棉花种群水平DNA甲基化多态性研究揭示表观基因组对复杂性状的贡献 背景与研究动机 在过去几十年中，基因组和基因多样性通过全基因组关联研究（GWAS）被广泛研究，为理解作物性状变异提供了理论基础。然而，DNA甲基化等表观遗传修饰在调控作物性状方面的作用依旧相对不明确。DNA甲基化，是一种重要的表观遗传标记，通过在胞嘧啶（Cytosine）上加上甲基基团，调控基因表达、维持基因组稳定性，并在多种作物的农艺性状中起关键作用。研究发现，基因组甲基化水平的多态性与生态适应性状有关，但在自然作物种群中，表观遗传变异对作物性状的贡献仍然需要更深入的探索。 基于此需求，来自浙江大学和阿里巴巴集团等研究机构的科学家们开展了一项系统的研究，首次在207个棉花品种中生成了高质量的甲基组、转录组和基因组数据，扩展了...
研究揭示神经炎症、损伤和恢复中的性别特异性表观遗传调控机制 背景 脑缺血性中风是全球导致死亡和残疾的主要原因之一。由于对其连锁疾病机制知之甚少，目前用于减轻急性缺血性脑损伤的治疗方法非常有限。近期的研究表明，表观遗传机制，如组蛋白赖氨酸乙酰化/去乙酰化，参与了缺血诱导的神经损伤和死亡。然而，另一种常见的表观遗传机制——赖氨酸甲基化/去甲基化在脑缺血中的作用尚未得到全面调查。特别是性别对中风后结果的影响使得在研究中必须考虑性别因素。本研究旨在通过最近开发的颈内动脉闭塞（ICAO）小鼠模型来阐明这些分子机制。 来源 这篇论文由Mydhili Radhakrishnan、Vincy Vijay、B. Supraja Acharya、Papia Basuthakur、Shashikant Patel...
CRISPR依赖筛选在原代造血干细胞中识别出KDM3B作为IDH2和TET2突变基因型的特异性易感性 背景和研究意义 克隆性造血（Clonal Hematopoiesis, CH）是指由特定突变的造血干细胞（Hematopoietic Stem Cell, HSC）引发的基因上不同的亚群细胞的异常生长。这种现象在60岁以上的人群中十分普遍，影响了超过20%的人口。CH与急性髓系白血病（AML）的恶性转化风险增加有关，并且还与更高的全因死亡率和各种与年龄相关的疾病（如心血管疾病）相关联。尽管之前的基因研究已经识别出与CH相关的基因突变，但迄今为止在CH中识别治疗靶点的工作还存在挑战。这主要是因为缺乏适用于研究初级造血干细胞（HSPC）的体外平台。在这一研究中，作者利用HSPC和骨髓内皮细胞（B...
双向表观遗传编辑揭示基因调控的层次结构 背景和研究动机 在人类基因组中，非编码元件如增强子（enhancer）在基因调控中的作用已被广泛认知。然而，目前常用的CRISPR干扰方法在研究非编码元件和遗传相互作用方面仍存在一些局限性。主要是因为传统的CRISPR方法，如CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa），仅能一次性进行单个位点的编辑。这限制了研究人员对基因调控网络中相互作用的深入理解。因此，本研究致力于开发一种可以双向编辑表观遗传特性的系统，以解决这些问题。 来源和作者信息 这篇题为”Bidirectional Epigenetic Editing Reveals Hierarchies in Gene Regulation”的研究论文，发表于《Nature ...
通过乳腺癌细胞系的染色质可及性分析识别特定谱系的表观遗传调控因子FOXA1和GRHL2 背景介绍 乳腺癌是一种异质性很强的疾病，目前临床上依赖于基因表达模式、内在分子亚型和激素受体/人类表皮生长因子受体2(HER2)的表达进行分类。然而，已有研究表明乳腺肿瘤在基因表达之外还存在明显的异质性。例如，一些雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌的ER响应元件可及性降低，可能导致预后不良。基于这些发现，识别表观遗传状态对于更全面地理解乳腺癌异质性显得尤为关键。 乳腺癌细胞系是研究乳腺癌的重要模型，通常根据内在亚型和/或受体状态进行分类。然而，这些细胞系所隐藏的转录组表观遗传异质性尚未完全探明。因此，为了更准确地模拟乳腺癌并阐明其关键调控机制，解析乳腺癌细胞系的表观遗传景观尤为重要。 研究来源 这项研究由Li...
表观遗传年龄估计值与女性健康记忆研究中的认知功能轨迹关联 背景介绍 认知功能（cognitive function）的维持，对于老年人独立生活至关重要。随着老龄化人口的增长，认知功能的衰退已成为重要的公共卫生挑战。很多研究发现，各种可修改和不可修改的风险因素，比如教育水平、社会经济地位、身体活动、心血管疾病（Cardiovascular diseases, CVD）、心血管疾病风险因素、听力能力和遗传因素（如APOE e4）等与认知功能下降存在关联。然而，衰老过程中的分子机制尤其是表观遗传年龄加速（epigenetic age acceleration）与认知功能下降的具体关系尚未完全理解。 表观遗传年龄估算 表观遗传年龄估算（Epigenetic age estimators）是基于DNA...