小鼠卵泡发育中卵母细胞与颗粒细胞间的转录组动力学及细胞对话研究 概述 卵泡的发育与成熟是一个复杂且多阶段的过程。在此过程中，卵母细胞及其周围体细胞的动态基因表达和它们之间的对话起着关键作用。本研究通过精确分类卵母细胞和卵泡发育阶段，并分析小鼠卵母细胞及其周围颗粒细胞和积液细胞的基因表达，揭示了这些细胞在不同发育阶段的转录组变化和细胞间的对话机制。本研究由Wenju Liu、Chuan Chen、Yawei Gao、Xinyu Cui等人完成，作者来自同济大学、南京医科大学等机构，成果发表在2024年的《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》期刊上。 研究背景 卵母细胞起源于原始生殖细胞，并在卵泡内发育。卵母细胞和卵泡的发育是一个多阶段的过程，通常通过卵泡...
综合单细胞多组学HIV潜伏逆转研究揭示病毒再活化的全新调控因子 该篇题为《integrated single-cell multiomic analysis of hiv latency reversal reveals novel regulators of viral reactivation》的论文，由Manickam Ashokkumar、Wenwen Mei等多位研究者共同完成，分别来自于美国北卡罗来纳大学教堂山分校（University of North Carolina at Chapel Hill）和德州农工大学（Texas A&M University）等多家机构，并于2024年6月20日提前发表在《Genomics, Proteomics & Bioinformatics...
全基因组测序揭示中华鲟的自体八倍体及其进化轨迹 背景介绍 中华鲟（Acipenser sinensis），作为鲟鱼亚纲的一员，是一种古老的鱼类群体。由于其独特的基因组结构和经济价值，中华鲟的保护和研究具有重要意义。鲟鱼类被称为“活化石”并且拥有复杂的全基因组重复（Whole-Genome Duplication，WGD）事件，理解其倍性演化能够为鱼类进化研究提供重要洞见。先前的研究表明，鲟鱼类中存在多倍体现象，包括二倍体、四倍体和八倍体。WGD在鱼类进化中非常常见，而中华鲟的基因组则因其复杂的多倍体特性而更具挑战性。本研究通过全基因组测序，揭示了中华鲟的八倍体基因组，并探索了其进化路径。 研究来源 本文的研究由Binzhong Wang、Bin Wu、Xueqing Liu、Yacheng ...
小细胞肺癌的蛋白质组学分型：预后和治疗方案分析 研究背景 小细胞肺癌（Small Cell Lung Cancer, SCLC）是一种高度恶性且异质性强的癌症，其快速生长、早期转移及耐药性使得治疗手段有限，预后预测模型也有待改进。目前已知的基因组分析大多集中在TP53和RB1失活，这两种基因在超过98%的SCLC患者中出现异常。此外，PI3K/AKT/mTOR通路的基因突变也频繁出现。然而，SCLC的有效分型标志物和治疗靶点依然有限。这就导致尽管在过去几十年间进行了许多化疗方案和生物制剂的临床试验，但患者总生存率并未显著改善。当前的5年生存率约为20%-25%（局限期SCLC, LS-SCLC）和1%-2%（广泛期SCLC, ES-SCLC），使得SCLC成为最致命的癌症之一。 早期的细胞系...
基因集合评分工具对单细胞ATAC-seq数据的基准测试 作者： Xi Wang, Qiwei Lian, Haoyu Dong, Shuo Xu, Yaru Su, Xiaohui Wu 单位： Pasteurien College（苏州大学苏州医学院），厦门大学自动化系，福州大学数学与计算机科学学院 通讯作者： xhwu@suda.edu.cn 期刊： 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 发布日期： 2024年2月9日（在线公布） 导论 转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）是一种强大且常用的表观基因组技术，通过测序分析全基因组范围内的染色质可及性。近来，单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）技术使得研究单细胞中的染色质可及性成为可能，...
