ZNF397缺乏引发TET2驱动的谱系可塑性和前列腺癌中的AR靶向治疗耐药性 学术背景及研究动机 现有的研究证据表明，癌细胞的谱系可塑性和表观遗传重新编程允许它们通过采用谱系可塑性来逃避谱系依赖的靶向治疗。然而，这些癌细胞利用表观遗传调控机制获得谱系可塑性和治疗抵抗性背后的机制仍然知之甚少。本文的作者们识别出锌指蛋白397（ZNF397）是一种真正的雄激素受体（AR）共激活子，在维持AR驱动的前列腺癌细胞中的内腔谱系中具有关键作用。ZNF397的缺失促进了癌细胞从AR驱动的内腔谱系向由TET2驱动的谱系可塑状态的转变，最终导致对AR信号抑制疗法的抗药性。令人着迷的是，该研究发现TET2抑制剂可以消除那些ZNF397缺乏肿瘤对AR靶向治疗的耐药性。这些发现揭示了前列腺癌通过表观遗传重塑获得谱系...
CD28共刺激作用通过LCK/CD3ζ/ZAP70信号轴增强CAR-NK细胞的功能 研究背景与目的 嵌合抗原受体（Chimeric Antigen Receptor, CAR）T细胞治疗在治疗某些晚期癌症患者中表现出显著效果。然而，CAR-T细胞疗法存在着诸多限制，例如高成本、制备过程繁琐及细胞因子释放综合征和神经毒性等。因此，研究人员转向探讨替代方法，其中自然杀伤（Natural Killer, NK）细胞作为癌症免疫治疗的热门候选者，因为其可作为现成的细胞免疫疗法且不会引起移植物抗宿主病（Graft-Versus-Host Disease, GVHD）。 在本研究中，科研人员研究了在针对CD70的CAR构建中，采用不同的共刺激分子对NK细胞抗瘤活性的影响，试图找出最有效的共刺激信号域并评...
临床验证无细胞DNA碎片分析方法在提升肺癌早期检测中的应用研究 研究背景 肺癌是全球范围内对男性和女性健康威胁最大的癌症类型之一。美国每年超过12.5万人因肺癌去世，全球范围内则接近180万人。已有研究指出，低剂量计算机断层扫描（LDCT）能显著降低肺癌死亡率，但现实中LDCT的应用非常有限。因此，开发新的、更易为民众所接受的肺癌早期检测方法就显得尤为重要。针对这一需求，研究团队开展了本研究，旨在验证一个基于无细胞DNA（cfDNA）碎片分析的肺癌早期检测方法。 研究来源 该研究由Peter J. Mazzone等人联合多家研究机构完成，研究成果发表在《Cancer Discovery》期刊上。研究团队成员来自美国多个知名医疗和研究机构，如克利夫兰诊所、约翰霍普金斯大学医学院、纽约大学朗格尼...
高通量发现MHC I类和II类限制T细胞表位的新型合成细胞回路 研究背景及问题 近年来，抗原发现技术已经取得了显著进展，特别是针对人类T细胞受体（TCRs）在主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex, MHC）I类限制性识别中的运用。然而，针对MHC II类限制与小鼠TCR活性的研究与技术相对滞后。这种局限性阻碍了多种免疫相关疾病如癌症、传染病和自身免疫疾病的治疗和研究。这篇文章旨在报告一种新型的TCR抗原发现方法，即抗原肽的TCR映射（TCR mapping of Antigenic Peptides, TCR-MAP），以填补这一研究空白。 论文来源 这篇文章由Ayano C. Kohlgruber、Mohammad H. Dezfulian...
空间隔离的巨噬细胞群体预测结肠癌的不同结果 引言 巨噬细胞是组织中的前哨免疫细胞，执行多种功能，包括病原防御、抗原呈递、吞噬死亡细胞以及分泌驱动组织修复的信号。在肿瘤中，巨噬细胞的渗透常常意味着病人预后不良。因此，肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）作为潜在的癌症治疗靶点受到了广泛关注。然而，目前针对TAMs的单一药物（如CSF1通路抑制剂）在对抗实体肿瘤方面显示出极小的疗效，这可能是因为这些疗法忽视了巨噬细胞的异质性。显然，需要更好地理解巨噬细胞的分子和功能多样性，以便合理地在癌症治疗中对巨噬细胞进行靶向治疗并预测临床结果。 论文信息 本文由Magdalena Matusiak等人撰写，来自斯坦福大学病理学系、生物医学信息学研究中心、生物医学数据科学系、生物工程系、微生物学和免疫学系、发育生物学系...
