多特征基因组关联研究的自适应鲁棒方法 摘要： 过去十年间的基因组关联研究(GWAS)已识别出数千种与人类性状或疾病相关的遗传变异。然而，许多性状的遗传度仍未能完全解释。传统的单一性状分析方法过于保守，而多性状方法通过整合多个性状的关联证据来提高统计力。GWAS总结性统计数据通常是公开可获取的，因此只使用总结性统计的方法具有更大的使用前景。为了解决已开发的多性状分析方法中存在的不一致表现、计算效率低、并且在考虑大量性状时出现数字问题，我们提出了一种自适应Fisher方法用于总结性统计的多性状分析(MTAFS)，这是一种计算效率高并且统计力鲁棒的方法。 研究背景： 基因组关联研究(GWAS)在遗传变异与复杂疾病之间的相关性研究中发挥了重要作用。然而，当一个遗传变异与多个性状相关时，采用单一性状分...
在对由ADNP基因变异引起的Helsmoortel-Van der Aa综合征（HVDAS）进行研究的基础上，D’Incal等人在《European Journal of Human Genetics》杂志上发表了一篇深入的研究论文。通过对一个五岁女孩的病例研究，该团队发现了ADNP第一个编码外显子的剪接受体位点的三碱基对缺失。该研究极大地推进了我们对HVDAS的病因学理解，并展示了以往针对基因编码区的外显子测序技术在某些情况下诊断失败的原因。 研究课题的设置基于一个核心观念，即ADNP蛋白是大脑发育过程中的关键因子，但各种由于ADNP基因变异导致的蛋白功能损失在病理层面上如何作用尚不明确。ADNP基因变异通常与自闭症、智力障碍、发育迟缓等症状相关，因此其功能丧失或变异蛋白的潜在作用对疾病的...
遗传性听力损失中的基因多样性：KINOCILIARY蛋白TOGARAM2的潜在作用 背景介绍 听力损失（Hearing Loss, HL）是一种病因众多的特征，目前研究已经发现超过200个基因中的致病变异与HL相关。尽管已有广泛研究，但超过三分之一的家族中仍无法找到致病原因，这给基因分析带来了极大的挑战，在多基因家族中尤其明显。多个不同基因变异可能导致不同个体，即使是同一个家系中的各成员，各自的致病原因也不尽相同。因此，寻找更多潜在的耳聋致病变异至关重要。 论文来源 本文研究由Memoona Ramzan、Mohammad Faraz Zafeer、Clemer Abad、Shengru Guo等学者完成，研究所属机构分别包括美国迈阿密大学、德国Göttingen大学等。论文发表在2024年...
识别Mowat-Wilson综合征的DNA甲基化特征 背景介绍 Mowat-Wilson综合征（MOWS）是一种罕见的神经发育障碍，由ZEB2基因的杂合性缺失或功能丧失突变引起。该基因编码一种转录因子，参与神经发育。患有MOWS的个体常表现出中度到重度的全球发育延迟、智力障碍、癫痫和典型的面部表型。此外，还可能存在短身材、Hirschsprung病、大脑和心脏异常等。然而，该综合征的罕见性和表型多样性使得其在新生儿期的诊断更具挑战性。为了解决这一问题，科研人员开展了研究，旨在通过识别一种新的诊断生物标志物来简化MOWS的诊断过程。 论文来源 这项研究由Stefano Giuseppe Caraffi、Liselot van der Laan、Kathleen Rooney等科研人员共同完成，...
林奇综合症诊断路径分析 导言 林奇综合症（Lynch Syndrome, LS）是一种遗传性癌症易感综合症病，主要导致结直肠癌（Colorectal Cancer, CRC）和子宫内膜癌以及其他多种癌症的发生。尽管林奇综合症在癌症患者中的发病率和对公共健康的重要性逐渐被认可，但其实际诊断率极低，据估计超过95%的林奇综合症患者仍未被正确诊断。然而，2017年，英国国家卫生服务体系（NHS）发布了新的指导方针，建议所有的结直肠癌病例都应进行DNA错配修复缺陷（Mismatch Repair Deficiency, dMMR）测试，以更好地识别这些患者并改善其预后。 研究背景 本研究由Fiona E. McRonald、Joanna Pethick、Francesco Santaniello等研...
