全基因组范围甲基化研究揭示PTSD相关的新DNA甲基化位点：23个军民队列的Meta分析 学术背景及研究目标 创伤后应激障碍（Posttraumatic Stress Disorder, PTSD）是一种严重的精神疾病，通常发生在个人经历极端创伤事件后。PTSD的症状包括侵入性记忆、对触发记忆情境的回避或情感麻木，以及持续的高警觉反应，这些特征可能显著影响心理与生理健康。PTSD已被证明与慢性疾病风险增加相关，如心血管疾病等，这与其患者自我保健水平较低、药物依从性差及更高的物质使用率有关。 尽管大多数人遭遇过创伤事件，但只有少数发展为PTSD，这表明遗传和环境因素对PTSD的发生具有重要作用。以往的全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）...

关于卵巢癌基因组不稳定性研究的综合报道 背景与研究问题 卵巢癌作为一种致命的妇科恶性肿瘤，近年来的研究集中于拓展靶向疗法的可行性。多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（Poly(ADP-ribose) polymerase, PARP）抑制剂的引入，为治疗卵巢癌带来了划时代的治疗新选择，这种疗法尤其对患有同源重组缺陷（Homologous Recombination Deficiency, HRD）的患者具有显著疗效。然而，HRD的驱动因素除经典的BRCA1和BRCA2突变（BRCA1/2 mutations，以下简写为BRCAM）之外，还有哪些基因或变异参与其中仍不清晰。此外，关于非BRCA基因组不稳定性模式及其对HRD检测和精准治疗的影响也缺乏系统性的理解。 基于此，Alan Barnicle等研究...

重新审视Haemophilus influenzae的氨苄西林和头孢他啶的突变性耐药研究 背景与研究动机 Haemophilus influenzae（流感嗜血杆菌）是一种机会性细菌病原体，能够引发严重的呼吸道感染及侵袭性感染，如败血症和脑膜炎，特别是在婴儿、老年人和免疫力低下的个体中。近年来，随着β-内酰胺酶阴性氨苄西林耐药（BLNAR，β-lactamase-negative ampicillin-resistant）菌株的出现，以及基因型和表型耐药性之间的不明确关联，临床经验性治疗和患者管理面临严峻挑战。 β-内酰胺类药物如氨苄西林曾是治疗H. influenzae感染的首选，但由于氨苄西林耐药菌株的不断增加，许多国家的治疗方案已经向包含β-内酰胺酶抑制剂的联合治疗或第三代头孢菌素转变...

基因组医学领域面临的一个重要挑战是不同人群在基因变异分类上的不平等，尤其是对于非欧洲血统的个体。由于历史原因，大多数基因组研究和临床测序数据主要来自欧洲血统的个体，导致对其他血统个体的基因变异与疾病风险的理解存在显著不足。这种不平等不仅影响了诊断的准确性，还可能导致错误的医疗管理。例如，许多非欧洲血统的个体在基因检测中更可能被归类为“意义未明的变异”（VUS, Variants of Uncertain Significance），而欧洲血统的个体则更可能被归类为“致病性或可能致病性变异”（P/LP, Pathogenic or Likely Pathogenic）。这种差异不仅影响了临床决策，还加剧了健康不平等。 为了解决这一问题，研究人员提出了使用多重变异效应测定（MAVE, Multi...

肺癌脑转移的多组学整合分析揭示代谢脆弱性作为新型治疗靶点 学术背景 肺癌是全球范围内发病率和死亡率最高的癌症之一，尤其是肺癌脑转移（Lung Cancer Brain Metastases, LC-BMs）是肺癌患者常见的并发症，且预后极差。尽管近年来肺癌的治疗手段有所进步，但针对脑转移的标准治疗方案仍然有限，疗效不佳。因此，深入理解肺癌脑转移的分子机制和肿瘤微环境，对于开发新的治疗策略至关重要。 肺癌脑转移的发生机制复杂，涉及基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多个层面的变化。近年来，随着多组学技术的发展，研究人员能够从多个维度全面解析肿瘤的分子特征，从而为精准治疗提供新的思路。然而，目前关于肺癌脑转移的多组学研究仍然较少，尤其是针对原发肺癌与脑转移病灶的配对分析更为稀缺。因此，本研究旨在通...

