研究背景 严重的酒精相关性肝炎（ALD）是酒精相关性肝病（AALD）的一种致命形式，ALD的病程通常伴随着肝脏中性粒细胞浸润，这一过程显著影响病情的严重程度。然而，酒精对中性粒细胞功能的具体影响仍然不甚明了。基于此，确定能够减轻中性粒细胞介导的肝脏损伤的治疗目标是极其重要的。布鲁顿酪氨酸激酶（BTK）在中性粒细胞的发育和功能中发挥关键作用，但其在ALD中的角色尚未被探明。 论文来源 这篇论文由Prashanth Thevkar Nagesh、Yeonhee Cho、Yuan Zhuang、Mrigya Babuta等作者撰写，来自Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Boston, MA, USA。论文发表...
Alzheimer’s病中基于CRISPR-Cas的表观基因组编辑：通过光诱导蛋白质递送系统优化的工程外泌体 背景介绍 阿尔茨海默病（Alzheimer’s Disease, AD）是一种常见的神经退行性疾病，特征是认知功能和记忆力逐渐下降，而目前对该疾病的治疗方法仍然有限。基因组编辑技术，如CRISPR-Cas9，和表观基因组编辑技术在治疗各种疾病中展示出巨大的潜力。然而，将这些功能性蛋白质高效地递送到细胞内部一直是一个巨大的挑战。外泌体是由细胞自然分泌的纳米级囊泡，可以作为递送治疗性生物分子的载体，具有稳定性、高生物相容性和低免疫原性等优势。 研究来源 本文发表在2024年8月7日的《Science Translational Medicine》上，题为“Engineered Exoso...
基于人工智能软件提升计算机断层扫描中肺结节测量精度的潜在改进对临床实践的影响——模拟研究 背景介绍 肺结节的准确测量对肺癌的检测和管理至关重要。结节尺寸是现有指南中风险分类的主要依据。然而，不同医生手动测量的结果可能存在很大差异。本研究探讨了人工智能（AI）辅助软件在肺结节测量中的潜在改进，以及其与手动测量相比对临床管理的影响。 肺结节是胸部计算机断层扫描（CT）中常见的发现，约95%的肺结节是良性的，但其余的可能是癌性的，需采取进一步行动。肺结节的大小和生长速度与其恶性风险有很强的相关性，因此准确测量肺结节的大小和生长速度是当前肺结节及肺癌诊断和管理路径中的关键要素。 文章来源 本文由Mubarak Patel（MSc）、Peter Auguste（PhD）、Jason Madan（PhD...
自蒸馏的掩码图像transformer在纵向MRI中的潜力——自动分割颈部淋巴结转移 报告介绍 在肿瘤放疗中，自动分割技术承诺提升速度并降低手工分割带来的读者间差异。在放射肿瘤学临床实践中，精确快速的肿瘤分割对于患者的个性化治疗至关重要。Ramesh Paudyal等来自Memorial Sloan Kettering Cancer Center的研究人员开展了这一项研究，旨在实现并评估“屏蔽图像变压器”（masked image modeling using vision transformers，即SMIT）算法在口咽部鳞状细胞癌患者的纵向T2加权MRI图像中的颈部淋巴结转移的自动分割精度。 这篇论文发表在《BJR|Artificial Intelligence》2024年第1期。这项研...
胰岛素受体重新激活能恢复早期缺乏Lepr的小鼠脑功能 背景介绍 肥胖是由过量脂肪积累引起的慢性疾病，影响了身体和大脑的健康。胰岛素受体（Leptin receptor, Lepr）的缺乏被认为是肥胖发病机制中的一个重要因素。胰岛素在多个神经过程和关键发育环节中起着重要作用。之前的研究表明，幼年时期的胰岛素缺乏会导致青年小鼠的永久性发育问题，如能量稳态失衡、黑皮质素系统和生殖系统的改变以及脑质量的减少。在人体研究中，肥胖与脑萎缩和认知损伤相关，因此有必要确定幼年时期的胰岛素缺乏对大脑结构和记忆功能的长期影响。 研究来源 此篇论文由Caroline Fernandes等一众科研人员撰写，主要来自Federal University of Rio de Janeiro、Queen’s Univer...
