用于研究肿瘤微环境复杂性的长期化模型：患者来源的迷你结肠 背景介绍： 肿瘤与其周围微环境的相互作用对癌症的发展和治疗具有深远的影响。然而，现有的体外肿瘤模型缺乏捕捉这些复杂交互作用的能力。为解决这一问题，该研究创新性地开发了一种基于患者特定癌细胞和其微环境的迷你结肠模型，为癌症治疗提供了一个新的实验平台。 研究团队与出版信息： 这项研究由L. Francisco Lorenzo-Martin等人领导，来自瑞士洛桑联邦理工学院(EPFL)干细胞生物工程实验室等多个科研机构共同完成。研究成果发表在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上。 研究流程： 研究目的与设计：为了克服现有模型的局限性，本研究旨在开发一种能够长期稳定模型化肿瘤与微环境复杂性的系统。研究聚焦于结直肠癌...
在复杂微生物组中使用基因排列分析进行菌株追踪揭示物种特定的进化模式 背景介绍 微生物种群通过单核苷酸突变和结构变化（如重组、插入和缺失）分化为不同的菌株。大多数菌株比较方法主要量化单核苷酸多态性（SNPs）的差异，而忽视了结构变化。然而，重组是许多物种（包括人类病原体）表型多样化的重要驱动因素。本文介绍了一种名为SynTracker的工具，该工具使用基因排列（基因组中同源区域的序列块顺序）来比较微生物菌株。基因排列是一种尚未被现有菌株比较工具充分利用的丰富的基因组信息来源。SynTracker对SNP敏感度低，无需数据库，且对测序错误具有鲁棒性。它在追踪元基因组数据中的菌株时优于现有工具，特别适用于噬菌体、质粒及其他数据有限的情境。应用于单物种数据集和人类肠道元基因组时，SynTracker...
基于群体资源的单样本肿瘤亚克隆重构算法 背景介绍 癌症的进化过程和肿瘤的基因异质性是现代肿瘤学研究的重要领域。肿瘤从正常细胞进化而来，通过获得体细胞突变逐步发展。这些突变受细胞染色质结构和内源性及外源性诱变压力的影响，以概率的方式发生。如果特定的突变为细胞提供了选择优势，其后代细胞可以在其局部环境中扩展。经过多年的积累，最终形成带有多种癌症标志的细胞群体，即克隆。不同的肿瘤细胞亚群（亚克隆）可以通过漂移或选择压力在整个细胞群体中出现。这种进化特征对临床具有重要意义，基因异质性与较差的预后、更多的突变和耐药性有关。因此，理解和量化肿瘤的进化过程对于癌症治疗和预后评估至关重要。 肿瘤亚克隆重构是一种常见的方法，通过利用体细胞单核苷酸变异（SNVs）和拷贝数异常（CNAs）的等位基因频率来量化肿瘤...
中枢神经系统（CNS）自身免疫性疾病，如视神经脊髓炎谱系疾病（NMOSD），是一种以视神经炎和脊髓炎复发为特征的炎症性自身免疫脱髓鞘疾病。尽管在NMOSD的治疗方面取得了重大进展，但仍有部分患者对现有疗法反应不佳，病情反复且难以治愈。这可能是因为当前的治疗方法未能有效针对CNS内在的免疫失调。抗水通道蛋白4（AQP4）免疫球蛋白G（IgG）通过多种途径引发CNS脱髓鞘损伤，包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性和补体依赖性细胞毒性。 嵌合抗原受体（CAR）T细胞治疗在长期控制血液癌症方面显示出潜力，并在某些难治性自身免疫疾病的治疗中初步显示了疗效。然而，CAR T细胞在自身免疫疾病中的作用机制尚不清楚。本文研究旨在通过对接受抗B细胞成熟抗原（BCMA）CAR T细胞治疗的NMOSD患者进行单细胞多...
氧化磷酸化调节B细胞效应细胞因子并促进多发性硬化中的炎症反应 背景介绍 近年来，B细胞在健康和疾病状态下的抗体独立功能已成为研究热点，尤其是其分泌不同细胞因子的能力，这些因子可以激活或下调局部免疫反应。研究表明，B细胞细胞因子失调是多种免疫介导疾病的病因之一，包括多发性硬化症（Multiple Sclerosis，MS）。然而，目前对B细胞细胞因子表达调控机制的了解仍然有限。本文探讨了促炎性（如GM-CSF表达）和抗炎性（如IL-10表达）B细胞细胞因子的分泌如何被调控，特别是氧化磷酸化（Oxidative Phosphorylation，OxPhos）在其中的作用。 研究来源 这项研究由Rui Li及其团队完成，作者分别来自宾夕法尼亚大学、福建医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学等机构，研...
