多癌种检测的多重液滴数字PCR甲基化检测方法 背景介绍 癌症是全球范围内导致死亡的主要原因之一，2020年报告的死亡人数接近1000万。尽管许多癌症在早期发现和治疗时可以治愈，但许多患者仍被诊断为晚期，导致治疗效果不佳。目前，大多数西方国家仅针对结直肠癌、乳腺癌和宫颈癌开展了筛查项目，而其他癌症类型缺乏有效的早期检测手段。因此，开发一种能够同时检测多种癌症的早期诊断工具具有重要意义。 DNA甲基化（DNA methylation）是一种在癌症早期就发生改变的生物标志物，具有高度的稳定性和一致性。与突变不同，甲基化模式在癌症细胞和正常细胞之间存在显著差异，且这些差异在癌症发生早期就已出现，因此甲基化检测被认为是早期癌症诊断的理想工具。近年来，液滴数字PCR（droplet digital PC...

CXXC5在癌症中的信号整合功能 学术背景 CXXC5（CXXC型锌指蛋白5）是ZF-CXXC蛋白家族的成员之一，在细胞信号网络中扮演着信号整合和信息传递的关键角色。CXXC5通过调控多种信号通路（如Wnt/β-catenin、TGF-β/BMP、ATM/p53等）和基因表达，参与细胞增殖、分化、凋亡和代谢等过程。其异常表达或功能失调与多种病理过程相关，尤其是癌症的发生和发展。然而，CXXC5在癌症中的具体作用机制及其潜在的治疗价值尚未完全阐明。因此，本文旨在全面综述CXXC5在细胞信号网络中的功能，特别是在癌症中的作用，并探讨其作为治疗靶点的潜力。 论文来源 本文由Zihao An、Jiepu Wang、Chengzuo Li和Chao Tang共同撰写，作者来自浙江大学医学院附属儿童医院...

Dppa4基因在垂体神经内分泌肿瘤中的致癌作用 学术背景 垂体神经内分泌肿瘤（Pituitary Neuroendocrine Tumors, PitNETs）是一种常见的颅内肿瘤，通常具有激素分泌功能，是导致人类性腺功能减退和不孕的重要原因之一。尽管大多数PitNETs可以通过手术和药物治疗得到控制，但部分肿瘤表现出对治疗的不敏感性或复发，甚至表现出侵袭性行为，如周围组织的广泛浸润或远处转移。目前，PitNETs的侵袭性机制尚不明确，尤其是肿瘤干细胞在其中的作用尚未得到充分研究。 近年来，研究表明，肿瘤干细胞可能在PitNETs的侵袭性和耐药性中发挥重要作用。胚胎干细胞调控基因Dppa4（Developmental Pluripotency-Associated 4）在某些癌症中过度表达，...

非小细胞肺癌中可变剪接的全局分析揭示新的组织学和人群差异 学术背景 肺癌是美国最常见的癌症之一，尤其是非小细胞肺癌（NSCLC）占据了肺癌的大部分病例。其中，肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）是最常见的亚型。尽管在肺癌的分子机制研究方面取得了显著进展，但少数族裔群体（如非洲裔美国人，AA）在肺癌研究中的代表性仍然不足。非洲裔美国男性比欧洲裔美国男性（EA）更容易患上肺癌，且发病率和死亡率更高。这种差异部分归因于医疗资源的获取和治疗决策的不同。 近年来，基因组研究表明，可变剪接（Alternative Splicing, AS）在癌症的发生和发展中起着重要作用。可变剪接是指前体mRNA在剪接过程中产生不同的mRNA异构体，进而影响蛋白质的功能。异常的剪接事件与多种癌症的肿瘤发生密切相...

PRMT5调控的DNA修复基因剪接驱动乳腺癌干细胞化疗耐药性 学术背景 乳腺癌干细胞（Breast Cancer Stem Cells, BCSCs）是乳腺癌中一个稀有的细胞亚群，具有自我更新、肿瘤起始和转移的能力。尽管BCSCs在肿瘤的发生和发展中起着关键作用，但其对化疗药物和放疗的耐药性机制仍不明确。化疗和放疗通常通过诱导DNA损伤来杀死癌细胞，而BCSCs能够通过增强DNA修复能力来抵抗这些治疗手段。因此，理解BCSCs如何通过DNA修复机制抵抗化疗药物，对于开发新的治疗策略至关重要。 PRMT5（Protein Arginine Methyltransferase 5）是一种精氨酸甲基转移酶，参与多种细胞过程，包括RNA剪接、DNA修复和基因表达调控。PRMT5在多种癌症中表达上调，...

