Les variants polymorphiques à nucléotide unique dans les gènes des miRNA et leur association avec la susceptibilité au cancer colorectal

Contexte académique

Le cancer colorectal (Colorectal Cancer, CRC) est l’une des tumeurs malignes les plus fréquentes et les plus mortelles à l’échelle mondiale. Selon les statistiques mondiales sur le cancer de 2022, le cancer colorectal est le troisième cancer le plus courant, avec plus de 1,9 million de nouveaux cas et plus de 900 000 décès chaque année. Bien que la pathogenèse du cancer colorectal soit complexe, les facteurs génétiques jouent un rôle important dans son apparition et son développement. En particulier, les polymorphismes à nucléotide unique (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs) dans les gènes des miRNA sont considérés comme étroitement liés à la susceptibilité au cancer colorectal.

Les miRNA (microARN) sont une classe de petits ARN non codants qui régulent l’expression des gènes en ciblant des séquences complémentaires d’ARNm, influençant ainsi des processus biologiques tels que la prolifération cellulaire, l’apoptose, l’angiogenèse et la métastase. Des études ont montré que les SNPs dans les gènes des miRNA peuvent affecter la transcription, la maturation des miRNA et leurs interactions avec les ARNm, influençant ainsi la survenue et le développement du cancer. Cependant, les résultats des études existantes sur l’association entre les miRNA-SNPs et la susceptibilité au cancer colorectal ne sont pas cohérents, en raison de la taille limitée des échantillons, des différences dans la conception des études et de l’hétérogénéité ethnique, entre autres.

Pour résoudre ce problème, cette étude a systématiquement évalué l’association entre les miRNA-SNPs et la susceptibilité au cancer colorectal en combinant une méta-analyse par paires, une méta-analyse en réseau, l’algorithme de Thakkinstian et le critère de probabilité de faux rapport positif (False Positive Report Probability, FPRP), afin d’identifier les miRNA-SNPs les plus pertinents et leurs modèles génétiques optimaux.

Source de l’article

Cet article a été rédigé par des chercheurs de plusieurs institutions, dont les principaux auteurs sont Qing Liu, Ivan Archilla, Sandra Lopez-Prades, Ferran Torres, Jordi Camps et Miriam Cuatrecasas. Ces chercheurs proviennent notamment de la faculté de médecine de l’université de Barcelone, de l’Institut de recherche biomédicale August Pi i Sunyer, du département de pathologie de l’hôpital universitaire de Barcelone et du département de biostatistique de l’université autonome de Barcelone. L’article a été publié en 2025 dans la revue Cancer Medicine sous le titre Polymorphic Single-Nucleotide Variants in miRNA Genes and the Susceptibility to Colorectal Cancer: Combined Evaluation by Pairwise and Network Meta-Analysis, Thakkinstian’s Algorithm and FPRP Criterium.

Processus et résultats de la recherche

1. Recherche et sélection de la littérature

L’équipe de recherche a examiné les bases de données Medline, Embase, Web of Science et Cochrane Library pour identifier les articles pertinents publiés jusqu’en mai 2024. Au total, 39 études cas-témoins ont été incluses, impliquant 18 028 patients atteints de cancer colorectal et 21 816 témoins sains. Ces études ont couvert 11 SNPs dans des gènes de miRNA, notamment miR-196a2 (rs11614913), miR-146a (rs2910164) et miR-27a (rs895819).

2. Extraction des données et évaluation de la qualité

Deux chercheurs indépendants ont extrait les données pertinentes de chaque étude, y compris l’auteur, l’année de publication, le pays, la taille de l’échantillon, la source des témoins, les méthodes de génotypage et les fréquences des génotypes. La qualité des études a été évaluée à l’aide d’une échelle de notation prédéfinie, avec un score total de 15 points. Les études ayant un score ≥ 11 ont été considérées comme de haute qualité, celles ayant un score entre 7 et 10 comme de qualité moyenne, et celles ayant un score < 7 ont été exclues.