双向表观遗传编辑揭示基因调控的层次结构 背景和研究动机 在人类基因组中，非编码元件如增强子（enhancer）在基因调控中的作用已被广泛认知。然而，目前常用的CRISPR干扰方法在研究非编码元件和遗传相互作用方面仍存在一些局限性。主要是因为传统的CRISPR方法，如CRISPR干扰（CRISPRi）和CRISPR激活（CRISPRa），仅能一次性进行单个位点的编辑。这限制了研究人员对基因调控网络中相互作用的深入理解。因此，本研究致力于开发一种可以双向编辑表观遗传特性的系统，以解决这些问题。 来源和作者信息 这篇题为”Bidirectional Epigenetic Editing Reveals Hierarchies in Gene Regulation”的研究论文，发表于《Nature ...
探讨临床应用的CAR-NKT细胞生成 研究背景 嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法已获得食品和药物管理局（FDA）的批准，用于治疗B细胞恶性肿瘤和多发性骨髓瘤。然而，使用自体CAR-T细胞产品存在高成本、制造时间长、患者获取难度大的问题。尤其是对于疾病进展或接受过前期治疗的患者，可能没有足够的或功能正常的T细胞来生产CAR-T细胞。为了开发“现成的”细胞治疗产品，两种方法正在探索：一种是使用常规的αβT细胞，通过删除内源性TCR表达来减少移植物抗宿主病（GVHD）风险，另一种是使用天生具有低GVHD风险的细胞类型，如巨噬细胞、NK细胞和不变自然杀伤T（iNKT或NKT）细胞。 NKT细胞是一种特殊类型的αβT细胞，其特征在于不变的TCRα链和NK标记物共同表达。由于其识别非多态性CD1d分子，...
AAV-SB-CRISPR筛查肿瘤内浸润的原代自然杀伤细胞揭示CAR-NK疗法的遗传性检查点 随着生物技术和基因编辑技术的飞速发展，对于提高自然杀伤（NK）细胞治疗癌症的临床潜力的研究愈发受到关注。尽管在临床治疗中充满潜力，但NK细胞疗法的成功受到多重限制的制约。在《Nature Biotechnology》上发表的一项最新研究中，研究人员基于原代NK细胞执行了一项体内腺相关病毒（AAV）-睡美人（Sleeping Beauty, SB）-CRISPR筛查，针对四种固态肿瘤小鼠模型的肿瘤浸润NK（TINK）细胞展开研究。与此同时，研究人员对TINK细胞进行了单细胞转录组景观的分析，并鉴定出了之前未曾探究的NK细胞亚群和差异表达的TINK基因。 雷鹏、保罗·A·雷瑙尔、贾科莫·斯费鲁扎、罗家杨...
碱基编辑筛选技术在肿瘤免疫治疗T细胞研究中的应用 免疫细胞疗法，如T细胞转移治疗和CAR T细胞疗法，在某些疾病领域成为临床癌症治疗的重要工具。然而，大部分癌症患者无法从细胞疗法中获益，抗性可能是由于癌细胞内在变化（例如B2M丢失、抗原丢失或CD58丢失或下调）或在免疫抑制性肿瘤微环境中细胞产品的调控。本研究通过基础编辑筛选技术，生成了数千种在已知或潜在临床相关基因位点上的变体，探索了这些变体在T细胞生物标志上的影响，提出利用这些变体改善现有和未来的细胞癌症免疫疗法的可能性。 研究背景 该研究由Zachary H. Walsh、Parin Shah、Neeharika Kothapalli、Shivem B. Shah等人共同完成，他们来自不同的科研机构，具有深厚的科研背景和专业能力。本项研...
转录组学技术跟踪序列(Tracking-Seq)揭示CRISPR-Cas9介导的基因组编辑的脱靶效应异质性 研究背景 随着基因组编辑技术的飞速发展，CRISPR-Cas9系统因其高效率、易操作而被广泛应用于生物医学研究领域。然而，由于CRISPR-Cas9系统进行DNA编辑时可能产生非靶效应，即在意图编辑以外的基因位点发生切割，因此如何对非靶效应进行全面识别和评估已成为科研中的一项重要课题。之前的研究主要采用细胞游离法等方法检测非靶效应，但这些方法往往存在对特定编辑工具或细胞类型的依赖性、需要大量细胞、假阳性率高以及仅限于体外基因组编辑等局限。鉴于此，开发一种通用的、能够在细胞原位直接检测非靶效应的方法显得十分迫切。另一方面，目前的研究也有所忽视编辑工具的靶向异质性，即不同编辑工具在不同细胞...