研究背景及问题陈述 原发性家族性脑钙化症（Primary Familial Brain Calcification, PFBC）是一种罕见的神经系统疾病，表现为基底神经节和其他脑区的微血管钙化。尽管目前已经确定了至少六个与PFBC相关的基因（包括SLC20A2、XPR1、PDGFB、PDGFRB、MYORG和JAM2），但仍有超过50%的患者的致病原因尚不明确。这些未解释的病例可能包含在已知基因的非编码区中的隐匿变异。 研究人员假设，5’非翻译区（untranslated region, UTR）中的变异可能会引入AUG密码子，从而启动mRNA的翻译，导致某些PFBC基因的功能丧失。为验证这一假设，研究团队对113名与PFBC相关的探针的外显子测序数据进行了重新注释，并发现了PDGFB基因5...
新型ACTA2突变导致主动脉瘤的病理性研究：利用酵母模型的验证 研究背景 主动脉瘤/夹层（TAAD）是一种潜在致命的血管病，其发病机制至今仍不完全清楚。ACTA2基因编码的α-平滑肌肌动蛋白是血管平滑肌收缩装置的关键成分。已知ACTA2基因的常染色体显性变异与家族性非综合征性TAAD有关，并且这些变异具有不完全渗透性和可变表型，使得验证ACTA2变异的病理性通过家族分离研究变得复杂。为了解决这一问题，研究者开发了一种基于酵母的评估系统用以测试潜在TAAD相关的ACTA2变异。 研究作者与来源 本项研究由Cristina Calderan、Ugo Sorrentino、Luca Persano、Eva Trevisson、Geppo Sartori、Leonardo Salviati以及Mar...
人类基因组中普遍存在的独特阴阳单倍型 研究背景 在基因组学的研究中，阴阳单倍型（yin yang haplotypes）指的是在每个位点上均不同的两种单倍型对。此前已有一些独立的报告指出存在独特的阴阳单倍型，但并未进行系统性的搜索。因此，为了更好地理解阴阳单倍型在整个基因组中的分布和形成机制，本研究对整个基因组进行了详细而系统的搜索。 研究来源 本文由David Curtis和William Amos撰写，分别来自UCL Genetics Institute和Department of Zoology, University of Cambridge。本文于2023年6月12日在线发表在European Journal of Human Genetics上。 研究流程 样本获取与准备： - ...
关于宫颈高风险人乳头状瘤病毒（hrHPV）感染的全基因组和多基因风险评分分析 背景介绍 宫颈高风险人乳头状瘤病毒（hrHPV）感染是全球第二大致癌性感染，约占所有感染相关癌症的31.4%（全球220万例癌症中约69万例）。大多数的HPV感染在初次性接触后不久发生，并且超过90%的感染在两年内自行清除。然而，持续存在的HPV感染是引发肛门生殖器和口咽癌的必要但非充分条件。 尽管环境因素（如吸烟、长期使用激素避孕药、HIV共感染等）对HPV感染的持续性和清除有显著影响，但有多项观察表明遗传因素也可能在HPV感染的盛行和持续性中发挥重要作用。然而，目前关于宫颈HPV感染相关的基因变异研究仍较少。 研究来源 该论文署名为：Sally N. Adebamowo, Adebowale Adeyemo, ...
在近年来关于神经发育障碍（Neurodevelopmental Disorders, 简称NDDs）的研究中，科研团队发现了大量与NDDs相关的遗传变异，这些变异从单一核苷酸变异（Single Nucleotide Variants, SNVs）到结构大变化（例如染色体重排）不等。在这样的研究背景下，Edoardo Errichiello、Mauro Lecca、Chiara Vantaggiato等来自意大利帕维亚大学、因苏布里亚大学和其他机构的研究人员对一个特定的遗传因素——Glycosyltransferase-Like Domain Containing 1（GTDc1）基因与特定神经发育障碍之间的关联进行了深入探究。这项研究成果于2024年在《European Journal of...
