碱基编辑筛选技术在肿瘤免疫治疗T细胞研究中的应用 免疫细胞疗法，如T细胞转移治疗和CAR T细胞疗法，在某些疾病领域成为临床癌症治疗的重要工具。然而，大部分癌症患者无法从细胞疗法中获益，抗性可能是由于癌细胞内在变化（例如B2M丢失、抗原丢失或CD58丢失或下调）或在免疫抑制性肿瘤微环境中细胞产品的调控。本研究通过基础编辑筛选技术，生成了数千种在已知或潜在临床相关基因位点上的变体，探索了这些变体在T细胞生物标志上的影响，提出利用这些变体改善现有和未来的细胞癌症免疫疗法的可能性。 研究背景 该研究由Zachary H. Walsh、Parin Shah、Neeharika Kothapalli、Shivem B. Shah等人共同完成，他们来自不同的科研机构，具有深厚的科研背景和专业能力。本项研...
选择性基因驱动器编程肿瘤进化以主动对抗药物耐药性 随着肿瘤的发展，针对癌症的靶向疗法通常会因药物抵抗性的进化而失败。本研究展现了一种可重复操纵肿瘤进化以设计治疗机会的方式，即使在遗传异质性预先存在的情况下。我们开发了一种选择性基因驱动器系统，可以稳定地引入到癌细胞中，由两个基因（或开关）组成，将可诱导的适应性优势与共享的适应性成本相耦合。利用随机模型的进化动力学，我们确定了选择性基因驱动器的设计准则，并建造了可以利用多个已批准的酪氨酸激酶抑制剂选择性压力的原型，并采用了多种治疗机制，如前药催化和免疫活性诱导。我们证明选择性基因驱动器能在体外消除多种形式的遗传抗性。最终，我们展示了在小鼠实体瘤模型中，模型引导的开关激活可以有效针对预先存在的抗性。这些结果为进化引导的抗癌治疗确立了选择性基因驱动...
转录组学技术跟踪序列(Tracking-Seq)揭示CRISPR-Cas9介导的基因组编辑的脱靶效应异质性 研究背景 随着基因组编辑技术的飞速发展，CRISPR-Cas9系统因其高效率、易操作而被广泛应用于生物医学研究领域。然而，由于CRISPR-Cas9系统进行DNA编辑时可能产生非靶效应，即在意图编辑以外的基因位点发生切割，因此如何对非靶效应进行全面识别和评估已成为科研中的一项重要课题。之前的研究主要采用细胞游离法等方法检测非靶效应，但这些方法往往存在对特定编辑工具或细胞类型的依赖性、需要大量细胞、假阳性率高以及仅限于体外基因组编辑等局限。鉴于此，开发一种通用的、能够在细胞原位直接检测非靶效应的方法显得十分迫切。另一方面，目前的研究也有所忽视编辑工具的靶向异质性，即不同编辑工具在不同细胞...
用于研究肿瘤微环境复杂性的长期化模型：患者来源的迷你结肠 背景介绍： 肿瘤与其周围微环境的相互作用对癌症的发展和治疗具有深远的影响。然而，现有的体外肿瘤模型缺乏捕捉这些复杂交互作用的能力。为解决这一问题，该研究创新性地开发了一种基于患者特定癌细胞和其微环境的迷你结肠模型，为癌症治疗提供了一个新的实验平台。 研究团队与出版信息： 这项研究由L. Francisco Lorenzo-Martin等人领导，来自瑞士洛桑联邦理工学院(EPFL)干细胞生物工程实验室等多个科研机构共同完成。研究成果发表在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上。 研究流程： 研究目的与设计：为了克服现有模型的局限性，本研究旨在开发一种能够长期稳定模型化肿瘤与微环境复杂性的系统。研究聚焦于结直肠癌...
在复杂微生物组中使用基因排列分析进行菌株追踪揭示物种特定的进化模式 背景介绍 微生物种群通过单核苷酸突变和结构变化（如重组、插入和缺失）分化为不同的菌株。大多数菌株比较方法主要量化单核苷酸多态性（SNPs）的差异，而忽视了结构变化。然而，重组是许多物种（包括人类病原体）表型多样化的重要驱动因素。本文介绍了一种名为SynTracker的工具，该工具使用基因排列（基因组中同源区域的序列块顺序）来比较微生物菌株。基因排列是一种尚未被现有菌株比较工具充分利用的丰富的基因组信息来源。SynTracker对SNP敏感度低，无需数据库，且对测序错误具有鲁棒性。它在追踪元基因组数据中的菌株时优于现有工具，特别适用于噬菌体、质粒及其他数据有限的情境。应用于单物种数据集和人类肠道元基因组时，SynTracker...
