关于 IL-6 信号与 TGFβ 特异性 T 细胞抗肿瘤活性的关联性研究综述 背景与研究意义 IL-6（白细胞介素-6）是一种多功能细胞因子，其在炎症和造血过程中扮演着关键角色。然而，IL-6 在免疫系统中的作用具有特定背景依赖性：尽管在急性炎症中具有促进炎症的作用，但其长期分泌可能导致慢性炎症并促进癌症的发生和发展。在多种癌症类型中，包括胰腺癌，血清中 IL-6 水平的升高与较差的患者生存率显著相关。因此，IL-6 通常被认为是一种肿瘤促进因子。然而，近年来的研究显示，在某些情况下 IL-6 可能会支持抗肿瘤免疫，尤其是在肿瘤免疫治疗的背景下，这一现象仍未被完全阐明。 在胰腺癌（PC）患者中，一些研究表明，融合免疫检查点抑制剂（ICIs）和放射疗法的治疗组合能够显著延长生存时间。结合以上发...

数字化空间转录组研究揭示DTX3L和BST2在食管鳞状细胞癌肿瘤发生中的关键作用 背景与研究问题 食管癌(Esophageal Cancer, EC)作为一种全球性高发的肿瘤疾病，其相关发病率和死亡率居高不下。食管鳞状细胞癌(Esophageal Squamous Cell Carcinoma, ESCC)是亚洲地区最为常见的组织学亚型。由于其进展迅速、治疗抵抗和高转移率，患者预后极差。早期发现和治疗ESCC已成为减少患者死亡率的关键。但是，ESCC起始和早期肿瘤发生的细胞和分子机制尚未完全明确，尤其是从正常组织到低级别瘤样变、高级别瘤样变，最终发展为侵袭性癌症的动态演进过程尚有待深入探索。 目前的研究主要关注ESCC中肿瘤细胞的行为，却忽视了肿瘤微环境(Tumor Microenviron...

关于卵巢癌基因组不稳定性研究的综合报道 背景与研究问题 卵巢癌作为一种致命的妇科恶性肿瘤，近年来的研究集中于拓展靶向疗法的可行性。多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（Poly(ADP-ribose) polymerase, PARP）抑制剂的引入，为治疗卵巢癌带来了划时代的治疗新选择，这种疗法尤其对患有同源重组缺陷（Homologous Recombination Deficiency, HRD）的患者具有显著疗效。然而，HRD的驱动因素除经典的BRCA1和BRCA2突变（BRCA1/2 mutations，以下简写为BRCAM）之外，还有哪些基因或变异参与其中仍不清晰。此外，关于非BRCA基因组不稳定性模式及其对HRD检测和精准治疗的影响也缺乏系统性的理解。 基于此，Alan Barnicle等研究...

SIRCLE模型揭示肾癌表型调控机制 背景介绍 肾透明细胞癌（Clear Cell Renal Cell Carcinoma, ccRCC）是最常见的肾癌类型，占肾恶性肿瘤的70%。ccRCC的发生和发展与肾表观基因组、转录组、蛋白质组和代谢组的复杂重塑密切相关。由于肿瘤和患者间的异质性，基于药物的治疗效果有限，因此需要多组学研究来提取调控关系，进而开发靶向治疗。然而，目前缺乏有效的方法来整合多组学数据以揭示表型调控的机制。 为了解决这一问题，Ariane Mora等人开发了一种名为SIRCLE（Signature Regulatory Clustering）的方法，通过整合DNA甲基化、RNA测序和蛋白质组数据，揭示ccRCC及其他癌症中的表型调控机制。该研究旨在通过多组学数据的整合，识别...

肺癌脑转移的多组学整合分析揭示代谢脆弱性作为新型治疗靶点 学术背景 肺癌是全球范围内发病率和死亡率最高的癌症之一，尤其是肺癌脑转移（Lung Cancer Brain Metastases, LC-BMs）是肺癌患者常见的并发症，且预后极差。尽管近年来肺癌的治疗手段有所进步，但针对脑转移的标准治疗方案仍然有限，疗效不佳。因此，深入理解肺癌脑转移的分子机制和肿瘤微环境，对于开发新的治疗策略至关重要。 肺癌脑转移的发生机制复杂，涉及基因组、转录组、蛋白质组和代谢组等多个层面的变化。近年来，随着多组学技术的发展，研究人员能够从多个维度全面解析肿瘤的分子特征，从而为精准治疗提供新的思路。然而，目前关于肺癌脑转移的多组学研究仍然较少，尤其是针对原发肺癌与脑转移病灶的配对分析更为稀缺。因此，本研究旨在通...