Kabuki 综合征DNA甲基化分析：谱系KMT2D变异的重分类 背景介绍 Kabuki 综合征 (KS)，是一种因KMT2D基因的杂合不活化变异或结构性重排所致的罕见多先天畸形/神经发育紊乱疾病。尽管KS由于其独特的外表特征而可识别，但由于其临床变异性，诊断仍然具有挑战性。此外，体细胞嵌合体变异在KS中也有所发现，但这些变异的完整谱系特征尚未完全确定。 DNA甲基化(DNAm)分析作为一种工具，已成功用于分类与多种神经发育紊乱疾病相关的基因的变异，包括KS。在本研究中，我们应用了KS特异的DNAm标志对携带KMT2D变异的13位个体进行了分类，并测试了DNAm分析在不同程度的嵌合体中识别致病变异的能力。 文章信息 本研究由Marcello Niceta、Andrea Ciolfi和其他专家...
儿科癌症患者机会性基因组筛查的可行性及其家族接受度研究 研究背景 随着基因组医学的发展与应用，对严重疾病患者的护理正在逐步得到优化。特别是在儿童癌症领域，全基因组系列DNA测试成为了患者管理的重要手段。一项集中于砌石研究的后续工作，考察了机会性基因组筛查(OGS)在此患者群体及其亲属中的医学影响。该研究量化了OGS结果披露后，在一段时间内的行动性及级联测试的接受度。研究指出，在19/595（3.2%）的患者中报告了次要发现，主要与心血管和血脂疾病相关的基因。 研究来源 本研究团队由Sophia Hammer-Hansen 1, Ulrik Stoltze 1,2, Emil Bartels 3,4 等多位专家组成，他们分别代表了丹麦哥本哈根大学医院里希斯比塔莱特的多个部门。该研究于2024年...
人类Polymerase δ校对缺陷隐性效应的发现：通过对POLD1突变正常细胞及癌细胞的突变分析 背景介绍 DNA修复的破坏是导致遗传性癌症的主要机制之一。POLD1和POLE的外显子区域中的杂合致病变异会影响清除酶的校对活性，导致癌症易感综合症，表现为胃肠多发性息肉、结直肠癌、子宫内膜癌等增加风险。目前普遍的解释是，这些清除酶活性的丧失与癌症的发展是通过增加体细胞突变率产生联系。然而，关于这一假设的具体验证仍存在争议，研究者通过分析一个携带POLD1突变家族成员派生的成纤维细胞克隆和亲子间的新生突变来探索这一问题。 论文来源 本研究由Maria A. Andrianova、Vladimir B. Seplyarskiy、Mariona Terradas等人完成，他们来自于Institut...
临床基因检测中偶然发现的评估与报告框架 研究背景 在当前临床实践中，全基因组测序（clinical genome sequencing, CGS）逐渐成为诊断罕见遗传性疾病的重要手段。然而，基因组测序中常常会遇到意外发现（incidental findings, IFs），即与检测目的无关的意外结果。由于缺乏普遍接受的指南来指导IFs的返回，IFs的报告政策参差不齐，缺乏透明度。因此，研究者们开发了一套新的框架，用于指导在CGS过程中遇到的IFs的评估和返回。该框架重点关注IFs的临床意义和可操作性，并提出了分步方法和中止点，以推荐是否返回IFs。 论文来源 本文由Carolyn M. Brown、Laura M. Amendola、Anjana Chandrasekhar等多位研究者共同完...
多特征基因组关联研究的自适应鲁棒方法 摘要： 过去十年间的基因组关联研究(GWAS)已识别出数千种与人类性状或疾病相关的遗传变异。然而，许多性状的遗传度仍未能完全解释。传统的单一性状分析方法过于保守，而多性状方法通过整合多个性状的关联证据来提高统计力。GWAS总结性统计数据通常是公开可获取的，因此只使用总结性统计的方法具有更大的使用前景。为了解决已开发的多性状分析方法中存在的不一致表现、计算效率低、并且在考虑大量性状时出现数字问题，我们提出了一种自适应Fisher方法用于总结性统计的多性状分析(MTAFS)，这是一种计算效率高并且统计力鲁棒的方法。 研究背景： 基因组关联研究(GWAS)在遗传变异与复杂疾病之间的相关性研究中发挥了重要作用。然而，当一个遗传变异与多个性状相关时，采用单一性状分...