卵巣癌におけるゲノム不安定性研究の総合報告 背景と研究課題 卵巣癌（Ovarian Cancer）は、致命的な婦人科悪性腫瘍の一つで、近年の研究では標的治療の可能性拡大に注目が集まっています。ポリ（ADP-リボース）ポリメラーゼ（PARP）阻害剤の導入は、卵巣癌治療における画期的な選択肢を提供し、特に相同組換え欠損（HRD: Homologous Recombination Deficiency）患者に有効性を示しています。しかし、HRDの主な要因であるBRCA1およびBRCA2変異（BRCAM）以外にも、どの遺伝子や変異が関与しているかは明確ではありません。また、非BRCAのゲノム不安定性やそのHRD検査および精密治療への影響についても体系的な理解が不足しています。 この課題に応え、Ala...

SIRCLEモデルによる腎臓がんの表現型調節メカニズムの解明 背景情報 腎透明細胞がん（Clear Cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC）は腎がんの中で最も一般的なタイプであり、腎悪性腫瘍の70％を占めます。ccRCCの発症と進行は、腎のエピゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、およびメタボロームの複雑な再構築に密接に関連しています。腫瘍および患者間の異質性のため、薬物治療の成功率は限定的であり、規制関係を抽出し、最終的に標的治療を開発するために多オミクス解析が必要となっています。しかし、表現型調節のメカニズムを明らかにするための多オミクス統合手法は現在のところ不足しています。 この問題を解決するために、Ariane Moraらが開発した「SIRCLE（Si...

Haemophilus influenzaeにおけるアンピシリンおよびセフォタキシム耐性の変異メカニズムの再評価 背景および研究目的 Haemophilus influenzae（インフルエンザ菌）は、機会感染性の細菌病原体であり、特に小児、高齢者および免疫不全の個体において、重篤な呼吸器感染症や侵襲性感染症（菌血症や髄膜炎など）を引き起こすことがあります。近年、β-ラクタマーゼ陰性アンピシリン耐性（BLNAR, β-lactamase-negative ampicillin-resistant）株の増加と、遺伝型と表現型耐性との関連性が明確でないことから、臨床現場での経験的治療および患者管理が困難になっています。 アンピシリンなどのβ-ラクタム系抗生物質はかつてH. influenzae感...

背景 遺伝子組成の偏りに基づく不平等は、特に非ヨーロッパ系の個人において顕著であり、これが原因で多くの診断が不確定または誤診となっています。この問題は、ゲノミクス研究と臨床遺伝子解析がヨーロッパ系個人を主体としてきたことに起因し、多様な背景を持つ個人における遺伝子変異と疾患リスクとの関連データが欠如していることで悪化しています。具体的には、「不確定意義の変異（Variants of Uncertain Significance: VUS）」と分類される遺伝子変異が、非ヨーロッパ系個人でより多く見られる一方、ヨーロッパ系個人では「病原性または潜在的病原性変異（Pathogenic or Likely Pathogenic: P/LP）」に分類される傾向が高いことが示されています。 本研究では、...

流血感染の病原体特定と抗菌薬耐性予測におけるナノポアシーケンシング技術の応用研究 学術的背景 血流感染（Bloodstream Infection, BSI）は、血液培養陽性結果と全身性感染の症状を基に診断される重篤な臨床疾患です。血流感染は細菌、真菌、ウイルスなど複数の病原体によって引き起こされ、全世界的に発生率が増加しています。抗菌薬の広範な使用に伴い、多剤耐性（Multidrug-Resistant, MDR）微生物の出現が問題となり、血流感染の治療はさらに複雑で困難になっています。従来の病原体特定および抗菌薬感受性試験（Antimicrobial Susceptibility Testing, AST）には通常2～5日程度かかり、患者治療の遅延を引き起こす可能性があります。 近年、A...