猴痘病毒蛋白序列和密码子使用的分子进化 研究背景 2022年的猴痘病毒（Monkeypox virus, MPXV）疫情引发了全球公共卫生的巨大关注。然而，猴痘病毒的进化机制仍未被完全了解。猴痘病毒是一种线性双链DNA病毒，属于痘病毒科Poxviridae，弦状痘病毒亚科Chordopoxvirinae和正痘病毒属Orthopoxvirus。其基因组约为197 kb，编码约200个基因。猴痘病毒可以感染多种动物，包括人类、非人灵长类和啮齿动物。与天花病毒（Variola virus, VARV）和牛痘病毒（Vaccinia virus, VACV）类似，猴痘病毒也能导致人类疾病和死亡。 猴痘病毒最早于1958年在丹麦的一个动物设施中被发现，1970年首次在刚果民主共和国的人类病例中分离出来。...
多组学数据显示丁酸钠对链霉菌基因表达和蛋白质修饰的影响 学术背景 链霉菌因其具有丰富的基因簇和生产大量天然产物的潜力而受到广泛关注。组蛋白去乙酰化酶（HDAC）抑制剂在真菌的组蛋白修饰中扮演着重要角色，但其在原核生物中的作用却知之甚少。尤其在链霉菌中，这些抑制剂是否可以影响次生代谢物的生物合成仍是一个值得研究的问题。现代生物信息学的发展使得从链霉菌中发现了大量的抗生素生物合成基因簇（BGCs），但在实验室培养条件下，这些基因簇大多数处于沉默状态，无法表达出多样的生物活性产物。因此，激活这些沉默的 BGCs 是开发新型生物活性化合物的重要策略。 论文来源 本研究由中国科学院微生物研究所刘双江和谭华荣等教授团队撰写，文章于2022年9月2日发表于《Genomics Proteomics & Bi...
癌症是全球关注的重要公共健康问题，其复杂的病理过程和多样的表现形式一直是研究的热点。许多研究已表明，酸碱平衡失调在癌症的发生和发展中起关键作用，但背后的机制尚未完全明了。在这篇题为《Acid–base homeostasis and implications to the phenotypic behaviors of cancer》的研究中，作者从系统生物学的角度出发，探讨了酸碱平衡与癌症表型行为之间的关系。 研究背景 酸碱平衡（acid-base homeostasis）是所有活细胞维持正常生理功能的重要特性。如果细胞内的pH值（简称phi）和细胞外的pH值（简称phe）长期失调，将会引发各种疾病。在这项研究中，作者旨在通过计算模型及转录组数据分析，解释癌症组织细胞内的pH值为何会呈碱性...
Grepore-seq：一种通过长范围PCR和纳米孔测序检测基因编辑后变化的稳健工作流程 研究背景 CRISPR/Cas9系统作为一种RNA指导的DNA内切酶系统，在基因组编辑中得到了广泛的应用。随着其在临床治疗中潜力的不断增加，全面评估基因编辑结果变得尤为重要。然而，目前缺乏一种大规模、经济高效且具有流水线性质的方法来检测基因编辑的结果，特别是插入或缺失大片段的情况。研究表明，CRISPR/Cas9编辑后可能出现非目标效果，如大片段删除和复杂的基因组重排，这对其临床应用提出了挑战。 研究目的和创新 为了解决上述问题，本研究引入了一种新型处理流程“grepore-seq”，其结合了长范围PCR和纳米孔测序，以高效且准确地检测CRISPR/Cas9编辑后的多种基因变化。由于Oxford Nan...
高保真度和不同基因编辑结果的SaCas9与SpCas9比较 研究背景 基于Cas9蛋白的CRISPR系统已经成为基因组编辑的强大工具，并在基础研究和临床基因治疗中得到广泛应用。当前，最常用的Cas9变体是来自化脓链球菌（Streptococcus pyogenes）的SpCas9和来自金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）的SaCas9。尽管这两种Cas9蛋白在许多研究中得到了广泛验证，但具体的基因编辑效果比较仍然缺乏系统性研究。因此本文旨在系统比较SpCas9和SaCas9在基因编辑中的效率和精确度，并探讨其在不同剪切长度下的编辑性能。 研究来源 本文由来自中国医学科学院血液学研究所等几个研究机构的研究者们撰写，包括Zhi-Xue Yang、Ya-Wen Fu、Jia...