ヒトゲノムに広く存在するユニークな陰陽ハプロタイプ 研究背景 ゲノミクス研究において、陰陽ハプロタイプ（yin yang haplotypes）とは、各位置で異なる2種類のハプロタイプのペアを指します。これまでにユニークな陰陽ハプロタイプの存在が個別に報告されていましたが、系統的な探索は行われていませんでした。そのため、陰陽ハプロタイプのゲノム全体における分布と形成メカニズムをより良く理解するために、本研究ではゲノム全体にわたる詳細かつ系統的な探索を行いました。 研究ソース 本論文はDavid CurtisとWilliam Amosによって執筆され、それぞれUCL Genetics InstituteとDepartment of Zoology, University of Cambridg...
子宮頸高リスクヒトパピローマウイルス（hrHPV）感染に関する全ゲノムおよび多遺伝子リスクスコア分析について 背景紹介 子宮頸高リスクヒトパピローマウイルス（hrHPV）感染は、世界で2番目に大きながん原性感染であり、感染関連のがんの全体の約31.4％（世界の220万例のがんのうち約69万例）を占めています。HPV感染のほとんどは初めての性的接触後すぐに発生し、90％以上の感染は2年以内に自然に消失します。しかし、持続的なHPV感染は肛門生殖器および口腔咽頭がんを引き起こす必要条件ですが、十分条件ではありません。 環境要因（喫煙、長期的なホルモン避妊薬の使用、HIV共感染など）がHPV感染の持続性と消失に著しい影響を与えることが知られていますが、遺伝的要因もHPV感染の蔓延と持続性に重要な役...
近年の神経発達障害（Neurodevelopmental Disorders、略称NDDs）に関する研究において、研究チームは単一ヌクレオチド変異（Single Nucleotide Variants、SNVs）から構造的大変化（例えば染色体再配列）までの幅広いNDDsに関連する遺伝的変異を多数発見しました。このような研究背景の下、イタリアのパヴィア大学、インスブリア大学、その他の機関からEdoardo Errichiello、Mauro Lecca、Chiara Vantaggiatoらの研究者が、特定の遺伝的要因であるGlycosyltransferase-Like Domain Containing 1（GTDc1）遺伝子と特定の神経発達障害との関連について詳細な調査を行いました。この...
Kabuki症候群のDNAメチル化分析：系統的KMT2D変異の再分類 背景紹介 Kabuki症候群（KS）は、KMT2D遺伝子のヘテロ接合性不活性化変異または構造的再配列によって引き起こされる稀な多発先天奇形/神経発達障害疾患です。KSはその特徴的な外見により認識可能ですが、臨床的な変異性のため、診断には依然として課題があります。さらに、体細胞モザイク変異もKSで発見されていますが、これらの変異の完全な系統的特徴はまだ十分に確立されていません。 DNAメチル化（DNAm）分析は、KSを含む多くの神経発達障害疾患に関連する遺伝子の変異を分類するためのツールとして成功裏に使用されてきました。本研究では、KS特異的DNAmマーカーを適用して、KMT2D変異を持つ13人の個人を分類し、さまざまな程度...
小児がん患者における機会的ゲノムスクリーニングの実行可能性とその家族の受容性に関する研究 研究背景 ゲノム医学の発展と応用に伴い、重症疾患患者のケアが徐々に最適化されています。特に小児がん分野では、全ゲノムシーケンスDNA検査が患者管理の重要な手段となっています。砌石研究に焦点を当てたフォローアップ研究では、この患者群とその親族における機会的ゲノムスクリーニング（OGS）の医学的影響を検討しました。この研究では、OGS結果の開示後、一定期間内の行動性とカスケード検査の受容性を定量化しました。研究では、595人中19人（3.2％）の患者で副次的所見が報告され、主に心血管系および脂質代謝疾患関連遺伝子に関連していました。 研究源 本研究チームは、Sophia Hammer-Hansen 1、Ul...