肺癌脳転移における多オミクス統合解析により代謝の脆弱性が新たな治療標的であることを解明 学術的背景 肺癌は世界的に発症率および死亡率が最も高い癌の一つであり、特に肺癌脳転移（Lung Cancer Brain Metastases、LC-BMs）は肺癌患者によく見られる合併症で予後が極めて悪いです。近年、肺癌の治療技術は進歩しているものの、脳転移をターゲットとした標準治療法は依然として限られており、その効果も十分ではありません。そのため、肺癌脳転移の分子メカニズムおよび腫瘍微小環境を深く理解することは、新規治療戦略の開発にとって極めて重要です。 肺癌脳転移の発生メカニズムは複雑であり、ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオームおよびメタボロームなど複数のレベルでの変化が関与します。近年、多オ...

ゲノム医学におけるCRISPRガイド配列再注釈：EXORCISEアルゴリズムの応用と検証 学術的背景 CRISPR-Cas9技術は、その登場以来、特に遺伝子の必須性や化学-遺伝相互作用の研究において、遺伝子スクリーニング分野を劇的に変化させました。特定の遺伝子を標的とするガイドRNA（guide RNA, gRNA）の設計を通じて、CRISPR-Cas9システムは細胞内で正確な遺伝子ノックアウトを導入でき、遺伝子機能や疾患におけるその役割の理解を進める助けとなります。しかし、CRISPRライブラリーの設計は通常、参照ゲノムに基づいて行われますが、実際に研究対象となる細胞系（特にがん細胞系）はしばしばゲノム変異を持ちます。これにより、CRISPRガイド配列のミスマッチや偏りが生じ、実験結果の正...

長鎖リードシークエンシングによる多剤耐性微生物ゲノム監視研究 学術背景 多剤耐性微生物（Multidrug-Resistant Organisms, MDROs）は、世界的な公衆衛生における重大な脅威です。これらの微生物は複数の抗生物質に耐性を持ち、感染の治療を難しくし、医療負担を増大させています。MDROsの拡散を効果的に監視・制御するためには、その耐性遺伝子、分子型の変化、および伝播経路を正確に特定することが極めて重要です。従来の分子タイピング手法（例：パルスフィールド電気泳動法（Pulsed-Field Gel Electrophoresis, PFGE）、多部位配列タイピング（Multi-Locus Sequence Typing, MLST）など）は、過去には重要な役割を果たしてき...

CD30が胚中心B細胞の動態およびIgG1スイッチ型B細胞の拡大に与える影響 背景紹介 CD30（別名TNFRSF8）は腫瘍壊死因子受容体（TNF-R）スーパーファミリーの一員で、当初はホジキンリンパ腫のマーカーとされていました。しかし、その後の研究で、CD30は他のリンパ腫（たとえばびまん性大細胞型B細胞リンパ腫や原発性滲出性リンパ腫）や活性化されたB細胞およびT細胞の表面にも発現することが明らかになりました。生理的条件下でCD30を発現するB細胞の数は非常に少なく、主に胚中心（GC）または非GC表現型のB細胞に存在し、それらは通常、GCの内部または端に位置します。 CD30はCD30リガンド（CD30-L、別名CD153）との相互作用によって活性化されます。CD30-Lは活性化されたT細...

結核病（Tuberculosis, TB）は、結核菌（Mycobacterium tuberculosis, Mtb）によって引き起こされる重大なグローバルな健康問題であり、毎年数百万人が感染し、多くの命が失われています。医療技術の進展にもかかわらず、Mtbが宿主の免疫システムを回避し、慢性感染を引き起こす能力は、結核病根絶の大きな障壁の一つです。Mtbは特に感染部位へのT細胞の動員を遅延させることで、宿主免疫による排除を回避しています。この遅延は、Mtbが宿主内で生存し慢性感染を確立する主要な戦略とされています。 結核感染の進行中、適応免疫反応は特に重要であり、CD4+ T細胞とCD8+ T細胞が中心的な役割を果たします。CD4+ T細胞はインターフェロン-γ（IFN-γ）を分泌することで...