用于研究肿瘤微环境复杂性的长期化模型：患者来源的迷你结肠 背景介绍： 肿瘤与其周围微环境的相互作用对癌症的发展和治疗具有深远的影响。然而，现有的体外肿瘤模型缺乏捕捉这些复杂交互作用的能力。为解决这一问题，该研究创新性地开发了一种基于患者特定癌细胞和其微环境的迷你结肠模型，为癌症治疗提供了一个新的实验平台。 研究团队与出版信息： 这项研究由L. Francisco Lorenzo-Martin等人领导，来自瑞士洛桑联邦理工学院(EPFL)干细胞生物工程实验室等多个科研机构共同完成。研究成果发表在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上。 研究流程： 研究目的与设计：为了克服现有模型的局限性，本研究旨在开发一种能够长期稳定模型化肿瘤与微环境复杂性的系统。研究聚焦于结直肠癌...
在复杂微生物组中使用基因排列分析进行菌株追踪揭示物种特定的进化模式 背景介绍 微生物种群通过单核苷酸突变和结构变化（如重组、插入和缺失）分化为不同的菌株。大多数菌株比较方法主要量化单核苷酸多态性（SNPs）的差异，而忽视了结构变化。然而，重组是许多物种（包括人类病原体）表型多样化的重要驱动因素。本文介绍了一种名为SynTracker的工具，该工具使用基因排列（基因组中同源区域的序列块顺序）来比较微生物菌株。基因排列是一种尚未被现有菌株比较工具充分利用的丰富的基因组信息来源。SynTracker对SNP敏感度低，无需数据库，且对测序错误具有鲁棒性。它在追踪元基因组数据中的菌株时优于现有工具，特别适用于噬菌体、质粒及其他数据有限的情境。应用于单物种数据集和人类肠道元基因组时，SynTracker...
基于群体资源的单样本肿瘤亚克隆重构算法 背景介绍 癌症的进化过程和肿瘤的基因异质性是现代肿瘤学研究的重要领域。肿瘤从正常细胞进化而来，通过获得体细胞突变逐步发展。这些突变受细胞染色质结构和内源性及外源性诱变压力的影响，以概率的方式发生。如果特定的突变为细胞提供了选择优势，其后代细胞可以在其局部环境中扩展。经过多年的积累，最终形成带有多种癌症标志的细胞群体，即克隆。不同的肿瘤细胞亚群（亚克隆）可以通过漂移或选择压力在整个细胞群体中出现。这种进化特征对临床具有重要意义，基因异质性与较差的预后、更多的突变和耐药性有关。因此，理解和量化肿瘤的进化过程对于癌症治疗和预后评估至关重要。 肿瘤亚克隆重构是一种常见的方法，通过利用体细胞单核苷酸变异（SNVs）和拷贝数异常（CNAs）的等位基因频率来量化肿瘤...
本研究发表在 Nature Biotechnology 杂志，doi为10.1038/s41587-024-02267-3。本文的通讯作者是来自华东理工大学的陈海宏、王耀宏等，发表日期为2024年4月26日。文章研究了通过代谢工程和生物催化进行高产叶绿素的生产。 研究背景 叶绿素及其衍生物在医学、食品、能源和材料领域具有广泛应用，但高效生产这些化合物面临巨大挑战。研究人员利用紫色非硫光合细菌 Rhodobacter sphaeroides 作为有效的细胞工厂，并通过酶催化结合代谢工程来生产叶绿素化合物。 研究过程 流程设计 研究流程包括基因编辑、发酵促进、代谢调节与酶催化等步骤。 基因编辑 研究团队通过基因组范围的CRISPRi筛选在 R. sphaeroides 中发现目标基因heMN，这...
中枢神经系统（CNS）自身免疫性疾病，如视神经脊髓炎谱系疾病（NMOSD），是一种以视神经炎和脊髓炎复发为特征的炎症性自身免疫脱髓鞘疾病。尽管在NMOSD的治疗方面取得了重大进展，但仍有部分患者对现有疗法反应不佳，病情反复且难以治愈。这可能是因为当前的治疗方法未能有效针对CNS内在的免疫失调。抗水通道蛋白4（AQP4）免疫球蛋白G（IgG）通过多种途径引发CNS脱髓鞘损伤，包括抗体依赖性细胞介导的细胞毒性和补体依赖性细胞毒性。 嵌合抗原受体（CAR）T细胞治疗在长期控制血液癌症方面显示出潜力，并在某些难治性自身免疫疾病的治疗中初步显示了疗效。然而，CAR T细胞在自身免疫疾病中的作用机制尚不清楚。本文研究旨在通过对接受抗B细胞成熟抗原（BCMA）CAR T细胞治疗的NMOSD患者进行单细胞多...