3. Méta-analyse par paires

L’équipe de recherche a effectué une méta-analyse par paires pour chaque SNP, calculant les rapports de cotes (Odds Ratio, OR) regroupés et les intervalles de confiance à 95 % (Confidence Interval, CI) pour six modèles génétiques (modèle allélique, modèle homozygote, modèle hétérozygote, modèle dominant, modèle récessif et modèle surdominant). Les résultats ont montré que miR-27a (rs895819) était significativement associé au risque de cancer colorectal dans la population générale et chez les Asiatiques, avec des OR respectifs de 1,58 (95 % CI : 1,32-1,89) et 1,62 (95 % CI : 1,31-2,01), le modèle récessif étant identifié comme le modèle optimal. De plus, miR-196a2 (rs11614913), miR-¹⁴³⁄₁₄₅ (rs41291957) et miR-34b/c (rs4938723) ont montré un effet protecteur chez les Asiatiques, avec des OR respectifs de 0,75 (95 % CI : 0,65-0,86), 0,72 (95 % CI : 0,60-0,85) et 0,69 (95 % CI : 0,56-0,85).

4. Méta-analyse en réseau et algorithme de Thakkinstian

Pour déterminer les modèles génétiques optimaux, l’équipe de recherche a effectué une méta-analyse en réseau et a utilisé l’algorithme de Thakkinstian pour une validation supplémentaire. Les résultats ont montré que le modèle récessif de miR-27a (rs895819) était le meilleur pour prédire le risque de cancer colorectal. De plus, le modèle dominant de miR-196a2 (rs11614913) et les modèles récessifs de miR-¹⁴³⁄₁₄₅ (rs41291957) et de miR-34b/c (rs4938723) ont également été identifiés comme des modèles optimaux.

5. Analyse de la probabilité de faux rapport positif (FPRP)

Pour évaluer la significativité des résultats, l’équipe de recherche a calculé les valeurs FPRP. Les résultats ont montré que le modèle récessif de miR-27a (rs895819) avait des valeurs FPRP inférieures à 0,2 dans la population générale et chez les Asiatiques, indiquant que ces résultats étaient statistiquement significatifs. De plus, les effets protecteurs de miR-196a2 (rs11614913), miR-¹⁴³⁄₁₄₅ (rs41291957) et miR-34b/c (rs4938723) ont également été validés chez les Asiatiques.

6. Évaluation des performances diagnostiques

L’équipe de recherche a également évalué les performances diagnostiques de miR-27a (rs895819) dans le cancer colorectal. Les résultats ont montré que l’aire sous la courbe (AUC) pour ce SNP était de 0,656 dans la population générale et de 0,639 chez les Asiatiques, indiquant une certaine valeur diagnostique.

Conclusions et implications

Cette étude a identifié une association significative entre miR-27a (rs895819) et le risque de cancer colorectal grâce à une évaluation complète des miRNA-SNPs, et a déterminé que le modèle récessif était le meilleur modèle prédictif. De plus, miR-196a2 (rs11614913), miR-¹⁴³⁄₁₄₅ (rs41291957) et miR-34b/c (rs4938723) ont montré des effets protecteurs chez les Asiatiques. Ces découvertes fournissent des bases génétiques importantes pour le dépistage précoce et la prévention personnalisée du cancer colorectal.

Points forts de l’étude

1. Méthode d’analyse intégrée : Cette étude est la première à combiner une méta-analyse par paires, une méta-analyse en réseau, l’algorithme de Thakkinstian et le critère FPRP pour évaluer systématiquement l’association entre les miRNA-SNPs et la susceptibilité au cancer colorectal, améliorant ainsi la fiabilité et la précision des résultats.
2. Spécificité ethnique : L’étude a révélé que les effets protecteurs des miRNA-SNPs étaient plus marqués chez les Asiatiques, suggérant un rôle important des facteurs génétiques et environnementaux dans la survenue du cancer colorectal.
3. Valeur diagnostique : Le modèle récessif de miR-27a (rs895819) a montré un potentiel dans le diagnostic du cancer colorectal, offrant de nouvelles perspectives pour les applications cliniques futures.

Autres informations utiles

Cette étude a également révélé que des SNPs tels que miR-149 (rs2292832) et miR-608 (rs4919510) pourraient avoir des effets protecteurs dans certaines populations, mais en raison de la taille limitée des échantillons, ces résultats nécessitent une validation supplémentaire. De plus, l’équipe de recherche appelle à mener davantage d’études de haute qualité avec des échantillons plus larges pour explorer davantage l’association entre les miRNA-SNPs et le risque de cancer colorectal, ainsi que les interactions potentielles entre les gènes et l’environnement.

Grâce à cette étude, nous avons approfondi notre compréhension du rôle des miRNA-SNPs dans la survenue du cancer colorectal et avons ouvert de nouvelles voies pour la prévention du cancer et les traitements personnalisés à l’avenir.