ヒトポリメラーゼδの校正欠陥の潜在的効果の発見：POLD1変異を持つ正常細胞および癌細胞の変異解析を通じて 背景紹介 DNAの修復の破壊は、遺伝性がんを引き起こす主要なメカニズムの1つです。POLD1とPOLEのエクソン領域における heterozygous な病原性変異は、エキソヌクレアーゼの校正活性に影響を与え、がん易罹患性症候群を引き起こし、胃腸の多発性ポリープ、大腸がん、子宮内膜がんなどのリスク増加として現れます。現在の一般的な説明では、これらのエキソヌクレアーゼ活性の喪失とがんの発展は、体細胞変異率の増加を通じて関連しているとされています。しかし、この仮説の具体的な検証については依然として議論があり、研究者らはPOLD1変異を持つ家族のメンバーから派生した線維芽細胞クローンと親子間...
臨床遺伝子検査における偶発的所見の評価と報告のフレームワーク 研究背景 現在の臨床実践において、全ゲノムシーケンシング（clinical genome sequencing, CGS）は稀少な遺伝性疾患の診断における重要な手段となりつつあります。しかし、ゲノムシーケンシングでは、検査目的とは無関係な予期せぬ結果である偶発的所見（incidental findings, IFs）がしばしば発生します。IFsの返却を指導する一般的に受け入れられたガイドラインが不足しているため、IFsの報告方針はまちまちで透明性に欠けています。そのため、研究者たちはCGSプロセスで遭遇するIFsの評価と返却を指導するための新しいフレームワークを開発しました。このフレームワークはIFsの臨床的意義と実行可能性に焦点...
複数特徴のゲノムワイド関連解析のための適応的ロバスト手法 要約： 過去10年間のゲノムワイド関連解析(GWAS)により、ヒトの形質や疾患に関連する数千の遺伝的変異が同定されてきました。しかし、多くの形質の遺伝率はまだ完全に説明されていません。従来の単一形質分析手法は保守的すぎるため、複数形質手法は複数の形質の関連性の証拠を統合することで統計的検出力を向上させます。GWAS要約統計は通常公開されているため、要約統計のみを使用する手法がより広く適用可能です。既存の複数形質分析手法における一貫性のない性能、計算効率の低さ、多数の形質を考慮する際の数値的問題に対処するため、我々は要約統計を用いた複数形質分析のための適応的Fisher法(MTAFS)を提案しました。これは計算効率が高く、統計的検出力が...
ADNPの変異によって引き起こされるHelsmoortel-Van der Aa症候群（HVDAS）の研究に基づき、D’Incalらは「European Journal of Human Genetics」誌に詳細な研究論文を発表しました。5歳の女児の症例研究を通じて、研究チームはADNPの最初のコーディングエクソンのスプライス受容体部位に3塩基対の欠失を発見しました。この研究はHVDASの病因学的理解を大きく前進させ、これまでの遺伝子コーディング領域に焦点を当てたエクソンシーケンシング技術が一部のケースで診断に失敗した理由を示しました。 研究課題の設定は、ADNP蛋白質が脳の発達過程における重要な因子であるという中核的な概念に基づいていますが、ADNP遺伝子の変異によって引き起こされる様々...
遺伝性聴覚障害における遺伝子の多様性：繊毛タンパク質TOGARAM2の潜在的役割 背景 聴覚障害（Hearing Loss, HL）は多様な原因を持つ特徴であり、現在の研究では200以上の遺伝子における病原性変異がHLに関連していることが明らかになっています。広範な研究にもかかわらず、3分の1以上の家族で原因を特定できていないことが、遺伝子分析に大きな課題をもたらしており、特に多遺伝子家族で顕著です。複数の異なる遺伝子変異が、同じ家系の異なる個人でも異なる原因をもたらす可能性があります。したがって、より多くの潜在的な難聴の原因変異を見つけることが極めて重要です。 論文の出典 この研究はMemoona Ramzan、Mohammad Faraz Zafeer、Clemer Abad、Sheng...