氧化磷酸化调节B细胞效应细胞因子并促进多发性硬化中的炎症反应 背景介绍 近年来，B细胞在健康和疾病状态下的抗体独立功能已成为研究热点，尤其是其分泌不同细胞因子的能力，这些因子可以激活或下调局部免疫反应。研究表明，B细胞细胞因子失调是多种免疫介导疾病的病因之一，包括多发性硬化症（Multiple Sclerosis，MS）。然而，目前对B细胞细胞因子表达调控机制的了解仍然有限。本文探讨了促炎性（如GM-CSF表达）和抗炎性（如IL-10表达）B细胞细胞因子的分泌如何被调控，特别是氧化磷酸化（Oxidative Phosphorylation，OxPhos）在其中的作用。 研究来源 这项研究由Rui Li及其团队完成，作者分别来自宾夕法尼亚大学、福建医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学等机构，研...
核苷碱基加成物结合MR1并刺激MR1限制性T细胞 摘要 本文概述了Vacchini等人关于MR1限制性T细胞（MR1T细胞）的最新研究成果，该研究发现了核糖核酸碱基加成物作为MR1T细胞抗原的存在，并揭示了它们在肿瘤细胞中的代谢路径和生理功能。研究成果对于理解MR1T细胞在生理和病理条件下的作用及其治疗潜力具有重要意义。 研究背景 MR1T细胞是一种新发现的T细胞亚群，它们能够识别由MR1分子呈递的自体抗原，而不依赖于微生物感染。当前，MR1T细胞的自体抗原性质尚未明确，这阻碍了我们对其生理作用和治疗潜力的理解。本研究通过结合基因、药理学和生化方法，揭示了MR1T细胞如何监测目标细胞中的代谢变化，为MR1T细胞的功能性研究提供了重要线索。 论文信息 本研究发表于2024年5月10日的《Sci...
TREM2缺陷重塑肠道巨噬细胞与微生物群 以增强抗PD-1肿瘤免疫治疗 华盛顿大学医学院的研究团队，由Blanda Di Luccia等多名科学家领衔，日前在《Science Immunology》杂志上发表了一项研究论文，揭示了肠道微生物群及肿瘤相关巨噬细胞如何影响抗PD-1免疫检查点阻断治疗的研究成果。研究证实，通过阻断或删除巨噬细胞上的触发性受体TREM2，能够增强机体抗肿瘤T细胞应答，并揭示了TREM2缺陷小鼠在抗PD-1治疗后，肠道巨噬细胞向促炎状态的转变，及肠道微生物群中鲁米诺考古菌（Ruminococcus gnavus）的扩展。 研究背景 免疫检查点抑制剂（CPIs）通过阻断PD-1、PD-L1和CTLA-4等蛋白质已在治疗多种癌症中取得成功，但尚有相当数量的患者未能持久响应...
免疫球蛋白超家族配体 B7H6 使 T 细胞反应受 NK 细胞监视 背景介绍 在免疫学领域中，理解调控 T 细胞免疫的机制对于开发针对 T 细胞功能失调相关疾病（如自身免疫性疾病、慢性感染和癌症）的有效疗法至关重要。T 细胞在病毒感染、肿瘤和自身免疫中介导特异性免疫反应，并在抗原识别后经历严格调控的扩增和持久性。抑制性免疫细胞（如 T 调节细胞和某些髓系细胞）可以上调检查点分子或抑制性细胞因子，从而减弱 T 细胞反应以维持体内稳态和自我耐受。然而，T 细胞激活的失调会导致 T 细胞驱动的自身免疫或对肿瘤的无效免疫反应。 研究来源 这篇研究文章由 Michael Kilian、Mirco J. Friedrich、Kevin Hai-Ning Lu 等多位研究人员共同撰写，他们分别来自德国癌症...
研究助力免疫神经炎症治疗的重大突破 背景介绍 类固醇抵抗性是许多炎症性疾病治疗中的重大挑战，特别是自体免疫神经炎症（autoimmune neuroinflammation）。在这些疾病中，TH17 细胞（T helper 17 cells）被广泛认为是导致类固醇抵抗的重要因素；然而，其背后的机制仍未被完全理解。目前的研究集中在实验性自身免疫性脑脊髓炎（Experimental Autoimmune Encephalomyelitis, EAE）动物模型中，该模型被广泛用于研究中枢神经系统（CNS）炎症的免疫病理机制。本文研究的核心问题在于：IL-1β和STAT5信号通路是否是TH17细胞介导的类固醇抵抗的重要机制，并探讨这种机制的治疗意义。 研究来源 这篇论文由William A. Mil...