FUT7和EXT1基因中的新种系突变与遗传性多发性外生骨疣的关联 背景介绍 遗传性多发性外生骨疣（Hereditary Multiple Exostoses, HME）是一种常染色体显性遗传的骨骼疾病，主要表现为多发性软骨帽骨赘（osteochondromas）的形成。这些骨赘通常出现在儿童的长骨、骨盆或肩胛骨等部位，可能导致疼痛、骨骼畸形、神经和血管压迫以及身材矮小。最严重的并发症是骨赘可能恶变为软骨肉瘤，发生率约为3.9%。HME的主要致病基因是EXT1和EXT2，这两个基因编码的糖基转移酶在硫酸肝素（heparan sulfate）的生物合成中起关键作用，而硫酸肝素是软骨细胞分化、骨化和凋亡的重要调节因子。然而，并非所有HME病例都能用EXT1和EXT2的突变解释，这表明其他基因可能也...

数字化空间转录组研究揭示DTX3L和BST2在食管鳞状细胞癌肿瘤发生中的关键作用 背景与研究问题 食管癌(Esophageal Cancer, EC)作为一种全球性高发的肿瘤疾病，其相关发病率和死亡率居高不下。食管鳞状细胞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma, ESCC)是亚洲地区最为常见的组织学亚型。由于其进展迅速、治疗抵抗和高转移率，患者预后极差。早期发现和治疗ESCC已成为减少患者死亡率的关键。但是，ESCC起始和早期肿瘤发生的细胞和分子机制尚未完全明确，尤其是从正常组织到低级别瘤样变、高级别瘤样变，最终发展为侵袭性癌症的动态演进过程尚有待深入探索。 目前的研究主要关注ESCC中肿瘤细胞的行为，却忽视了肿瘤微环境(Tumor Microenviron...

MECP2 重复综合征中的结构变异与表型变异性研究报道 学术背景 MECP2 重复综合征（MECP2 Duplication Syndrome，MRXSL）是一种 X 连锁基因组疾病，主要由 X 染色体上 MECP2 基因的拷贝数增加所致。这种疾病主要影响男性，临床特征多样，包括婴儿低张力、严重的发育迟缓、智力残疾、语言能力丧失、渐进性痉挛性瘫痪、胃肠问题、频繁的呼吸道感染和癫痫。虽然 MRXSL 病例表现出显著的临床多样性，但目前尚不清楚基因组结构变异与临床表型之间的具体联系。此外，复杂基因组重排（Complex Genomic Rearrangements, CGRs）在高达 38% 的 MRXSL 家庭中被发现，这进一步加深了对该疾病的复杂性认知。鉴于此，研究者希望通过综合基因组学、转...

全基因组范围甲基化研究揭示PTSD相关的新DNA甲基化位点：23个军民队列的Meta分析 学术背景及研究目标 创伤后应激障碍（Posttraumatic Stress Disorder, PTSD）是一种严重的精神疾病，通常发生在个人经历极端创伤事件后。PTSD的症状包括侵入性记忆、对触发记忆情境的回避或情感麻木，以及持续的高警觉反应，这些特征可能显著影响心理与生理健康。PTSD已被证明与慢性疾病风险增加相关，如心血管疾病等，这与其患者自我保健水平较低、药物依从性差及更高的物质使用率有关。 尽管大多数人遭遇过创伤事件，但只有少数发展为PTSD，这表明遗传和环境因素对PTSD的发生具有重要作用。以往的全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）...

关于卵巢癌基因组不稳定性研究的综合报道 背景与研究问题 卵巢癌作为一种致命的妇科恶性肿瘤，近年来的研究集中于拓展靶向疗法的可行性。多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（Poly(ADP-ribose) polymerase, PARP）抑制剂的引入，为治疗卵巢癌带来了划时代的治疗新选择，这种疗法尤其对患有同源重组缺陷（Homologous Recombination Deficiency, HRD）的患者具有显著疗效。然而，HRD的驱动因素除经典的BRCA1和BRCA2突变（BRCA1/2 mutations，以下简写为BRCAM）之外，还有哪些基因或变异参与其中仍不清晰。此外，关于非BRCA基因组不稳定性模式及其对HRD检测和精准治疗的影响也缺乏系统性的理解。 基于此，Alan Barnicle等研究...