通过计算方法提高对PAX6基因错义变异的解释 背景介绍 PAX6基因是一种高度保守的转录因子，在眼睛发育中起着重要作用。PAX6的杂合失功能变异可导致一系列眼科疾病，包括无虹膜症。然而，许多PAX6基因的错义变异目前被分类为不确定意义的变异（VUS），这对分子诊断提出了重大挑战。虽然计算工具可以用来评估基因变异的影响，但其预测的准确性有所不同。在这项研究中，作者们评估和优化了计算预测工具在PAX6错义变异方面的性能。 来源介绍 这篇文章由Nadya S. Andhika、Susmito Biswas、Claire Hardcastle等人完成，来自曼彻斯特大学生物科学学院进化、感染与基因组学研究所，曼彻斯特大学附属NHS基金会信托，欧洲分子生物学实验室（EMBL-EBI）等多个机构。这篇论文...
结构变异检测及在6224个未解决的罕见病外显子中的临床解释 研究背景 罕见病的诊断与研究一直是遗传学和临床医学的重要挑战。结构变异（SVs），包括大片段缺失、重复、倒位、易位以及更复杂的事件，均可能破坏基因功能，导致罕见疾病。然而，目前的外显子测序（ES）在处理小体内变异如单核苷酸变异（SNVs）和短于50个碱基对的插入-缺失（indels）方面的分析流程，对于SVs则尚不成熟。本研究旨在提高诊断率，尤其是通过检测和解释ES数据中的SV来解决尚未诊断出的罕见病病例。 研究来源 本研究由German Demidov, Steven Laurie等人联合完成，涉及来自不同研究机构的专家学者共同努力。文章发表于2024年在《European Journal of Human Genetics》上，...
荷兰药理遗传学工作组抗癫痫药物CYP2C9、HLA-A和HLA-B基因-药物相互作用指南 背景介绍 药理遗传学（Pharmacogenetics, PGx）研究基因变异如何影响个体药物反应，其目的是利用这些知识指导药物选择和剂量，优化药物治疗，预防药物不良反应，达到更安全和更具成本效益的药物治疗效果。尽管药理遗传学在全球医疗领域已有广泛认识，但其在日常临床实践中的应用仍面临挑战。 为了帮助临床医师实施药理遗传学，荷兰皇家药剂师协会（KNMP）于2005年成立了荷兰药理遗传学工作组（DPWG）。DPWG的目标是基于系统文献回顾开发药理遗传学指导剂量推荐，并将这些推荐整合到计算机化的药物处方、分发和自动化药物监控系统中。DPWG指南的双重目的是提供翻译PGx检测结果为预测表型所需的信息，并为在本...
POT1肿瘤易感性研究：更广泛的相关恶性肿瘤谱及附加筛查计划的建议 研究背景 POT1（Protection of Telomeres Protein 1）蛋白是Shelterin端粒结合复合体的重要组成部分，负责调节端粒长度。一些POT1基因的病理性变异（PV）会导致端粒延长、基因组不稳定以及癌症风险增加。POT1肿瘤易感性综合症（POT1-TPD）遗传模式为常染色体显性，且渗透率未知。它与皮肤黑色素瘤、慢性淋巴细胞白血病、血管肉瘤和胶质瘤的风险增加有关。此项研究旨在描述与POT1-TPD相关的更宽广的癌症表型。 研究来源 作者: Marta Baptista Freitas，Laurence Desmyter，Cindy Badoer，Guillaume Smits，Isabelle V...
Noonan综合征患者RAF1:c.770C>T p.(Ser257Leu)变异表型相关性研究报告 学术背景 Noonan综合征（Noonan syndrome, 简称NS）是最常见的RASopathy类疾病之一，这类疾病主要由于RAS蛋白和有丝分裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号转导通路的上调所致。这类疾病的特点包括面部畸形、先天性心脏缺陷（congenital heart defects, CHD）和肥厚型心肌病（hypertrophic cardiomyopathy, HCM）、生长障碍、骨骼和外胚层异常、淋巴系统发育不良、隐睾和神经发育迟缓/智力障碍（intellectual disability, ID）。 在NS患者中，肥厚型心肌病（HCM）是导致发病率和死亡率的主要因素。研究表明...