TBC1D2B基因缺失导致的逐步加重的神经系统疾病伴牙龈增生 背景介绍 近年来，随着基因组学技术的迅猛发展，科学家们对遗传变异与人类疾病之间关系的认识越来越深入。目前，越来越多的研究揭示了这些遗传变异在神经发育和神经退行性病变中的重要作用。TBC1D2B基因属于Tre2-Bub2-Cdc16 (TBC) 结构域包含Rab特异性GTPase激活蛋白（TBC/RabGAPs）家族。以前的研究已经将TBC1D2B基因的双等位基因（biallelic）功能缺失变异与认知障碍和癫痫，伴或不伴牙龈增生的五例患者联系起来。然而，对于TBC1D2B基因变异的表型壮观性和分子机制的认识尚不全面。因此，哈姆斯（Frederike L. Harms）等人的最新研究旨在通过报道五例新的携带双等位TBC1D2B变异的...
对12-18岁儿童癌症患者进行广泛胚系测序体验的定性研究报告 背景介绍 随着基因测序技术的发展，胚系DNA测序逐渐成为儿童癌症护理中的常规实践。近年来的研究估计，约10%的儿童癌症患者具有遗传易感性。随着测序技术的进步和越来越多的遗传易感综合征的识别，可以测试的基因范围和患者数量都得到了扩展。这意味着，技术上可以常规性地对所有儿童癌症患者进行测序，而不仅仅是那些携带特定易感基因高风险的患者。进一步的，有一种趋势是在癌症诊断过程中尽早进行胚系测序。然而，针对儿童进行癌症易感性检测是一个持续的伦理辩论话题。这些辩论涉及知情同意过程中应提供哪些信息、同意的适当时机、如何让儿童参与决策以及在儿童达到法定年龄时是否需要重新同意。 在这种背景下，本文的作者进行了这项研究以探讨最近被诊断出患有癌症的青少年...
采用光学基因组测序与纳米孔测序技术检测出致使林奇综合征的39 kb结构变异 研究背景 林奇综合征（Lynch Syndrome, LS）是一种遗传性癌症综合征，主要由MMR（错配修复）基因家族中的四个基因MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的致病性生殖系变异所引起。该综合征以显著增加患多种癌症类型的风险为特征，尤其是结直肠癌和子宫内膜癌，并表现为常染色体显性遗传。早期检测和癌症预防在已知变异的情况下成为可能，因此精确和灵敏的遗传测试方法非常重要。本研究旨在发现标准遗传测试未能确认的LS的潜在致病变异。 文章来源 本文由Pål Marius Bjørnstad、Ragnhild Aaløkken等人编写，这些作者来自奥斯陆大学医院、挪威科技大学、St. Olavs Hospital等研究机构...
智力障碍严重程度谱系中罕见和常见变异负荷的加和性证据 学术背景 智力障碍（Intellectual Disability, ID）是一种常见疾病，其影响范围从轻度到极重度不等。轻度ID通常被视为智力分布的低端，而重度ID则通常作为一种单基因疾病，由罕见、有害、高渗透率的变异引起。本研究旨在探讨影响轻、重度智力障碍的遗传因素，评估罕见和常见变异在芬兰北部智力障碍群体中的作用。 论文来源 本文由 Lea Urpa 等人撰写，作者来自赫尔辛基大学、斯坦利精神病研究所、马萨诸塞州总医院、奥卢大学等多个科研机构。论文发表在 2024 年的《欧洲人类遗传学杂志》上。 研究流程 研究分析了来自芬兰北部智力障碍群体（NFID，患者总数为1096例）的数据，这一群体因芬兰的人口基础效应而富集了大量轻度ID患者...
探索人类和牛类早期胚胎中X染色体上XIST的沉默和抑制因子 研究背景 X染色体失活是哺乳动物中的一种剂量补偿机制，其目的是在雌性和雄性个体之间平衡X染色体上基因的表达量。XIST基因位点能够触发附加X染色体的转录沉默，使其成为不活动的X。然而，如何保护每个细胞中一个活动X染色体免受自身XIST基因位点失活的影响，在所有哺乳动物中仍未完全阐明。先前有关常染色体重复的研究表明，在人类染色体19短臂上可能存在抑制活动X上XIST的基因。 为了验证这一假设，研究者们分析了使用单细胞RNA测序数据得出的人类胚胎和牛胚胎中的候选基因的转录时间。研究结果确认了在两性胚胎中XIST是从未来活动X表达，且在多能性因子上调期间，即人和牛胚胎的4-8个细胞和团球期间，在两性胚胎中的XIST位点都被抑制。这些数据支...