基于群体资源的单样本肿瘤亚克隆重构算法 背景介绍 癌症的进化过程和肿瘤的基因异质性是现代肿瘤学研究的重要领域。肿瘤从正常细胞进化而来，通过获得体细胞突变逐步发展。这些突变受细胞染色质结构和内源性及外源性诱变压力的影响，以概率的方式发生。如果特定的突变为细胞提供了选择优势，其后代细胞可以在其局部环境中扩展。经过多年的积累，最终形成带有多种癌症标志的细胞群体，即克隆。不同的肿瘤细胞亚群（亚克隆）可以通过漂移或选择压力在整个细胞群体中出现。这种进化特征对临床具有重要意义，基因异质性与较差的预后、更多的突变和耐药性有关。因此，理解和量化肿瘤的进化过程对于癌症治疗和预后评估至关重要。 肿瘤亚克隆重构是一种常见的方法，通过利用体细胞单核苷酸变异（SNVs）和拷贝数异常（CNAs）的等位基因频率来量化肿瘤...
本研究发表在 Nature Biotechnology 杂志，doi为10.1038/s41587-024-02267-3。本文的通讯作者是来自华东理工大学的陈海宏、王耀宏等，发表日期为2024年4月26日。文章研究了通过代谢工程和生物催化进行高产叶绿素的生产。 研究背景 叶绿素及其衍生物在医学、食品、能源和材料领域具有广泛应用，但高效生产这些化合物面临巨大挑战。研究人员利用紫色非硫光合细菌 Rhodobacter sphaeroides 作为有效的细胞工厂，并通过酶催化结合代谢工程来生产叶绿素化合物。 研究过程 流程设计 研究流程包括基因编辑、发酵促进、代谢调节与酶催化等步骤。 基因编辑 研究团队通过基因组范围的CRISPRi筛选在 R. sphaeroides 中发现目标基因heMN，这...
中枢神经系统（CNS）自身免疫性疾病，如视神经脊髓炎谱系疾病（NMOSD），是一种以视神经炎和脊髓炎复发为特征的炎症性自身免疫脱髓鞘疾病。尽管在NMOSD的治疗方面取得了重大进展，但仍有部分患者对现有疗法反应不佳，病情反复且难以治愈。这可能是因为当前的治疗方法未能有效针对CNS内在的免疫失调。抗水通道蛋白4（AQP4）免疫球蛋白G（IgG）通过多种途径引发CNS脱髓鞘损伤，包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性和补体依赖性细胞毒性。 嵌合抗原受体（CAR）T细胞治疗在长期控制血液癌症方面显示出潜力，并在某些难治性自身免疫疾病的治疗中初步显示了疗效。然而，CAR T细胞在自身免疫疾病中的作用机制尚不清楚。本文研究旨在通过对接受抗B细胞成熟抗原（BCMA）CAR T细胞治疗的NMOSD患者进行单细胞多...
氧化磷酸化调节B细胞效应细胞因子并促进多发性硬化中的炎症反应 背景介绍 近年来，B细胞在健康和疾病状态下的抗体独立功能已成为研究热点，尤其是其分泌不同细胞因子的能力，这些因子可以激活或下调局部免疫反应。研究表明，B细胞细胞因子失调是多种免疫介导疾病的病因之一，包括多发性硬化症（Multiple Sclerosis，MS）。然而，目前对B细胞细胞因子表达调控机制的了解仍然有限。本文探讨了促炎性（如GM-CSF表达）和抗炎性（如IL-10表达）B细胞细胞因子的分泌如何被调控，特别是氧化磷酸化（Oxidative Phosphorylation，OxPhos）在其中的作用。 研究来源 这项研究由Rui Li及其团队完成，作者分别来自宾夕法尼亚大学、福建医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学等机构，研...
核苷碱基加成物结合MR1并刺激MR1限制性T细胞 摘要 本文概述了Vacchini等人关于MR1限制性T细胞（MR1T细胞）的最新研究成果，该研究发现了核糖核酸碱基加成物作为MR1T细胞抗原的存在，并揭示了它们在肿瘤细胞中的代谢路径和生理功能。研究成果对于理解MR1T细胞在生理和病理条件下的作用及其治疗潜力具有重要意义。 研究背景 MR1T细胞是一种新发现的T细胞亚群，它们能够识别由MR1分子呈递的自体抗原，而不依赖于微生物感染。当前，MR1T细胞的自体抗原性质尚未明确，这阻碍了我们对其生理作用和治疗潜力的理解。本研究通过结合基因、药理学和生化方法，揭示了MR1T细胞如何监测目标细胞中的代谢变化，为MR1T细胞的功能性研究提供了重要线索。 论文信息 本研究发表于2024年5月10日的《Sci...