核苷碱基加成物结合MR1并刺激MR1限制性T细胞 摘要 本文概述了Vacchini等人关于MR1限制性T细胞（MR1T细胞）的最新研究成果，该研究发现了核糖核酸碱基加成物作为MR1T细胞抗原的存在，并揭示了它们在肿瘤细胞中的代谢路径和生理功能。研究成果对于理解MR1T细胞在生理和病理条件下的作用及其治疗潜力具有重要意义。 研究背景 MR1T细胞是一种新发现的T细胞亚群，它们能够识别由MR1分子呈递的自体抗原，而不依赖于微生物感染。当前，MR1T细胞的自体抗原性质尚未明确，这阻碍了我们对其生理作用和治疗潜力的理解。本研究通过结合基因、药理学和生化方法，揭示了MR1T细胞如何监测目标细胞中的代谢变化，为MR1T细胞的功能性研究提供了重要线索。 论文信息 本研究发表于2024年5月10日的《Sci...
TREM2缺陷重塑肠道巨噬细胞与微生物群 以增强抗PD-1肿瘤免疫治疗 华盛顿大学医学院的研究团队，由Blanda Di Luccia等多名科学家领衔，日前在《Science Immunology》杂志上发表了一项研究论文，揭示了肠道微生物群及肿瘤相关巨噬细胞如何影响抗PD-1免疫检查点阻断治疗的研究成果。研究证实，通过阻断或删除巨噬细胞上的触发性受体TREM2，能够增强机体抗肿瘤T细胞应答，并揭示了TREM2缺陷小鼠在抗PD-1治疗后，肠道巨噬细胞向促炎状态的转变，及肠道微生物群中鲁米诺考古菌（Ruminococcus gnavus）的扩展。 研究背景 免疫检查点抑制剂（CPIs）通过阻断PD-1、PD-L1和CTLA-4等蛋白质已在治疗多种癌症中取得成功，但尚有相当数量的患者未能持久响应...
免疫检查点抑制剂（ICIs，也称为免疫检查点阻断剂）是近年来在癌症免疫治疗中取得重大突破的一类药物。这类药物主要通过阻断程序性死亡蛋白1（PD-1）和细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（CTLA-4），从而激活抗肿瘤T细胞反应。然而，现有的ICIs疗法的总体响应率仍然较低，因此迫切需要寻找新的免疫检查点作为治疗靶点。最近的研究已确立了“干细胞样”肿瘤特异性CD8+ T细胞在响应ICIs疗法中的重要作用，这些细胞通过退出静息状态并经历增殖爆发来发挥功能。但维持这些“干细胞样”T细胞静息状态的机制尚不明确，可能是当前免疫疗法临床抗性的潜在原因。 V-Domain Ig Suppressor Of T Cell Activation（俗称VISTA）是一种B7家族的免疫检查点蛋白，被认为是下一代免疫疗法...
研究背景 γδT细胞在免疫系统中扮演了重要角色，特别是在保护性免疫、稳态和组织修复方面。与传统的通过主要组织相容性复合（MHC）限制的αβT细胞不同，γδT细胞直接播种外周组织并对多种微生物刺激作出反应，而不依赖MHC-肽识别。在小鼠模型中，γδT细胞的发展是通过发育“波段”定位于屏障位置的重要时间点。这些研究为γδT细胞在早期发育过程中的关键作用提供了线索。然而，人类γδT细胞的功能在外周组织中的角色仍然不清楚，大多数研究主要集中在血液和胸腺中。鉴于这些细胞在肿瘤和某些病原体免疫反应中的作用，我们需要了解它们在不同年龄阶段和组织中的功能和分布动态。 论文来源 这篇题为“Human γδ T cells in diverse tissues exhibit site-specific mat...
通过外周克隆删除靶向消耗PD-1表达细胞诱导实现免疫耐受 背景介绍 建立T细胞受体（TCR）库的胸腺负选择是实现自耐受和器官移植后获得性耐受的关键过程。然而，尚不清楚外周克隆性删除的具体机制是否能够诱导移植耐受。本研究旨在探索通过靶向程序性细胞死亡蛋白1（PD-1）表达的细胞来诱导免疫耐受的可行性与机制。PD-1是一个在T细胞激活和衰竭过程中表现突出的表面受体，其对于慢性感染和肿瘤免疫逃逸有显著的贡献。 在器官移植后，PD-1被认为是反应性T细胞的一个表面标志物，且与同种抗原遭遇后的克隆性扩展有关。本研究旨在通过自备和抗体手段删除PD-1阳性细胞，重新塑造TCR库，并探索其是否能促进小鼠移植模型中的免疫耐受。 来源与作者信息 本文由Jikai Cui、Heng Xu、Jizhang Yu、S...