SLC5A6相关神经病变的诊断与治疗：基因组测序启示 学术背景 在人类疾病的研究和治疗中，基因组学一直占据重要地位。SLC5A6基因编码的钠依赖性多维生素转运体(SMVT)，负责生物素、泛酸和α-硫辛酸的摄取是维持人体多种代谢功能的关键。已有研究表明，SLC5A6的致病性双等位基因突变可导致一系列从系统性代谢紊乱到儿童期起始的外周运动神经病变。这项研究旨在通过基因组测序(GS)技术，诊断和治疗与SLC5A6突变相关的病变，并探究GS在早期诊断中的经济效益。 研究来源 本项研究由Lisa G. Riley及其团队合作完成。团队成员分别来自悉尼儿童医院研究院、悉尼大学医学院、加州大学欧文分校、Manipal高等教育学院等多个研究机构。相关成果发表于《European Journal of Hum...
新科学研究揭示GABRA4基因与神经系统表型的关联 研究背景 近年来，对单基因突变相关的癫痫与发育障碍综合症的研究取得了显著进展。GABAA受体（γ-氨基丁酸A受体，gamma-aminobutyric acid sub-type A receptors，GABAARs）是异质的配体门控阴离子通道，负责抑制性神经传递。GABAARs由19种基因编码的不同亚单位组合而成，形成功能多样的受体亚型。这些受体中的α4亚单位在神经元和胶质细胞中表达，在齿状回及丘脑中表达最为丰富，并且主要存在于突触外，执行基于音调抑制的作用。然而，GABRA4（编码GABAARα4亚单位的基因）在神经发育过程中具体作用的分子机制尚未完全阐明。 早先的研究发现，GABRA4基因的去新突变（de novo variant）...
COQ7缺陷引起线粒体COQ10缺乏症的围产期发作，伴心肌病和胃肠道梗阻 背景介绍 辅酶Q10（CoQ10）是一种脂溶性分子，具有抗氧化性质，是线粒体内在氧化磷酸化过程中传递电子的关键部分。CoQ10缺乏症是一种罕见的线粒体代谢疾病，通常与四种主要临床表现相关联：1) 耐激素性肾病综合征（SRNS）；2) 脑病、肥厚型或扩张型心肌病、乳酸酸中毒和小管病；3) 新生儿心脑病；4) 纯神经系统综合征。COQ系列基因突变是导致CoQ10缺乏症的主要原因之一。 在临床实践中，CoQ10缺乏症的早期识别和诊断至关重要。这不仅因为及早介入（如补充CoQ10）可以改善预后，还因为这些缺陷通常涉及多器官系统，病情复杂。本文作者旨在通过报告一例伴有新型杂合变异的COQ7基因缺陷病例，扩展现有的关于COQ7相关...
Erf基因功能缺失变异与类似Noonan综合征表型的相关性——伴或不伴颅缝早闭 研究背景 ETS转录因子家族的成员，在RAS-MAPK信号传递过程中起着关键作用，这些蛋白负责”早期反应”基因和其他功能相关基因的表达调控。其中，ETS2抑制因子(Erf)是一种负责调控RAS-MAPK信号的转录调节因子。Erf基因的广泛截断变异可与多种不同颅缝早闭的综合征以及极其罕见的Chitayat综合征相关联。研究人员在此发现了一个类似Noonan综合征(NS)的病例，提示Erf基因功能缺失变异与NS表型有关。本研究旨在进一步探索Erf基因功能缺失变异与类似Noonan综合征表型的关系。 研究来源 本文作者团队包括Maria Lisa Dentici、Marcello Niceta等来自罗马Bambino ...
欧洲裔心脏代谢多基因评分在多祖先群体中的有效性 近年来，多基因评分（Polygenic Scores，简称PGS）作为个体遗传风险评估工具受到了广泛关注。然而，大多数现有的PGS是基于对白人欧洲裔人群的基因组全关联研究（Genome-Wide Association Studies，简称GWAS）数据进行的。这导致这些PGS在非欧洲裔人群中的有效性受到质疑。本文旨在评估PGS在不同种族群体中的表现，尤其是南亚裔和非洲加勒比裔人群，以期探讨健康不平等问题。 背景介绍 多基因评分（Polygenic Scores，简称PGS）提供了个体对于某一特定疾病的遗传风险评估。然而，目前绝大多数的PGS是基于从欧洲裔人群的基因组全关联研究（GWAS）中得出的数据。这些特征使得PGS在其他种族群体中的有效性...