类型，目前尚无有效治疗方法。与其他炎性肌病不同，IBM呈慢性病程并具有炎症和退行性病理特征。更为复杂的是，引发IBM进展的因素与分子驱动因素尚不明确。为了深入研究该疾病，研究人员采用了单核RNA测序与空间转录组学，对患者的肌肉活检样本进行了细胞类型特异性驱动因素的绘图，以期比较IBM肌肉与免疫介导的坏死性肌病（IMNM）及无炎症的骨骼肌样本。 研究背景与目的 IBM是影响老年人群的最普遍炎性肌病，由于免疫反应和肌肉纤维退行性变化共同作用，导致逐渐丧失肌肉功能。然而，导致IBM的分子机制并不清楚。本研究旨在通过新型技术手段，揭示IBM病因，并为未来治疗策略提...
追踪原位检查点抑制剂结合靶标T细胞 学术背景 检查点抑制剂（Check Point Inhibitors，CPI）已在癌症治疗中发挥革命性作用，通过阻断由检查点分子介导的免疫调节信号，恢复T细胞介导的癌细胞清除功能。然而，这些疗法也导致了一系列免疫相关的不良事件（immune-related adverse events，IRAEs），其中胃肠道炎症最为常见，约60%的患者受到影响。尽管肠道、皮肤和关节的IRAEs与改善癌症生存率相关，但其导致的严重副作用对医疗负担的增加不容忽视。尽管目前尚不完全清楚IRAEs的具体免疫发病机制，但可能是由于与自身抗原或共生微生物反应的T细胞激活失调引起的。 CTLA-4（细胞毒T淋巴细胞相关抗原4）、PD-1（程序性细胞死亡蛋白1）及其配体PD-L1是CP...
空间富集和基因组分析揭示NOMO1与肌萎缩侧索硬化症的关联 引言 运动神经元病（ALS）是一种严重的神经退行性疾病，患者的脑部和脊髓中运动神经元逐渐丧失。尽管在绝大多数间歇性ALS患者中，其遗传易患性仍然不确定，但TDP-43蛋白病理学是多数ALS患者（> 97%）的主要特征。此外，已有超过25个基因被报道与ALS有关，但大约90%的间歇性ALS患者无法用已知突变解释。现有研究表明，脑组织结构的复杂性是细胞间相互作用、生物功能和病理学的基础，了解细胞类型和区域脆弱性对于精确医学至关重要。 研究背景与目标 本研究旨在评估ALS相关基因在脑区域的脆弱性，并揭示区域特异性基因与ALS风险之间的遗传联系。为此，研究团队开发了一种基于熵加权差异基因表达矩阵的工具Spatiale，用于识别空间转录组学（...
引言 脊索瘤是一种罕见且局部侵袭性强的间叶源性肿瘤,被认为起源于原始脊索的残余组织。脊索瘤的发病率约为每百万人中有0.8例,好发于骶骨和颅底区域。目前,最佳治疗方案是尽可能的手术切除后辅以放射治疗。但由于肿瘤具有浸润性生长特点且常邻近重要的神经血管结构,彻底切除存在一定困难。因此,很多患者术后常发生局部复发甚至远处转移,预后较差。鉴于此,阐明脊索瘤的分子生物学特征,从而开发更有效的治疗方法十分必要。 研究背景 脊索瘤组织中显著的基质丰富特征可能与其发展进展密切相关。之前的回顾性研究表明,肿瘤-基质比值与脊索瘤的侵袭性表型、抑制性免疫微环境及不良预后呈正相关。作为基质细胞的主要组分,肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在肿瘤微环境中扮演重要角色。然而,CAF对脊索瘤生物学行为的影响尚未阐明。 单细胞R...