基因组医学中的CRISPR引导序列再注释：EXORCISE算法的应用与验证 学术背景 CRISPR-Cas9技术自问世以来，彻底改变了基因筛选领域，尤其是在研究基因必需性和化学-遗传相互作用方面。通过设计针对特定基因的引导RNA（guide RNA, gRNA），CRISPR-Cas9系统能够在细胞中引入精确的基因敲除，从而帮助研究人员理解基因功能及其在疾病中的作用。然而，CRISPR库的设计通常基于参考基因组，而实际研究的细胞系（尤其是癌症细胞系）往往存在基因组变异，这可能导致CRISPR引导序列的错配或偏差，进而影响实验结果的准确性。 为了解决这一问题，Simon Lam等人开发了一种名为EXORCISE（Exome-Guided Re-annotation of Nucleotide ...

eIF4A1 和 eIF4A2 在 B 细胞发育和功能中的关键及差异作用 学术背景 在哺乳动物细胞中，翻译起始（translation initiation）是蛋白质合成的关键步骤，而真核起始因子 4A（eukaryotic initiation factor 4A, eIF4A）在这一过程中扮演着重要角色。eIF4A 是一种 ATP 依赖的 RNA 解旋酶，能够解开 mRNA 5’ 非翻译区（5’ untranslated region, 5’ UTR）的二级结构，帮助 43S 前起始复合物（preinitiation complex, PIC）扫描 5’ UTR 以找到起始密码子。eIF4A 有两个高度同源的亚型：eIF4A1 和 eIF4A2。尽管它们在体外可以自由交换并参与 eIF4...

学术背景与问题提出 肿瘤抑制基因（Tumour Suppressor Genes, TSGs）的功能丧失（Loss-of-Function, LOF）突变在癌症中非常常见，但由于这些突变导致蛋白质功能的丧失或减弱，传统的药物靶向策略难以直接针对这些突变。因此，研究人员需要开发新的方法来揭示这些突变带来的细胞脆弱性，并寻找潜在的治疗靶点。KMT2D 是一个在多种癌症中频繁发生突变的肿瘤抑制基因，其功能丧失突变与多种癌症的发生和发展密切相关。然而，KMT2D 的功能网络及其在癌症细胞中的脆弱性尚未得到全面研究。 本文的研究旨在通过计算模拟的方法，绘制 KMT2D 的遗传网络，揭示其功能关联和癌症细胞的脆弱性，特别是通过合成致死（Synthetic Lethality, SL）相互作用，寻找潜在的...

综合单细胞分析揭示他莫昔芬耐药乳腺癌中的表观遗传调控癌细胞状态及异质性指导的核心特征 学术背景 乳腺癌是女性中最常见的癌症之一，内分泌治疗（如他莫昔芬）是雌激素受体α（ER）阳性乳腺癌患者的标准治疗方法。尽管内分泌治疗显著降低了复发风险，但约三分之一的患者最终会发展为内分泌耐药并复发。肿瘤间和肿瘤内的异质性被认为是导致内分泌耐药的重要因素。近年来，单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术的进步使得我们能够在单细胞分辨率下探索肿瘤异质性。然而，这种综合单细胞分析尚未被用于表征乳腺癌内分泌耐药中的转录组和染色质可及性。 论文来源 该研究由Kun Fang、Aigbe G. Ohihoin、Tianxiang Liu、Lavanya Choppavar...

基于扩散模型的特征增强：针对全视野病理图像多实例学习的新方法 学术背景与研究动机 在计算病理学（computational pathology）领域，如何有效分析全视野扫描病理图像（Whole Slide Images，WSIs）是当前研究的热点。WSIs 是超高分辨率的图像，通常具有广域的视野，广泛用于癌症诊断。然而，由于病例标记的稀缺性以及图像自身的体量庞大，基于深度学习的多实例学习（Multiple Instance Learning，MIL）在WSI的自动化分析中面临诸多挑战。 MIL 是一种经典的弱监督学习方法，核心思路在于将整个WSI看作一个“袋”级别的实例，而每块小图像（patch）作为单独的“袋中实例”。虽然袋级别的标签已知，但单个实例的标签未知。在 MIL 的应用中，常见的...