Haute concordance des différents essais dans la détermination de l'instabilité génomique associée à la déficience en recombinaison homologue dans le cancer de l'ovaire

Le cancer de l’ovaire est l’un des types de tumeurs les plus courants et les plus mortels chez les femmes. Ces dernières années, les inhibiteurs de la poly(ADP-ribose) polymérase (PARPi) ont montré des résultats cliniques encourageants dans le traitement du cancer de l’ovaire. De nombreuses recherches ont révélé que les patients présentant des défauts de recombinaison homologue (DHR) bénéficient davantage du traitement par PARPi. Par conséquent, il est devenu crucial de mettre en place des stratégies de détection des biomarqueurs pour identifier le statut DHR. Actuellement, la méthode de détection DHR la plus couramment utilisée dans les recherches cliniques est Myriad myChoice, mais il existe d’autres méthodes de détection pour évaluer le DHR, l’instabilité génomique (IG) et l’état de mutation BRCA1/2. Cette étude vise à évaluer les performances de diverses méthodes de détection alternatives dans le cancer séreux de haut grade de l’ovaire (CSHG) et à les comparer avec Myriad myChoice.

Contexte de l’étude

Comme mentionné ci-dessus, le succès des PARPi a rendu la détection du DHR particulièrement importante. Cependant, l’application de Myriad myChoice, la seule méthode de détection DHR approuvée par la FDA, est limitée, notamment en Europe. Il est donc urgent de développer et de valider d’autres méthodes alternatives pour la détection DHR afin de garantir que les patients puissent recevoir un traitement approprié en temps opportun.

Source de l’étude et institutions participantes

Cette étude est dirigée par Nicole Pfarr et ses collègues provenant de plusieurs instituts de recherche allemands, notamment Technical University Munich, Charité Universitätsmedizin Berlin, University Hospital Cologne, entre autres. L’article a été accepté le 3 janvier 2024 et publié le 21 mars 2024 dans « JCO Precision Oncology ».

Processus de l’étude

Conception de l’essai

Dans cette étude, sept institutions académiques différentes ont participé pour valider l’utilisation de différentes méthodes de détection dans la détermination du statut DHR. Ces méthodes incluent la détection par array (comme Cytosnp 850k et Oncoscan CNV Array), la détection par panel (comme AmoyDx HRD Panel et QIAseq HRD Panel), ainsi que le séquençage du génome entier (WGS). Chaque méthode de détection a été évaluée dans deux laboratoires différents, nécessitant ainsi 14 échantillons de détection.

Traitement et évaluation des échantillons

De 2001 à 2012, les chercheurs ont collecté des échantillons de tissu FFPE de cancer séreux de haut grade de l’ovaire de l’université médicale de Charité et ont utilisé diverses méthodes de détection moléculaire pour évaluer l’instabilité génomique de ces échantillons, y compris Cytosnp, AmoyDx, Illumina TSO500 HRD, etc. Le même échantillon d’ADN a été analysé dans plusieurs laboratoires pour garantir la fiabilité des résultats.

Analyse des données et méthodes statistiques

L’équipe de recherche a évalué la corrélation entre chaque méthode de détection et Myriad myChoice à travers des courbes caractéristiques de fonctionnement (ROC), le coefficient de corrélation de Pearson, etc. De plus, ils ont utilisé l’analyse de Bland-Altman pour comparer la cohérence entre différentes méthodes de détection.

Résultats de l’étude

Les résultats montrent que les différentes méthodes de détection appliquées pour l’évaluation de l’instabilité génomique, y compris Myriad myChoice, ont affiché une cohérence allant de relativement haute à une parfaite adéquation. Les comparaisons inter-laboratoires de ces tests ont également montré une haute cohérence, indiquant que presque toutes les méthodes de détection peuvent évaluer efficacement l’état d’IG lié au DHR.

Plus précisément :

1. Analyse de corrélation : Les coefficients de corrélation de Pearson entre la plupart des méthodes de détection et Myriad myChoice se situent entre 0,6 et 0,9, montrant une forte corrélation.
2. Évaluation de la cohérence : Lors de la détermination du statut DHR des échantillons, les valeurs Kappa entre les différentes méthodes de détection variaient de 0,6 à 0,9, indiquant une haute cohérence dans l’identification des échantillons DHR positifs et négatifs.
3. Analyse des courbes ROC : Les valeurs AUC (aire sous la courbe) de la plupart des méthodes de détection dépassaient 0,8, prouvant leur bonne performance en termes de sensibilité et de spécificité.

Conclusion de l’étude

La conclusion de cette étude est claire : presque toutes les méthodes de détection participant à l’étude ont montré des résultats hautement cohérents avec Myriad myChoice. Ces méthodes alternatives peuvent donc évaluer efficacement l’état d’IG lié au DHR dans un environnement clinique. Ce résultat de recherche a une grande importance pour la pratique clinique en Europe, car il signifie que des méthodes de détection plus diversifiées peuvent être adoptées en pratique, accélérant ainsi le processus de prise de décision concernant le traitement des patients, réduisant les coûts et apportant finalement des bénéfices substantiels aux patients.

Points forts de l’étude

1. Découverte importante : Plusieurs méthodes de détection ont montré une haute cohérence avec Myriad myChoice dans l’évaluation du statut DHR, offrant plus de choix aux cliniques.
2. Innovation des méthodes et des processus : L’utilisation de diverses techniques de détection, notamment la détection par panels et le séquençage du génome entier, a démontré les avantages et la polyvalence de différentes méthodes.
3. Valeur pour les applications cliniques : L’étude prouve la faisabilité de plusieurs méthodes de détection DHR en pratique clinique, réduisant la dépendance à une méthode commerciale unique et contribuant à l’optimisation du diagnostic et du traitement des patients.