小鼠卵泡发育中卵母细胞与颗粒细胞间的转录组动力学及细胞对话研究 概述 卵泡的发育与成熟是一个复杂且多阶段的过程。在此过程中，卵母细胞及其周围体细胞的动态基因表达和它们之间的对话起着关键作用。本研究通过精确分类卵母细胞和卵泡发育阶段，并分析小鼠卵母细胞及其周围颗粒细胞和积液细胞的基因表达，揭示了这些细胞在不同发育阶段的转录组变化和细胞间的对话机制。本研究由Wenju Liu、Chuan Chen、Yawei Gao、Xinyu Cui等人完成，作者来自同济大学、南京医科大学等机构，成果发表在2024年的《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》期刊上。 研究背景 卵母细胞起源于原始生殖细胞，并在卵泡内发育。卵母细胞和卵泡的发育是一个多阶段的过程，通常通过卵泡...
综合单细胞多组学HIV潜伏逆转研究揭示病毒再活化的全新调控因子 该篇题为《integrated single-cell multiomic analysis of hiv latency reversal reveals novel regulators of viral reactivation》的论文，由Manickam Ashokkumar、Wenwen Mei等多位研究者共同完成，分别来自于美国北卡罗来纳大学教堂山分校（University of North Carolina at Chapel Hill）和德州农工大学（Texas A&M University）等多家机构，并于2024年6月20日提前发表在《Genomics, Proteomics & Bioinformatics...
全基因组测序揭示中华鲟的自体八倍体及其进化轨迹 背景介绍 中华鲟（Acipenser sinensis），作为鲟鱼亚纲的一员，是一种古老的鱼类群体。由于其独特的基因组结构和经济价值，中华鲟的保护和研究具有重要意义。鲟鱼类被称为“活化石”并且拥有复杂的全基因组重复（Whole-Genome Duplication，WGD）事件，理解其倍性演化能够为鱼类进化研究提供重要洞见。先前的研究表明，鲟鱼类中存在多倍体现象，包括二倍体、四倍体和八倍体。WGD在鱼类进化中非常常见，而中华鲟的基因组则因其复杂的多倍体特性而更具挑战性。本研究通过全基因组测序，揭示了中华鲟的八倍体基因组，并探索了其进化路径。 研究来源 本文的研究由Binzhong Wang、Bin Wu、Xueqing Liu、Yacheng ...
小细胞肺癌的蛋白质组学分型：预后和治疗方案分析 研究背景 小细胞肺癌（Small Cell Lung Cancer, SCLC）是一种高度恶性且异质性强的癌症，其快速生长、早期转移及耐药性使得治疗手段有限，预后预测模型也有待改进。目前已知的基因组分析大多集中在TP53和RB1失活，这两种基因在超过98%的SCLC患者中出现异常。此外，PI3K/AKT/mTOR通路的基因突变也频繁出现。然而，SCLC的有效分型标志物和治疗靶点依然有限。这就导致尽管在过去几十年间进行了许多化疗方案和生物制剂的临床试验，但患者总生存率并未显著改善。当前的5年生存率约为20%-25%（局限期SCLC, LS-SCLC）和1%-2%（广泛期SCLC, ES-SCLC），使得SCLC成为最致命的癌症之一。 早期的细胞系...
基因集合评分工具对单细胞ATAC-seq数据的基准测试 作者： Xi Wang, Qiwei Lian, Haoyu Dong, Shuo Xu, Yaru Su, Xiaohui Wu 单位： Pasteurien College（苏州大学苏州医学院），厦门大学自动化系，福州大学数学与计算机科学学院 通讯作者： xhwu@suda.edu.cn 期刊： 《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》 发布日期： 2024年2月9日（在线公布） 导论 转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）是一种强大且常用的表观基因组技术，通过测序分析全基因组范围内的染色质可及性。近来，单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）技术使得研究单细胞中的染色质可及性成为可能，...