基因组医学中的CRISPR引导序列再注释：EXORCISE算法的应用与验证 学术背景 CRISPR-Cas9技术自问世以来，彻底改变了基因筛选领域，尤其是在研究基因必需性和化学-遗传相互作用方面。通过设计针对特定基因的引导RNA（guide RNA, gRNA），CRISPR-Cas9系统能够在细胞中引入精确的基因敲除，从而帮助研究人员理解基因功能及其在疾病中的作用。然而，CRISPR库的设计通常基于参考基因组，而实际研究的细胞系（尤其是癌症细胞系）往往存在基因组变异，这可能导致CRISPR引导序列的错配或偏差，进而影响实验结果的准确性。 为了解决这一问题，Simon Lam等人开发了一种名为EXORCISE（Exome-Guided Re-annotation of Nucleotide ...

基于长读长测序的多重耐药微生物基因组监测研究 学术背景 多重耐药微生物（Multidrug-Resistant Organisms, MDROs）是全球公共卫生的重大威胁。这些微生物对多种抗生素产生耐药性，导致感染难以治疗，增加了医疗负担。为了有效监测和控制MDROs的传播，准确识别其耐药基因、分子类型变化以及传播路径至关重要。传统的分子分型方法，如脉冲场凝胶电泳（Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE）和多位点序列分型（Multi-Locus Sequence Typing, MLST），虽然在过去发挥了重要作用，但其分辨率较低、操作复杂且成本高昂。近年来，基于全基因组测序（Whole-Genome Sequencing, WGS）的方法逐渐成为主流，...

学术背景与问题提出 肿瘤抑制基因（Tumour Suppressor Genes, TSGs）的功能丧失（Loss-of-Function, LOF）突变在癌症中非常常见，但由于这些突变导致蛋白质功能的丧失或减弱，传统的药物靶向策略难以直接针对这些突变。因此，研究人员需要开发新的方法来揭示这些突变带来的细胞脆弱性，并寻找潜在的治疗靶点。KMT2D 是一个在多种癌症中频繁发生突变的肿瘤抑制基因，其功能丧失突变与多种癌症的发生和发展密切相关。然而，KMT2D 的功能网络及其在癌症细胞中的脆弱性尚未得到全面研究。 本文的研究旨在通过计算模拟的方法，绘制 KMT2D 的遗传网络，揭示其功能关联和癌症细胞的脆弱性，特别是通过合成致死（Synthetic Lethality, SL）相互作用，寻找潜在的...

综合单细胞分析揭示他莫昔芬耐药乳腺癌中的表观遗传调控癌细胞状态及异质性指导的核心特征 学术背景 乳腺癌是女性中最常见的癌症之一，内分泌治疗（如他莫昔芬）是雌激素受体α（ER）阳性乳腺癌患者的标准治疗方法。尽管内分泌治疗显著降低了复发风险，但约三分之一的患者最终会发展为内分泌耐药并复发。肿瘤间和肿瘤内的异质性被认为是导致内分泌耐药的重要因素。近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术的进步使得我们能够在单细胞分辨率下探索肿瘤异质性。然而，这种综合单细胞分析尚未被用于表征乳腺癌内分泌耐药中的转录组和染色质可及性。 论文来源 该研究由Kun Fang、Aigbe G. Ohihoin、Tianxiang Liu、Lavanya Choppavar...

牙齿形态在人类进化过程中表现出显著的多样性，然而，关于这种多样性的遗传基础知之甚少。牙齿作为进化研究中的重要特征，因其保存完好且形态多样，被广泛用于分类学和系统发育分析。现代人类群体中，牙齿形态的变异也被用于人口历史分析和个体识别。尽管动物研究已经确定了数十个与牙齿发育相关的基因，但关于普通人群中牙齿形态变异的遗传基础的研究仍然有限。全基因组关联研究（GWAS）虽然已经揭示了许多与常见表型变异相关的单核苷酸多态性（SNP），但这些关联的生物学机制大多尚未明确，尤其是非编码SNP的作用。 本研究旨在通过多组学分析，探索现代人类牙齿冠部尺寸变异的遗传基础。研究团队通过对混合大陆血统的哥伦比亚人群进行全基因组关联分析，识别出18个与牙齿冠部尺寸显著相关的基因组区域，并进一步验证了其中7个区域在独立...